-2002:

Presidente: Edmundo Santos Silva (sofreu Impeachment), Gilberto Cardoso Filho (interino) e Hélio Paulo Ferraz
Títulos:
Futebol: Troféu Capitão Castro (CE)
         V Mundialito de Futebol Infantil (Venezuela)
         Torneio Internacional dos Emirados Árabes de Futebol Júnior
         Copa Jornal dos Sports de Futebol Dente de Leite

Basquete: Campeonato Estadual Juvenil Masculino
          Campeonato Estadual Infantil Masculino
          Campeonato Estadual Masculino Adulto

Natação: Troféu José Finckel
         Troféu Brasil
         Campeonato Estadual Absoluto de Verão
         Campeonato Estadual Máster
         Campeonato Brasileiro Sênior (Troféu Daltely Guimarães)
         Copa Rio de Natação Absoluto de Inverno (Campeonato Estadual de Inverno)
         Campeonato Estadual Júnior 
         Campeonato Brasileiro de Inverno Infantil
         Campeonato Brasileiro Infantil

Vôlei:     Torneio Início Feminino Infantil
           Campeonato Municipal Feminino Infantil
           Campeonato Estadual Feminino Mirim
           Campeonato Municipal Feminino Mirim
           Torneio Início Feminino Infanto Juvenil
           Campeonato Municipal Feminino Infanto Juvenil
           Torneio Início Feminino Juvenil
           Campeonato Municipal Feminino Juvenil
           Torneio Início Masculino Infanto Juvenil
           Campeonato Estadual Feminino Juvenil
           Campeonato Estadual Feminino Infantil
           Campeonato Estadual Feminino Infanto Juvenil

Remo:    Campeonato Estadual Feminino
         Campeonato Brasileiro Máster

Ginástica Olímpica:  Campeonato Brasileiro Feminino Juvenil Individual (Thaís Cevada)
                     Campeonato Brasileiro Absoluto
                     Campeonato Brasileiro Individual Geral (Danielle Hypólito)

Nado Sincronizado: Campeonato Brasileiro Absoluto
                   Campeonato Brasileiro de Solo Juvenil B
                   Campeonato Brasileiro de Duetos Juvenil B
                   Campeonato Brasileiro Infantil B
                   Campeonato Brasileiro Infantil de Inverno
                   Campeonato Brasileiro Sênior A
                   Campeonato Estadual Infantil B

Judô:  Campeonato Estadual Feminino
       Campeonato Mundial Máster Meio Pesado com Denise de Oliveira  

Pólo Aquático:   Campeonato Brasileiro Juvenil Masculino
                 Campeonato Estadual Adulto Feminino
                 Primeira Fase do Troféu João Havelange

Bocha: Copa Tiradentes

Sem sombra de dúvidas, o ano de 2002 foi o pior da história do Flamengo. Daqueles para esquecer, passar uma borracha e nunca mais lembrar. Não só para o Flamengo, como também para todo o futebol carioca. Com o patrocínio da televisão e com o interesse de alguns dirigentes, a CBF tentou acabar com os campeonatos estaduais em todo o Brasil, criando os chamados Campeonatos Regionais. No Rio de Janeiro, foi realizado o Torneio Rio-São Paulo, com uma forma de disputa que tomou grande parte do primeiro semestre. A Federação de Futebol do Rio de Janeiro tentou de todas as formas manter o Campeonato Estadual. Inicialmente, tentou-se criar um Campeonato Estadual sem a presença dos grandes, que só entrariam num octogonal final, enfrentando os quatro melhores da Taça Guanabara e Taça Rio. Como havia o interesse da Federação em diminuir o interesse pelo Rio-São Paulo, os grandes clubes foram obrigados a participar dos dois turnos da competição. Os quatro grandes utilizaram times reservas mesclados com juniores, o que levou a uma queda total no interesse dos torcedores pela competição. O Campeonato Estadual foi tão desvalorizado, que foi batizado como Caixão 2002, em alusão ao  Sr. Caixa D'Água, presidente da Federação e também porque os times do Rio de Janeiro estariam mortos.
Todos os clubes estavam mergulhados em dívidas e crises internas. Para completar a situação caótica, o desempenho dos cariocas no Rio-São Paulo foi ridículo, com os times de São Paulo sobrando na tabela e fazendo sozinhos a semifinal. Os paulistas chegaram a ironizar, dizendo que o nome do torneio seria mudado para Torneio "Ri São Paulo". Assim, o futebol carioca ficou mergulhado em uma crise nunca vista na história. Os estádios vazios, os clássicos sendo disputados em campos como Bariri, Moça Bonita e outros e um total descrédito da imprensa, com  jogos que não foram nem transmitidos pela televisão. Em contrapartida, o futebol paulista passou a dominar a mídia. Com a total desorganização do futebol carioca, principalmente com a péssima administração do Sr. Eduardo Viana, que durante muitos anos cuidou do futebol carioca como se organizasse um campeonato de várzea  e com a melhor administração do futebol paulista, que teve em Eduardo José Farah um presidente muito mais competente, o futebol carioca chegava ao fundo do poço e perdia a posição de destaque que sempre teve, para o futebol paulista. 
No início do ano, o Flamengo contratou os jogadores Leonardo e Juninho Paulista. Leonardo foi formado nas categorias de base do Flamengo, fazendo grande sucesso como lateral esquerdo. Foi negociado com o São Paulo, onde conquistou o Bicampeonato Mundial e posteriormente fez sucesso no futebol italiano e francês. Foi também Tetracampeão Mundial na Copa de 1994. Agora, retorna ao Flamengo para encerrar sua carreira. Juninho Paulista jogou no Vasco e foi emprestado pelo Atlético de Madrid, dono de seu passe, ao Flamengo. O jogador foi recebido na Gávea com um banho de Espada de São Jorge e sal grosso, para espantar os ares da colina. O time contaria também com os retornos de Leandro Ávila, Tuta, Leandro Machado e Athirson, que após uma saída traumática para a Juventus da Itália, retornava ao Flamengo, meio por baixo. Beto chegou a deixar o clube, mas como não conseguiu um clube interessado pelo seu passe, acabou ficando no Flamengo. Edilson foi emprestado para o Cruzeiro.
Em 08 de fevereiro, morre no Rio de Janeiro um dos maiores ídolos da história do Flamengo. Vítima de um infarto, Zizinho vem a falecer. Quando aquele jovem, vindo de Niterói, fez sua estréia no time do Flamengo, no final de 1939, começava uma história de amor e garra à camisa rubro-negra. Considerado o maior jogador do futebol brasileiro de sua época, Zizinho ajudou e muito a aumentar a já numerosa torcida do Flamengo. Foi Tricampeão Carioca em 1942, 1943 e 1944 e jogou no Flamengo até 1950, quando o presidente Dario de Melo Pinto realiza o pior negócio da história do Flamengo, ao vender seu passe para o Bangu, após ser ludibriado pelo presidente do clube de Moça Bonita. Mesmo assim, Zizinho nunca deixou de amar as cores rubro-negras, até o fim de sua vida. Marcou 143 gols com a camisa do Flamengo. Ao Mestre Ziza, com carinho, o nosso muito obrigado.
O Flamengo inicia o ano fazendo uma pré-temporada em Paraíba do Sul, onde vence facilmente times amadores locais. Como as ligas estaduais criaram os campeonatos regionais, o Flamengo inicia a disputa do Torneio Rio-São Paulo, enfrentando o Palmeiras, fora de casa. O time realiza uma boa partida, chegando a ficar duas vezes na frente do placar, mas perde de 3 x 2, de virada, devido a erros individuais de sua defesa. Os estreantes Leonardo e Juninho fizeram os gols, dando a impressão de que o time estaria no caminho certo. Logo após, o Flamengo vai a Buenos Aires para disputar a final da Mercosul, contra o San Lorenzo. O time não poderia contar com os reforços e ainda havia perdido suas estrelas para a decisão. O time foi a campo com vários desfalques, em relação ao time do ano anterior. Dos jogadores que voltaram ao Flamengo, apenas Leandro Machado e Leandro Ávila poderiam jogar, pois estavam inscritos no campeonato, antes de serem emprestados para Internacional e Botafogo. O Flamengo inicia o jogo muito bem e faz 1 x 0, com gol de Leandro Machado, de cabeça. Após o gol, o Flamengo se fechou na defesa e passou a suportar grande pressão do San Lorenzo. Aos 28 minutos do segundo tempo, o Flamengo cede o empate. O final do jogo foi dramático. Ao final dos 90 minutos, o empate de 1 x 1 leva a decisão para os pênaltis. O time chegou a ficar em vantagem na decisão, quando Júlio César realiza duas defesas, mas Juan, Cássio e Roma desperdiçam suas cobranças e o Flamengo sai derrotado de campo. A volta do Flamengo para o Rio foi marcada por confusão. O técnico Carlos Alberto Torres fica indignado com a torcida devido às críticas contra o lateral Cássio, que poderia ter dado o título ao Flamengo, caso marcasse o gol na sua cobrança de pênalti. Com isso, cria-se uma séria indisposição de Carlos Alberto com a torcida, o que leva o técnico a ser demitido. O lateral Cássio acaba sendo cedido ao Internacional.
Começa o inferno astral do Flamengo. Ou melhor, ele tem continuação, pois desde a conquista da Copa dos Campeões em julho do ano passado, que o Flamengo não passava por um momento tranquilo. Porém, o início de 2002 conseguiu ser pior. O Flamengo inicia a disputa do Campeonato Estadual, utilizando um time de reservas mesclados com juniores. O resultado não poderia ser mais desastroso. Termina a Taça Guanabara em último lugar. O time principal, agora dirigido por João Carlos, técnico que trabalhou no Japão, mas que era totalmente desconhecido no Brasil, continua a jogar mal e vai acumulando resultados negativos no Rio-São Paulo. Como a grande esperança dos rubro-negros era a Taça Libertadores, os resultados negativos no Rio-São Paulo poderiam ser superados, caso o time fosse bem na competição sul-americana. Porém, o time começa perdendo por 1 x 0 para o Once Caldas da Colômbia, onde a atuação do goleiro Clemer não permitiu que o Flamengo tomasse uma goleada e por 3 x 1 para a Universidad Católica do Chile, em pleno Maracanã. Mesmo vencendo o Once Caldas por 4 x 1, no Maracanã, quando o time já havia completado 15 jogos sem vencer na temporada e seis meses sem vencer no mesmo Maracanã, não houve uma reação maior, sendo o time melancolicamente desclassificado da Libertadores, após empatar com o Olímpia e perder para o Universidad Católica.
A situação era caótica. A diretoria estava totalmente perdida, com escândalos e denúncias explodindo por todos os lados. O time não se entendia em campo, as dívidas aumentando, enfim, um caos total.  Tanto que a torcida chega a invadir o campo da Gávea, quando o time treinava e armados com rojões e paus, colocam os jogadores para correr, causando um tumulto jamais visto na Gávea.  Até mesmo o goleiro Júlio César, que era o único poupado da ira dos torcedores durante os jogos, é agredido. O jogador Petkovic é definitivamente afastado do clube, encerrando um ciclo, onde os pontos altos foram o Tricampeonato Estadual e a Copa dos Campeões, conquistados com gols seus. Porém, muitos acusavam o jogador de não se empenhar e de estar vivendo no Flamengo pela fama dos gols decisivos. Sem contar  os constantes desentendimentos com os companheiros e técnicos, que transformaram sua presença no Flamengo indesejada.
No Rio-São Paulo, o time consegue vencer o Corinthians, que viria a conquistar o torneio, por 4 x 3, numa virada sensacional, dando a impressão de que o time estaria se recuperando. No Estadual, batizado de Caixão 2002 (nunca um nome foi tão apropriado), o Flamengo começa uma pequena reação vencendo o América por 3 x 0, o Fluminense por 2 x 1 e o Bangu por 5 x 2, tentando se afastar da lanterna da Taça Rio, o que lhe deixaria totalmente afastado do octogonal final. O Americano foi o campeão da Taça Guanabara e da Taça Rio. O time já tinha sido dirigido por Carlos César e agora contava com Lula Pereira, sendo ele o quarto técnico a dirigir o time na temporada. Ao final do Rio-São Paulo, o Flamengo só não foi rebaixado pois Americano, América e Bangu, conseguiram ser piores. No clube, já se falava em "impeachment" do presidente. A diretoria de futebol anuncia um corte drástico nos gastos, com uma forte redução salarial.
O time ainda consegue a duras penas se classificar para a fase final do Caixão 2002, porém não consegue passar por Volta Redonda e Friburguense, sendo desclassificado após ser tristemente goleado pelo Fluminense por 4 x 1, com o time andando em campo. Beto tem seu contrato rescindido, pois é acusado de simular contusão no intervalo do jogo com o Fluminense. O zagueiro Juan é vendido para o futebol alemão. Leonardo decide abandonar a carreira. Leandro Ávila é vendido para o Internacional.  Juninho Paulista foi para a Seleção disputar a Copa do Mundo e voltaria ao Atlético de Madrid. Ironicamente, na Copa do Brasil, de que o Flamengo não participou pois estava disputando a Libertadores, o time do Brasiliense se transformaria na grande sensação, sendo o vice-campeão, contando com vários jogadores emprestados pelo Flamengo. Até junho, o Flamengo havia jogado 47 partidas, vencendo apenas 11 e perdendo 24, numa das piores campanhas de sua história.
Em junho, as atenções ficaram voltadas para a disputa da Copa do Mundo, que pela primeira vez na história seria disputada em dois países: Coréia do Sul e Japão. A Seleção Brasileira saiu totalmente desacreditada do Brasil, não contando com o apoio da torcida. Durante as eliminatórias, o Brasil trilhou uma verdadeira via crucis para se classificar, o que só ocorreu na última rodada. O técnico Luís Felipe Scolari não contava com o apoio da imprensa e dos torcedores, principalmente por não ter convocado Romário. Como em outras vezes, a Seleção totalmente desacreditada volta com o título de campeã do mundo e nos braços do povo e de toda a imprensa, que colocava o técnico e os jogadores nas alturas.
Durante este período, o Flamengo não realizou partidas e tentava se refazer dos grandes insucessos do primeiro semestre. O Clube contrata novos jogadores, como o centro avante Liedson, os meias   Marquinhos, Hugo e Messias, o ponta esquerda Zé Carlos, o zagueiro Valdson e o atacante Caio, que fora o xodó da torcida no Campeonato Estadual de 1999 e que não conseguiu se firmar no Santos e no Fluminense.
Logo após o final da Copa do Mundo, começa a Copa dos Campeões, agora com mais times participantes e sendo realizada novamente no Nordeste, nas cidades de Teresina, Belém, Natal e Fortaleza. O Flamengo fica no grupo B, com Atlético Paranaense, São Caetano e Goiás. A estréia é contra o Atlético Paranaense, que detinha o título de campeão brasileiro do ano anterior. Com uma boa atuação, principalmente dos estreantes, o Flamengo vence por 1 x 0, gol de Felipe Melo. A seguir, o Flamengo vence o Goiás por 3 x 0, com uma atuação ainda melhor do time. Nessa semana, mais propriamente em 08 de julho, ocorre um fato histórico. A oposição do Flamengo finalmente consegue marcar uma reunião entre os Conselheiros do clube e em votação realizada na sede da Gávea, o presidente Edmundo dos Santos Silva é afastado do cargo, acusado de improbidade administrativa. Em seu lugar, assume interinamente Gilberto Cardoso Filho, após o vice-presidente Júlio Lopes ter renunciado ao cargo. Começa uma verdadeira revolução interna no Flamengo, que vivia um dos momentos mais complicados de sua história, com uma dívida de 200 milhões e com uma grande briga pelo poder, principalmente pelos ex-presidentes Márcio Braga e Kleber Leite. 
Enquanto isso, Romário tentava voltar a jogar pelo Flamengo. Após terminar seu contrato com o Vasco, que não mostrou interesse em renovar seu compromisso com o clube, ele tenta retornar ao Flamengo. Após negociações, onde o Flamengo mostrou-se irredutível em aceitar a proposta do jogador, já que o clube estava mantendo uma nova política salarial, o seu retorno à Gávea foi vetado, após reunião do presidente Gilberto Cardoso Filho com o Conselho Deliberativo.
Na Copa dos Campeões, o novo time do Flamengo surpreendia os mais pessimistas, já que o time havia realizado um primeiro semestre horroroso. Mostrando uma velocidade muito grande e um entrosamento de suas novas peças, o Flamengo derrota o São Caetano, que estava disputando também a semifinal da Taça Libertadores, por 1 x 0, com um gol de Hugo e o Vitória da Bahia por 2 x 1, com uma grande atuação de Athirson, autor do gol da vitória aos 44 minutos do segundo tempo, voltando a apresentar seu grande futebol. Com isso, o time já estava na semifinal do torneio e enfrentaria o Cruzeiro. É curioso observar que durante 1 ano o Flamengo fez a sua torcida sofrer muito. Desde o final de junho de 2001, quando conquistou a Copa dos Campeões após ter conquistado o Tricampeonato Estadual, até o final de junho de 2002, quando foi eliminado do Campeonato Estadual ( o tal Caixão 2002), que o Flamengo colecionou derrotas e maus resultados. A partir de julho, o time tenta começar uma  nova fase e já fazia a sua torcida acreditar em novos tempos. Porém, o Flamengo perde para o Cruzeiro por 2 x 1 e é desclassificado da Copa dos Campeões. Com a desclassificação, a diretoria do Flamengo começa a considerar a volta de Romário como viável, mas o jogador assina contrato com o Fluminense e juntamente com Beto, vai integrar o time tricolor.
A partir de agosto, o Flamengo inicia a disputa do Campeonato Brasileiro. O primeiro jogo é contra o Internacional, no Beira Rio. O Flamengo consegue importante vitória por 3 x 1, com dois gols de Liedson, que havia sido o artilheiro da Copa Sul-Minas, jogando pelo Coritiba. Porém, o Flamengo apresenta uma grande baixa. O zagueiro Valdson, que caíra como uma luva no time, sofre uma violenta contusão no joelho, rompendo os ligamentos, o que o levou a ser operado e a ficar fora dos campos de futebol durante todo o restante do ano. A seguir, o Flamengo enfrenta o Juventude e o Goiás, jogando no Maracanã. Empata em 0 x 0 e 1 x 1, o que faz o Flamengo permanecer por 1 ano sem vencer jogos no Maracanã, pelo Campeonato Brasileiro. O time não consegue mostrar força de ataque e sofre gols bobos, como nas derrotas de 2 x 1 para Paysandu e Coritiba. Ao perder de 2 x 1 para o Gama e com a torcida do Flamengo presente ao jogo, em Brasília, provocando tumulto e manifestações ao final da partida, o técnico Lula Pereira é demitido e assume a direção do time Evaristo de Macedo.  Em seu primeiro jogo, consegue empatar com o Cruzeiro por 1 x 1 no Maracanã, continuando a "maldição" de não vencer em sua casa preferida.
Nesse mesmo tempo, novas eleições são marcadas para outubro, para escolher o novo presidente do Flamengo. A atual diretoria tenta reforçar o time, na tentativa de conseguir um artilheiro, mas fracassa em todas as tentativas, como nos casos de Guilherme, Viola, Robert, Washington e Pena. Na sede da CBF, após reuniões intermináveis e da já costumeira bagunça, é lançado o calendário do futebol brasileiro para 2003. E para provar que o futebol brasileiro está na 3ª divisão em matéria de organização, os tais campeonatos regionais que foram impostos no início do ano, são devidamente extintos, ficando mais uma vez o primeiro semestre para os Estaduais, que quase foram sepultados no início do ano. O Campeonato Brasileiro passaria a ter 8 meses de duração e haveria a chamada Copa Sul-Americana, que substituiria a extinta Copa Mercosul.
Enfim, a maldição do Maracanã termina em 04 de setembro, quando o Flamengo, em uma noite memorável, goleia o Fluminense por 5 x 2, quando Romário enfrentou o Flamengo pela primeira vez com a camisa do Fluminense. Foi um grande jogo, com o Fluminense marcando 1 x 0 a 1 minuto de jogo, com um gol em impedimento. O Flamengo vira o jogo rapidamente e passa a dar um verdadeiro show no Maracanã. No segundo tempo o Flamengo chega a marcar 5 x 1, com Romário perdendo um pênalti. No final, após um cochilo da defesa, o Fluminense ainda marcou mais um gol, diminuindo um pouco o vexame. A torcida novamente começa a acreditar na recuperação do time, principalmente com as grandes atuações de Fabio Baiano, que havia retornado ao Flamengo, após defender o Grêmio.
Após a vitória contra o Fluminense, o Flamengo vai a Curitiba e perde de 3 x 0 para o Paraná. O zagueiro Fernando ficou afastado do time, devido a uma fratura no malar, ocorrida no jogo com o Fluminense. A seguir, o Flamengo derrota o Atlético Paranaense por 3 x 2 no Maracanã e o Atlético Mineiro por 3 x 0 em pleno Mineirão, quando o time jogou de luto, devido a morte de um de seus maiores ídolos.
Em 17 de setembro, morria no Rio de Janeiro, Dida. Tricampeão carioca em 1955 e campeão em 1963, campeão do Torneio Rio-São Paulo em 1961, maior artilheiro do Flamengo antes de Zico, com 244 gols, sendo o ídolo do próprio Zico em sua infância, Dida morria vítima de complicações hepáticas devido a um câncer. A ele, que durante tantos anos defendeu com grande amor a camisa do Flamengo e que após terminar a sua carreira, ajudou a formar gerações de jovens craques, trabalhando nas categorias de base do clube, o agradecimento e o reconhecimento de toda a Nação rubro-negra.
Porém, a partir daí, uma impressionante série de contusões graves, principalmente em jogadores da defesa, fazem o time jogar até sem 7 titulares. As derrotas para Grêmio, Ponte Preta e São Paulo, sem contar o empate com o Bahia em pleno Maracanã, com o time sendo totalmente dominado durante a maior parte do jogo, mostram a fragilidade do time do Flamengo, que vai despencando na tabela. Nesse jogo, o Flamengo estréia o jogador Sandro Hiroshi, comprado ao São Paulo. Após conseguir vencer o São Caetano por 2 x 0, mesmo sem jogar uma grande partida, o time ainda consegue ficar fora do grupo de rebaixamento. No jogo contra o Vasco, o Flamengo finalmente conseguiria colocar em campo o time titular. Porém, a maldição que tomou conta da zaga do Flamengo voltou a atacar. O goleiro Júlio César tem que deixar o campo com uma torção no joelho, o zagueiro Fernando também sofre uma torção no joelho e sai de campo e Athirson não consegue jogar bem. Mesmo perdendo várias chances de gol, o Flamengo acaba perdendo por 2 x 1 e pela primeira vez chega à zona de rebaixamento. Pior foi  ver Petkovic vestindo a camisa do Vasco e participar dos dois gols sofridos pelo Flamengo.
No dia seguinte ao jogo com o Vasco, assume a nova diretoria do Flamengo eleita pelo voto dos sócios, na eleição realizada em 14 de outubro. O novo presidente do Flamengo é o empresário Hélio Ferraz, tendo Radamés Latari como seu vice. Os dois vinham como a grande esperança da torcida de tirar o Flamengo da situação caótica em que o clube se encontrava. Após a derrota para o Vasco, o Flamengo teria de fazer três jogos fora de casa. No primeiro, o Flamengo consegue vencer o Vitória, em Salvador, por 2 x 1. No segundo jogo, o Flamengo abusa do direito de perder gols e perde de 2 x 1, de virada, para o Figueirense e ainda vê o time ser garfado pelo árbitro, que dá um pênalti inexistente contra o Flamengo. Com uma sucessão de desfalques e expulsões, o Flamengo se vê cada vez mais ameaçado de cair para a segunda divisão. No jogo contra o Santos, o juiz Wilson de Souza Mendonça mais uma vez veste a camisa do Santos e com uma parcialidade descarada, expulsa os dois zagueiros do Flamengo, que acaba perdendo por 3 x 0. Esse juiz, por sinal, tem em seu currículo vários jogos em que o Flamengo saiu derrotado de campo e em quase todos, o Flamengo teve um ou dois jogadores expulsos do jogo. No ano anterior, ele expulsou Maurinho e Petkovic, em jogo pela Copa do Brasil, onde o Flamengo perdeu por 4 x 2 para o mesmo Santos, com uma atuação desastrosa contra o Flamengo. Para piorar as coisas, os times que estavam na zona de rebaixamento vão vencendo e o Flamengo cada vez mais perto do rebaixamento. Contra o Corinthians, no Maracanã, o time mais uma vez joga com vários desfalques e perde de 1 x 0, mesmo após os dirigentes terem ido à Igreja de São Judas Tadeu pedir forças para o time. As chances de cair para a segunda divisão eram enormes.
No dia de Finados, 2 de novembro, Flamengo e Botafogo se enfrentam no Maracanã. O Botafogo estava em último lugar na tabela e o Flamengo era o vigésimo terceiro. Devido a isso, o jogo ficou conhecido como o jogo dos mortos. O Flamengo mais uma vez joga desfalcado de Júlio César, Fernando e Liedson. Mesmo assim, o Flamengo vence por 2 x 0, com gols de Zé Carlos e Iranildo, fazendo o time respirar. Para tentar conseguir vencer os últimos três jogos que restavam e fugir do rebaixamento, o Flamengo vai para a cidade de Águas de Lyndóia, na tentativa de conseguir recuperar seus jogadores contundidos para a difícil missão. No Canindé, o Flamengo enfrenta a Portuguesa de Desportos e apesar da  desastrosa atuação do juiz Márcio Resende de Freitas, que deixou de dar três pênaltis escandalosos a favor do Flamengo e ainda expulsou de forma totalmente injusta o jogador Alessandro, o time vence por 2 x 1 e consegue respirar um pouco mais. No Parque Antarctica, o Flamengo enfrenta um desesperado Palmeiras, que habitou a zona de rebaixamento durante quase toda a competição e precisava urgentemente da vitória. Mais uma vez, a atuação do juiz foi decisiva. O Sr. Giuliano Bozano e seus auxiliares, os Srs. Vayran e Bradenbrock, conseguiram causar indignação até mesmo nos rivais do Flamengo, tamanho o descaramento do trio durante a partida. Com 15 minutos de jogo, a zaga do Flamengo já estava com cartão amarelo. Durante jogada na ponta direita do Palmeiras, foi jogada uma segunda bola no gramado e o juiz mandou a partida seguir, mesmo com os protestos dos jogadores do Flamengo, que culminou com uma falta perigosa, na lateral da área do Flamengo e cartões para Athirson e o goleiro Júlio César. O Flamengo consegue marcar 1 x 0, com uma jogada de oportunismo de Liedson. O mesmo Liedson tem um gol anulado, por estar realmente em impedimento.
No segundo tempo, houve um assalto à mão armada contra o Flamengo. O Palmeiras empata o jogo com um gol feito com dois jogadores totalmente impedidos. Nem era um lance confuso. Os jogadores estavam impedidos visivelmente e o juiz confirmou o gol. No fim do jogo, Fabio Baiano cobra falta e a bola encontra o jogador André, que marca com a barriga, o gol da vitória do Flamengo, que o colocaria totalmente afastado da zona de rebaixamento, e que colocaria definitivamente o Palmeiras na segunda divisão.  O juiz, confirmando o aceno do auxiliar, anula o gol do Flamengo. Após grande pressão do Palmeiras, o Flamengo consegue chegar ao final da partida empatando em 1 x 1. Nos jornais de todo o país, as manchetes mostravam toda a indignação pelos acontecimentos do jogo. A diretoria do Flamengo entra com uma petição no STJD, contra a Comissão de Arbitragem da CBF, liderada por Armando Marques, antigo desafeto do Flamengo. No relatório, a diretoria enumera os jogos contra Vasco, Figueirense, Santos, Portuguesa e Palmeiras, com atuações desastrosas dos Srs. Samir Yaraque, Márcio Resende de Freitas, Wilson de Souza Mendonça, Edilson Pereira de Carvalho e Giuliano Bozano, que prejudicaram por demais o Flamengo. Esqueceram também o Sr. Carlos Eugênio Simon, que também adora prejudicar o Flamengo, como na partida contra o Paraná, em que deu um pênalti inexistente contra o Flamengo e confirmou um gol do Paraná em total impedimento. Mesmo com os acontecimentos, os resultados dos outros jogos da rodada fizeram com que o Flamengo se livrasse totalmente do risco de rebaixamento. Na última rodada, o Flamengo enfrentou o Guarani no Maracanã e encerrou sua participação no campeonato empatando em 2 x 2 e ficando com o 18° lugar.  O time jogou de luto, devido a morte da Sra. Matilde Coimbra, mãe de Zico. As surpresas ficaram com o rebaixamento de Botafogo e Palmeiras para a segunda divisão.
Enfim , terminava o pior ano da história do futebol do Flamengo, com o time vencendo 24, empatando 18 e perdendo 36 jogos. Marcou 129 e sofreu 136 gols. Um ano para esquecer. Ficaria apenas a esperança de melhores tempos a favor da maior torcida do Brasil.
Se o futebol profissional não deu nenhuma alegria à torcida, o futebol amador conquistou dois títulos muito importantes. O time infantil conquistou brilhantemente e de forma invicta o V Mundialito de Futebol Infantil, disputado na Venezuela. O time Júnior conquistou, também de forma invicta, o Torneio Internacional dos Emirados Árabes, derrotando o Al Shabab da Árábia Saudita, o Borussia Dortmund da Alemanha e o Torino da Itália.
No Basquete, o Flamengo conquista o Campeonato Estadual Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Infantil Masculino e o Campeonato Estadual Masculino Adulto, com mais uma grande atuação de Oscar, que mais uma vez demonstrou toda a sua raça e amor ao Flamengo. Juntamente com atletas como Alberto, Olivinha, Alexey, Gema, Olívia, Ricardinho, entre outros, Oscar jogou a partida final contra o time do Automóvel Clube de Campos, após ter apresentado uma Arritmia Cardíaca ao final do quarto jogo do Play Off. Mesmo sendo aconselhado pelos médicos a não jogar, Oscar foi com o time para a cidade de Campos e conquistou mais um título para sua brilhante carreira. Ao final do jogo, as lágrimas que rolavam de seus olhos contagiaram toda a torcida rubro-negra, que mais uma vez se sentia orgulhosa de ver um atleta como Oscar, envergar o manto sagrado.
A Natação rubro-negra brilhou intensamente em 2002. Além do Troféu Brasil e do Bicampeonato do Troféu José Finckel, o Flamengo conquistou o Bicampeonato Estadual Absoluto de Verão e de Inverno, o Campeonato Estadual Máster, o Campeonato Brasileiro Sênior, o Bicampeonato Estadual Júnior, o Campeonato Brasileiro de Inverno Infantil e o Campeonato Brasileiro Infantil.
No Vôlei, o Flamengo conquistou os Torneios Início Feminino Infantil, Feminino Infanto Juvenil, Feminino Juvenil e Masculino Infanto Juvenil. Também conquistou os Campeonatos Municipal Feminino Infantil, Feminino Mirim, Feminino Infanto Juvenil e Feminino Juvenil. Nos Campeonatos Estaduais, o Flamengo conquistou o título nas categorias Feminino Mirim, Feminino Juvenil, Feminino Infanto Juvenil e Feminino Infantil.
O Remo do Flamengo continuou a apresentar dificuldades nesse ano, porém ainda conseguiu conquistar o Tricampeonato Estadual Feminino e o Bicampeonato Brasileiro Máster.
Na Ginástica Olímpica, a estrela de Danielle Hypólito continuou a brilhar no Brasil e no Mundo, onde se destacou em várias competições internacionais, se transformando na maior ginasta brasileira de todos os tempos. Outro atleta do Flamengo que se destacou a nível internacional foi o irmão de Danielle, o ginasta Diego Hypólito. O Flamengo consegue conquistar o Campeonato Brasileiro Feminino Juvenil individual com Thaís Cevada, o Campeonato Brasileiro Absoluto e o  Campeonato Brasileiro Individual Geral, com Danielle Hypólito. Sem dúvida, o Flamengo é o maior centro de treinamento e preparação de atletas de Ginástica Olímpica do Brasil.
No Nado Sincronizado, o Flamengo conquista o Campeonato Brasileiro Absoluto, o Campeonato Brasileiro de Solo e de Duetos na categoria Juvenil B, os Campeonatos Brasileiros e Estadual  Infantil B, Infantil de Inverno e Sênior A. Conquista também o Campeonato Estadual Infantil. Sem dúvida, o Flamengo dominou as piscinas do Brasil em 2002.  
No Judô, o Flamengo conquista o Campeonato Estadual Feminino e o Campeonato Mundial Máster Meio Pesado com Denise de Oliveira 
No Pólo Aquático, o Flamengo conquistou o Campeonato Brasileiro Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Adulto Feminino e a Primeira etapa do Troféu João Havelange.
Na Bocha, o Flamengo conquista a Copa Tiradentes.

-2003:

Presidente: Hélio Paulo Ferraz
Títulos:
Futebol: Taça Desafio Petrobrás 50 Anos
         Copa Belo Horizonte de Juniores

Basquete: Torneio de Apresentação Juvenil Masculino
          Campeonato Estadual Juvenil Masculino  
          Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino
          Campeonato Estadual Infantil Masculino
          Torneio Início Infanto Juvenil Masculino

Remo: Campeonato Estadual
      Campeonato Estadual Infantil
      Campeonato Estadual Júnior A
      Campeonato Estadual Sênior B
      Troféu Brasil Feminino
      27ª Regata da Escola Naval
      Campeonato Estadual Feminino 

Vôlei: Liga Nacional Masculino
       Campeonato Municipal Infanto Juvenil Feminino
       Campeonato Estadual Masculino Infanto Juvenil
       Campeonato Estadual Masculino Juvenil

Judô: Circuito Olímpico Peso Leve Feminino (Tânia Ferreira)
      7ª Copa Internacional de Judô Absoluto
      7ª Copa Internacional de Judô (Pré Juvenil Feminino, Juvenil Feminino e Masculino e Júnior  Feminino e Masculino)
      Campeonato Mundial Máster Meio Pesado (Denise de Oliveira)
      VII Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro
      Super Liga de Judô
      Campeonato Estadual

Natação: Campeonato Carioca Absoluto de Inverno
         Campeonato de Natação para Deficientes
         Campeonato Estadual Absoluto   

Pólo Aquático:  Festival Brasileiro Infantil da CBDA
                Campeonato Estadual Juvenil Feminino
                Copa Brasil Infanto Juvenil Masculino
                Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino

Nado Sincronizado:  Campeonato Estadual de Inverno Infantil B
                    Campeonato Estadual Infantil A
                    Campeonato Estadual Infantil B
                    Torneio Estadual de Figuras
                    Torneio Estadual Temático
                    Campeonato Brasileiro Juvenil
                    Campeonato Brasileiro Infantil B

Ginástica Olímpica:  Campeonato Brasileiro Individual Geral (Daniele Hypólito)
                     Campeonato Brasileiro Juvenil Individual (Diego Hypólito)

Futebol de Salão:  Campeonato Metropolitano Adulto
                   Campeonato Estadual Adulto
                   Campeonato Estadual Mirim
                   Campeonato Estadual Pré Mirim
                   Campeonato Estadual Fraldinha
                   Campeonato Carioca Pré Mirim
                   Campeonato Carioca Infantil
                   Campeonato Carioca Infanto Juvenil


O ano de 2003 começa com o esforço da diretoria em contratar reforços. Porém, os dirigentes esbarram na grave crise financeira que assolava o clube, como a todos os outros clubes cariocas. Depois de tentar a contratação de Júnior como diretor técnico, que não aceitou a proposta financeira do Flamengo, ficou decidido que o técnico Evaristo de Macedo continuaria na direção do time. A diretoria tentou renovar o contrato de Liedson, que havia sido o artilheiro do time no ano anterior, porém houve um grande problema com os dirigentes do Prudentópolis, que tinham parte dos direitos sobre o jogador e a novela se arrastou por muito tempo, até que o jogador foi parar no Corinthians.  O elenco também teve uma drástica redução na quantidade de jogadores. No início, as únicas contratações foram as do meio-campo Lopes, que havia jogado no ano anterior pelo Palmeiras; Felipe, que havia jogado no Vasco da Gama e que estava no futebol turco, e Fernando Baiano, atacante que havia jogado no Internacional. No início do ano, Romário mais uma vez entrou na pauta de contratações, porém, devido à divergências no acerto financeiro, mais uma vez Romário não voltaria a vestir a camisa rubro-negra. Para a defesa, o Flamengo passaria a contar com o zagueiro Valdson, que se recuperou de uma cirurgia no joelho.
Em 01 de janeiro, morria no Rio de Janeiro o ponta direita Joel, grande tricampeão carioca em 1955. Joel foi um dos grandes nomes do time que ficou conhecido como Rolo Compressor. Só não foi titular da seleção brasileira em 1958, pois havia um certo Garrincha. Foi um dos maiores pontas direitas que o Brasil já viu jogar. A Joel, a gratidão da Nação Rubro-Negra.
O time começa o ano fazendo uma pré-temporada na cidade de Resende, onde enfrenta uma Seleção local, vencendo por 2 x 0. Como a CBF havia decidido que o novo calendário do futebol brasileiro daria ênfase ao Campeonato Brasileiro, com seu início marcado para março, com jogos de ida e volta e por pontos corridos, os campeonatos regionais foram devidamente extintos. Também foi criada a Copa  Sul-Americana, com vários times da América do Sul.
No início do ano, o Flamengo inicia a disputa do Campeonato Estadual, com 12 clubes, com um turno único, que valeria a Taça Guanabara e que teria os quatro melhores colocados disputando um quadrangular. Bem diferente do "Caixão 2002", que entrou para a história como o pior Campeonato Estadual de todos os tempos. Como o Fluminense se especializou em conquistar campeonatos com pouca ou nenhuma expressão, como o Campeonato Brasileiro da Terceira Divisão, nada melhor do que também conquistar o "Caixão 2002".
O Flamengo inicia o Campeonato Estadual muito bem e se mantém na liderança, com grande vantagem, até o jogo contra o América, quando podia vencer a Taça Guanabara por antecipação. Mesmo tendo perdido por 3 x 0 para o Fluminense, com os gols sendo marcados nos primeiros onze minutos de jogo, o Flamengo conseguia manter grande vantagem de pontos sobre o Vasco. Porém, de uma forma quase inacreditável, o Flamengo perde para o América por 3 x 2 e para o Olaria por 2 x 0. O único destaque foi a goleada de 4 x 2 sobre o Botafogo. Na decisão da Taça Guanabara, o Flamengo perde a vantagem do empate e se vê obrigado a vencer o Vasco para conquistar as vantagens para a fase final do Campeonato. Com uma atuação desastrosa do árbitro e dos bandeirinhas, que culminou com a anulação de um gol legítimo de Athirson, o Flamengo empata em 1 x 1 e perde um dos títulos mais ganhos de sua existência.
Para a semifinal, o Flamengo joga contra o Fluminense, jogando por dois resultados iguais para ir à decisão. No primeiro jogo, o Flamengo joga muito mal e só consegue empatar  no final, após um apagão nos refletores do Maracanã. Mais uma vez a arbitragem atrapalha, anulando um gol legítimo do Flamengo. Para a decisão da vaga, o Flamengo volta a jogar mal e perde vergonhosamente de 4 x 0 para o Fluminense, com direito a olé e tudo. Ao final do jogo, desesperado e vendo o Flamengo ter três jogadores expulsos, o goleiro Júlio César sai driblando todo o mundo, indo ao ataque. Ao final do jogo explode o que já estava se tornando público, isto é, a total falta de comando do técnico Evaristo de Macedo sobre o elenco, ficando ele o tempo todo do jogo, à beira do campo, de mão no queixo e inerte, provocando a revolta da torcida do Flamengo, que queria pelo menos uma atitude do técnico. O goleiro Júlio César chega a chamar o técnico de burro. Com isso, o técnico é demitido, sendo substituído por Nelsinho Baptista. Ainda sobre o Campeonato Estadual, a arbitragem foi uma verdadeira vergonha, sendo que na decisão, o árbitro Samir Yaraque abusou do direito de errar. Mesmo sendo um campeonato mais organizado do que o do ano anterior, a Federação do Sr. Caixa D'Água continuou a sua missão de acabar com o futebol do Rio de Janeiro, que neste momento encontrava-se a anos-luz atrás do futebol paulista.
Com a entrada do técnico Nelsinho Baptista, ocorre uma drástica mudança na rotina de treinos na Gávea. O time começa a treinar mais e o técnico vai conseguindo dar um novo ritmo de jogo à equipe. Com a contratação de Felipe ainda durante o Campeonato Estadual, mais as entradas do lateral-direito Luciano Baiano e do cabeça-de-área Fabinho, vindos da Ponte Preta, o time vai conseguindo manter uma melhor proteção à zaga e uma melhor qualidade ao meio de campo. No ataque, o jovem Jean, vindo da equipe de juniores e que foi lançado no Estadual, se destaca, juntamente com Zé Carlos. O time passa a contar também com Igor, Paulo Miranda e Fabiano Eller, que foram contratados. A grande decepção continuou a ser Fernando Baiano, que começou o Campeonato Estadual de forma animadora, tendo até samba cantado pela torcida e que com o passar do tempo passou a ser vaiado insistentemente pelos torcedores, que não aguentavam o grande número de gols perdidos pelo atacante.
O início do Campeonato Brasileiro não foi nada animador. O time joga muito mal com o Coritiba em pleno Maracanã e consegue o empate, com gol marcado no último minuto, pelo zagueiro André Bahia. A seguir, o Flamengo vence o Bahia por 2 x 1 jogando na Fonte Nova. Neste jogo ocorre um gol muito estranho. O goleiro Júlio César, ao repor a bola em jogo, acerta a nuca de Fabinho, que de costas, voltava para o meio de campo. A bola rola para dentro do gol do Flamengo, enquanto Fabinho fica caído, meio desacordado, devido a bolada. Por sorte, Fernando Baiano marca o gol da vitória no último minuto.
Em 13 de abril, Flamengo e Fluminense voltam a se encontrar e a torcida do Flamengo exige uma "forra" da vergonhosa derrota que desclassificou o Flamengo para a final do Estadual. O time entra com vontade e com 12 minutos já vence por 2 x 0, com  dois gols de Zé Carlos. O Fluminense tem o jogador Marcão expulso após agredir André Gomes. Mesmo com dez jogadores em campo, o Fluminense ainda marcou um gol, em cobrança de falta de Carlos Alberto. Com 1 minuto do segundo tempo, Fabio Baiano dá um lençol maravilhoso no marcador e cruza a bola na área do Fluminense. A bola sobra para Zé Carlos que chuta para defesa parcial do goleiro Kleber. No rebote, Fabio Baiano marca o terceiro gol. Com 20 minutos, Fernando Baiano marca o quarto gol e a torcida já faz um carnaval no Maracanã. Inexplicavelmente, o Flamengo começa a jogar para os lados, como num coletivo e não marca uma goleada histórica no Fluminense, que dá graças à Deus por ter sido só de quatro. Neste jogo, Fabio Baiano e Zé Carlos sofrem lesões musculares, desfalcando o Flamengo por vários jogos. Na semana que antecedeu o Fla x Flu, ocorre um troca-troca, no melhor estilo Dr. Horta. O Flamengo se livra do meia Lopes, que foi a maior decepção de todas as contratações feitas e recebe do Fluminense o meio-campo Fernando Diniz. A seguir, o Flamengo vai a São Paulo jogar com o São Caetano e vê o estreante Fernando Diniz marcar o gol que deu o empate de 1 x 1 ao Flamengo. E o time só não saiu vencedor, por que o árbitro Carlos Eugênio Simon, como já é de praxe, não deu um pênalti claro em Andrezinho.
Neste meio tempo, o Flamengo inicia a disputa da Copa do Brasil enfrentando o Ceará e perdendo por 1 x 0 em Fortaleza. No jogo de volta no Maracanã, o sofrimento durou até os 25 minutos do segundo tempo, quando Zé Carlos marcou 1 x 0. Nos pênaltis, o Flamengo conseguiu vencer por 4 x 3. Na sequência, o time derrota o Remo por 4 x 0 no Maracanã e por 3 x 2 em Belém, se classificando para pegar o Vitória da Bahia, que havia derrotado o Palmeiras por 7 x 2 em pleno Parque Antárctica. No Campeonato Brasileiro, após perder para o time do Santos por 2 x 0, no Maracanã, o Flamengo vai todo desfalcado para São Paulo e consegue um empate de 1 x 1 com o Corinthians. Ao vencer o Vitória por 2 x 1, no Maracanã, o Flamengo já aparece na 5ª colocação da tabela, sendo o melhor carioca na classificação.
O Flamengo contrata novamente o atacante Edilson, contando que desta vez, com a ausência de outros jogadores encrenqueiros, como Petkovic, a permanência do jogador seria mais calma. O Flamengo volta a enfrentar o Vitória mais duas vezes pela Copa do Brasil e consegue mais duas vitórias, de 2 x 1 no Rio e 3 x 1 em Salvador, se classificando para decidir contra o Sport uma vaga para a final da Copa do Brasil. Infelizmente, no Campeonato Brasileiro, o Flamengo começa a apresentar uma queda vertical na tabela, inclusive sendo derrotado pelo Atlético Paranaense por 4 x 1 e Paraná por incríveis 6 x 2, em apenas uma semana, com os jogos sendo realizados em Curitiba.
Na Copa do Brasil, após vencer o Sport por 1 x 0 em Recife e empatar em 0 x 0 no Maracanã,  o Flamengo se classifica para decidir o título contra o Cruzeiro, que era até aquele momento o melhor time do Brasil, juntamente com o Santos. No primeiro jogo, no Maracanã, o Flamengo entra em campo com três zagueiros e joga com muito receio de atacar o adversário. Vê o Cruzeiro marcar o primeiro gol aos 30 minutos do segundo tempo e consegue empatar aos 48 minutos, por intermédio de Fernando Baiano. No Mineirão, em 11 de junho, o Flamengo é totalmente envolvido pelo Cruzeiro, que faz 3 x 0 com 26 minutos de jogo, com três gols de cabeça, perante  uma defesa rubro-negra totalmente perdida. No segundo tempo, Fernando Baiano ainda fez um gol, mas o goleiro Júlio César teve trabalho para evitar mais uma goleada. Ao final, o título fica com o Cruzeiro, que garantia assim a presença na Libertadores do ano seguinte.  
Na sequência do Campeonato Brasileiro, o Flamengo não conseguia manter uma regularidade, transformando a tabela em verdadeira gangorra. Mesmo vencendo o Vasco por 2 x 1,  o Cruzeiro por 3 x 0 e o Bahia por 6 x 0, o time perde alguns pontos bobos, como no jogo com o Fortaleza, quando perde por 2 x 0 em pleno Maracanã. Mantendo uma verdadeira maldição de jogar contra os times do Paraná, o Flamengo perde para o Coritiba por 5 x 0 e a torcida vai se revoltando contra jogadores, que passam a ser chamados de  "turma do chinelinho", pois ao invés de treinar, ficavam sentados fora de campo, alegando contusões. Felipe, que foi considerado o melhor jogador de um time muito limitado, mal conseguia ter uma sequência de jogos, com uma  grande quantidade de contusões. A partir de 21 de julho, o Flamengo contrata o técnico Oswaldo de Oliveira, que tenta dar algum padrão ao time, porém, jogadores como André Gomes, Fernando, Anderson e Fabio Baiano,  não mostravam futebol para serem titulares do time do Flamengo. As revelações ficaram por conta de Jônatas, Rafael, Ibson, Gaúcho, Vinicius, Henrique, Allan e Renan, jogadores que vieram da categoria de juniores. O jogador Nélio, que  despontara como grande esperança de se tornar um grande jogador, acaba brigando com a diretoria, por não ser logo aproveitado no time de cima e acaba saindo do Flamengo, indo parar no Atlético Paranaense. Na Copa Sul-Americana, o Flamengo é logo desclassificado, após perder para Internacional e Santos.
Na verdade, o desempenho de todos os times do Rio de Janeiro no Campeonato Brasileiro  mostrava que o futebol carioca estava passando por uma grande crise. O Botafogo disputava a segunda divisão. O Fluminense chegava ao final do campeonato na zona de rebaixamento e lutando para não cair. O Vasco se mantinha nas posições inferiores da tabela desde o início do campeonato e o Flamengo ainda conseguia ser o melhor dos cariocas, mas nunca conseguindo chegar a parte superior da tabela. O futebol do Rio de Janeiro via times de outros Estados se apresentarem de forma muito melhor, sem contar que a situação financeira dos clubes cariocas era muito difícil.                           
Em outubro, o Flamengo inicia uma recuperação dentro do campeonato. Antes do jogo contra o Vasco, exatamente na véspera, o técnico Oswaldo de Oliveira anuncia a sua saída do Flamengo e que estaria dirigindo o time pela última vez no clássico, pois estava insatisfeito com os atrasos de salário e a falta de estrutura do clube. O Flamengo vence novamente o Vasco por 2 x 1, com um gol de Edilson no último minuto, assim como no primeiro turno, quando venceu pelo mesmo placar, também com um gol no último minuto, marcado por Cássio. Isso gerou uma brincadeira por parte da torcida do Flamengo, pois o presidente do Vasco anunciou pela televisão, antes do jogo, que jogar contra o Flamengo era um campeonato à parte. Assim, a torcida rubro-negra considerava que o Flamengo havia se sagrado bicampeão neste ano. Apesar da vitória, o clima esquentou quando a diretoria anunciou que o irmão de Oswaldo de Oliveira, que era seu auxiliar, iria assumir a direção do time. Assim Waldemar Lemos de Oliveira faz sua estréia como treinador, apesar dos protestos da torcida. Ele permanece invicto por 5 jogos, vencendo o Paysandu por 2 x 0, o Grêmio por 2 x 1 e o Atlético Mineiro por 3 x 2, numa virada espetacular, quando o time perdia por 2 x 1 até os 38 minutos do segundo tempo. Infelizmente, o Flamengo perde de 4 x 1 para o vice-lanterna da competição, o Fortaleza, quebrando a série invicta do técnico Waldemar e tornando impossível a missão de conseguir uma vaga para a Taça Libertadores da América do ano seguinte. 
Em 15 de novembro, dia do 108º aniversário do Flamengo, houve um jogo amistoso contra o Racing da Argentina, realizado em Aracaju, onde foi disputada a Taça Desafio Petrobrás 50 Anos, que além de comemorar o aniversário do Flamengo, também serviu para comemorar os 50 anos da Petrobrás e a maior parceria que um clube de futebol já tivera até então. O Flamengo venceu os argentinos por 2 x 1 e conquistou a taça.  
Nas últimas rodadas do Campeonato Brasileiro, o Flamengo consegue vencer o Criciúma por 1 x 0 e o São Paulo por 3 x 1, encerrando sua participação em oitavo lugar. Foi, sem dúvida, a melhor colocação dos últimos campeonatos, porém o Flamengo ainda mostrou muitas deficiências e um time longe de suas tradições. Mesmo assim, ainda foi o melhor clube carioca na competição, pois o Vasco terminou em décimo sétimo e o Fluminense em décimo nono, lutando até a última rodada para não cair para a segunda divisão. O time do Cruzeiro realizou um campeonato sensacional e com todos os méritos, sagrou-se campeão brasileiro. 
Em 08 de dezembro, o Flamengo realizou eleições para escolher seu novo presidente, para o triênio 2004 -2006. Dando a maior demonstração de democracia e civilidade, os sócios escolheram Márcio Braga para ser o novo presidente, em seu quinto mandato à frente do Flamengo. De cara ele contrata Júnior para ser o novo diretor de futebol do clube e Carlinhos para dirigir as divisões de base. Promete dar valor à "prata da casa" e reformular o clube, modernizando-o e acabando com a crise financeira que o assolava. A torcida deposita em Márcio Braga a mesma esperança de ver o Flamengo renascer, assim como fora em seu primeiro mandato, em 1977, quando ele levou o Flamengo a figurar entre os maiores clubes do mundo.  
No futebol amador, o Flamengo conquista o título da Taça Belo Horizonte de futebol júnior, que já havia conquistado em 1986.
No Basquete, o Flamengo conquista o Torneio de Apresentação Juvenil Masculino, o Torneio Início Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Juvenil Masculino e o Campeonato Estadual Infantil Masculino.
No Remo, o Flamengo conquista a 27ª Regata da Escola Naval, o Campeonato Estadual Feminino e o Campeonato Estadual, após 5 anos de jejum. Na última regata, o Flamengo estava atrás do Vasco da Gama e exatamente no dia de seu aniversário, conquista de forma espetacular o campeonato. Mesmo com o desespero do Vasco, o que provocou uma confusão daquelas ao final da última regata e que levou o resultado final para os tribunais, o Flamengo teve confirmado seu título. Conquistou também o Campeonato Estadual nas categorias Infantil, Júnior A e Sênior B e o Troféu Brasil Feminino.
No Vôlei, o Flamengo conquista a Liga Nacional Masculino, o Campeonato Estadual Infanto Juvenil Feminino, o Campeonato Estadual Masculino Infanto Juvenil e o Campeonato Estadual Masculino Juvenil. Conquista também o Troféu Eficiência devido ao seu desempenho neste ano.
No Judô, o Flamengo conquista o Circuito Olímpico Peso Leve, a 7ª Copa Internacional de Judô Absoluto, a 7ª Copa Internacional de Judô Pré Juvenil Feminino, Juvenil Feminino e Masculino e Júnior Masculino e Feminino. Também conquista o Bicampeonato Mundial Máster Meio Pesado com Denise de Oliveira, o VII Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro e a Super Liga de Judô.
Na Natação, o Flamengo conquista o Tricampeonato Carioca Absoluto de Inverno, o Campeonato Estadual de Natação para Deficientes e o Tricampeonato Estadual Absoluto.
No Pólo Aquático, o Flamengo conquista o Festival Brasileiro Infantil da CBDA, a Copa Brasil Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino e o Campeonato Estadual Juvenil Feminino.
No Nado Sincronizado, o Flamengo conquista o Campeonato Estadual de Inverno Infantil B, o Campeonato Estadual Infantil B, o Campeonato Estadual Infantil B, o Torneio Estadual de Figuras, o Torneio Estadual Temático, o Campeonato Brasileiro Juvenil e o Campeonato Brasileiro Infantil A.
Na Ginástica Olímpica, o Flamengo conquista o Campeonato Brasileiro Individual Geral com Daniele Hypólito e o Campeonato Brasileiro Individual Juvenil com Diego Hypólito.
No Futebol de Salão, o Flamengo conquista o título inédito de Campeão Estadual Adulto. Também conquistou o Campeonato Metropolitano Adulto, o Campeonato Estadual Mirim, o Campeonato Carioca Pré Mirim, o Campeonato Carioca Infantil e o Campeonato Carioca Infanto Juvenil.  

-2004:

Presidente: Márcio Baroukel de Souza Braga
                               
Títulos:
Futebol: Taça Guanabara (1º Turno do Campeonato Estadual)
         Campeonato Estadual de Futebol
         Troféu Rádio Tropical (RJ)
         Troféu Tok Sports ao Campeão Estadual         
         Taça dos Campeões Estaduais (Rio-São Paulo)
         Campeonato Estadual Juvenil
         Copa Rio Juvenil (Campeonato Brasileiro Juvenil)
         Campeonato Estadual Mirim  

Remo:       28ª Regata da Escola Naval
            11ª Regata Remo do Futuro
            1ª Regata de Rio das Ostras (RJ)
            Troféu Brasil Feminino
            Campeonato Estadual
            Campeonato Estadual Estreantes
            Campeonato Estadual Júnior B
            Campeonato Estadual Peso Leve
            Campeonato Estadual Feminino

Basquete:  Campeonato Estadual Juvenil Masculino
           Torneio Início Infanto Juvenil Masculino
           Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino

Judô:      Torneio Aberto de New York (USA) com João Gabriel Schlitter
           Campeonato  Pan Americano Juvenil
           Campeonato Brasileiro Pré Juvenil Masculino
           Campeonato Mundial Máster Meio Pesado com Denise de Oliveira
           Campeonato Brasileiro Juvenil
           Copa Seishin Júnior Feminino.

Vôlei:     Torneio Início Mirim Masculino
           Torneio Início Infantil Feminino
           Torneio Início Infanto Juvenil Feminino
           Torneio Início Juvenil Masculino

Ginástica Olímpica:  Campeonato Brasileiro Feminino Infantil A
                     Campeonato Brasileiro Masculino Infantil A

Natação: Campeonato Estadual Absoluto

Pólo Aquático:   Copa Brasil Infanto Juvenil Masculino.
                 Campeonato Brasileiro Infanto Juvenil Masculino
                 Campeonato Brasileiro Juvenil Feminino
                 Campeonato Estadual Juvenil Masculino
                 Campeonato Estadual Infanto Juvenil masculino

Nado Sincronizado:   Campeonato Estadual Infantil B
                     Campeonato Brasileiro Infantil B
                     Campeonato Brasileiro Juvenil


O ano de 2004 se inicia com a presidência de Márcio Braga, que encontra o Flamengo mergulhado em uma dívida de aproximadamente 200 milhões de reais, fruto de administrações catastróficas. Como primeira providência, Márcio contrata Júnior para ser o Diretor de Futebol, criando o Fla-Futebol, que teria uma administração independente, onde todas as decisões seriam de Júnior, com o aval do presidente. Para o comando do time, é contratado Abel Braga, ex-zagueiro do Vasco e que já havia treinado times no Brasil e na França. Ele chega carregando consigo a desconfiança de todos e da imprensa em geral. São dispensados os jogadores Yan, Valnei, Fernando Diniz, Fernando, Fabinho, Zé Carlos, Luciano Baiano e André Gomes. Inicialmente, o Flamengo tenta contratar o jogador argentino Júlio Castillo, que havia sido oferecido ao clube por empresários que levaram uma fita de vídeo, mostrando as qualidades do jogador. Como sempre, a imprensa fez uma festa, pelo fato do Flamengo estar contratando um jogador por causa de uma fita de vídeo. Ao mesmo tempo, Júnior não concorda com a contratação, que teve no dirigente Paulo Dantas, seu principal articulador. Isso cria a primeira crise dentro da diretoria, mas o jogador acaba sendo descartado.
Na reapresentação do time, o Flamengo anuncia seus novos jogadores para a temporada. Foram contratados o lateral esquerdo Roger, o meio campo Juliano, o zagueiro Júnior Baiano, o atacante Rafael Gaúcho, o lateral esquerdo Nielsen, o meio campo Da Silva e  os atacantes Flavio e Charles. O Flamengo consegue renovar o contrato do lateral direito Rafael, que havia feito muito sucesso no time, no ano anterior. Ao mesmo tempo, mais uma crise surge na Gávea. O jogador Edilson não se reapresenta com o grupo, justificando que só o faria quando completasse 1 mês de férias. Na verdade, Edilson não queria ficar mais no Flamengo e fez de tudo para ser dispensado. Com isso, Abel reúne a imprensa e dá por encerrada a chamada "Turma do Chinelinho", como ficou conhecido o grupo de jogadores que faziam corpo mole, não treinavam e não jogavam, devido a várias contusões estranhas.  O time começa a pré temporada treinando no CFZ, onde Zico mais uma vez abre as portas de seu clube para o Flamengo. Edilson continuava sem mandar notícias.
Em 10 de janeiro, o presidente Márcio Braga reúne atletas, ex-atletas e sócios para limpar o terreno do chamado Ninho do Urubu, em Vargem Grande, onde o Flamengo tentaria finalmente construir o seu Centro de Treinamentos. Na verdade, foi uma grande jogada de marketing, onde Márcio consegue a atenção da imprensa e de toda a nação rubro-negra, que até duvidou que todas aquelas pessoas iriam comparecer ao chamado do presidente. Nesse momento, Júnior e Abel já se mostram extremamente irritados com Edilson, que não dava notícias. Em 14 de janeiro, o Flamengo inicia a temporada, disputando um amistoso com o CFZ de Brasília, vencendo o time de Zico por 3 x 2, porém deixando a torcida preocupada, principalmente com as falhas de Júnior Baiano, que se encontrava parado há mais de 1 ano. Finalmente, em 15 de janeiro, o Flamengo rescinde o contrato de Edilson.
Na tentativa de contratar um atacante de nome, o Flamengo anuncia a possível contratação de Ozéas, porém o jogador não aceita a proposta do Flamengo. Enquanto isso, na Gávea, os torcedores se admiravam com o futebol apresentado por um jogador vindo de Serra Leoa, chamado Aluspha Brewa, que treinava no clube. Mais uma vez, a imprensa fez a festa. Devido as gozações da imprensa, o Flamengo fica temeroso em contratar o jogador, que mostrava algumas boas qualidades, como a velocidade e o toque de bola. Nesse momento, o Flamengo efetiva do time de juniores os jogadores Getúlio Vargas (goleiro), Renan, Henrique, Andrezinho, Alan, Ibson, Júnior, Gauchinho, Anderson, Bruno, Diogo e João Alex. Contrata também o meio campo Douglas Silva e o veterano Zinho. 
Para o início do Campeonato Estadual, o Flamengo tinha um time muito desacreditado e via a imprensa eleger o Fluminense como o grande favorito, principalmente após o time tricolor ter contratado Edmundo, que iria mais uma vez tentar jogar ao lado de Romário. Também contratou Roger e Ramon,  formando o que a torcida já estava chamando de quarteto fantástico, sob a regência do técnico Valdir Espinoza. Pois bem, só para começar, o Fluminense bagunça o início do campeonato, se recusando a jogar contra o Madureira no estádio do adversário, pois afirmava que a renda do jogo no Maracanã seria muito grande, devido ao grande apelo de público que seus novos jogadores teriam e que jogar em Madureira seria perder dinheiro. Ao mesmo tempo, aparecia no campo do Madureira um grande buraco, provocado por uma possível reforma, o que fez com que o jogo fosse marcado para o Maracanã. Com isso, Flamengo e Botafogo reagem, não concordando com a troca do local do jogo, pois afirmavam que com isso, o Fluminense jogaria um jogo a mais no Maracanã. Com o aval da FERJ e do Secretário de Segurança Antony Garotinho, o Fluminense consegue seu intento. Com isso, Flamengo e Botafogo solicitam vistoria em todos os estádios do Rio de Janeiro, já que segurança não poderia ser um privilégio dos tricolores. Com isso, o Flamengo estréia no campeonato, jogando em Cabo Frio, contra a Cabofriense, no Estádio Alair Correa, que teve toda a arquibancada descoberta interditada para os torcedores. Ao chegar do Rio de Janeiro, a torcida do Flamengo enfrenta a polícia e toma de assalto o estádio. O Flamengo vence por 2 x 0, com gols de Jean e Fabiano Eller. O Fluminense, mesmo jogando no Maracanã, consegue vencer o Madureira por 2 x 1, com gol de Edmundo no último minuto.
Em 24 de janeiro, o futebol brasileiro perde Leônidas da Silva, que morre em São Paulo, onde vivia internado em uma clínica, padecendo do Mal de Alzheimer. Leônidas da Silva foi um dos maiores jogadores da história do futebol mundial, criador da "bicicleta" e sendo conhecido como Diamante Negro. Defendeu o Flamengo de 1936 a 1941 e se tornou um dos maiores ídolos que o Flamengo já teve.
A seguir, o Flamengo empata em 1 x 1 com o Friburguense, em pleno Maracanã, com uma atuação muito ruim, principalmente de sua defesa. Em 01 de Fevereiro, o Flamengo vai a campo enfrentar o poderoso time do Fluminense, favoritíssimo para ganhar o estadual. O time joga com Júlio César, Rafael, Júnior Baiano, Fabiano Eller e Roger, Da Silva, Ibson(Jônatas), Fabio Baiano e Felipe, Jean(Igor) e Rafael Gaúcho(Flavio). No primeiro tempo, o Flamengo domina o Fluminense e marca 1 x 0, por intermédio de Jean, que após grande jogada de Felipe, recebe a bola na entrada da área e bate colocado. Não dá tempo nem para comemorar, pois Romário se aproveita de falha de Da Silva e Júnior Baiano para empatar. No segundo tempo, Fabiano Eller comete pênalti e Romário vira o placar. Poucos minutos depois, aos 23 minutos, Júnior Baiano rebate mal uma bola, que chega a Romário, que coloca Rodolfo cara a cara com Júlio César, marcando 3 x 1 para o Fluminense. A torcida do Fluminense faz uma festa nas arquibancadas e tudo levava a crer que o tal favoritismo era mesmo real. Romário pede para sair e a partir daí, o Flamengo faz história. Aos 25 minutos, Felipe recebe lançamento de Jean e chuta de direita. A bola entra no canto direito do goleiro Kleber. Aos 26 minutos, Rafael cruza e Roger entra pelo meio da zaga e cabeceia para empatar o jogo em 3 x 3 e fazer a festa mudar de lado na arquibancada. Finalmente aos 30 minutos, Roger recebe de Felipe, entra pela esquerda e desfere um tiro cruzado que morre no ângulo oposto do gol de Kleber, marcando uma virada histórica e heróica. Nas arquibancadas, a torcida do Flamengo lança moda, ao instituir como hino da campanha a música da cantora baiana Ivete Sangalo, que tem um refrão que diz "Poeira, poeira, levantou poeira". A vitória do Flamengo abre uma crise nas Laranjeiras, já que o grande time tricolor não mostrou  o futebol que sua torcida esperava e já havia a desconfiança que o tal quarteto fantástico não tinha condições de jogar junto, pois o time ficaria sem marcação  no meio de campo.
Em 04 de fevereiro, o Flamengo inicia a disputa da Copa do Brasil, enfrentando o CRB de Alagoas, no Estádio Rei Pelé. O time vencia por 3 x 1 e vê o CRB virar para 4 x 3. Ao final, com 3 gols do estreante Diogo, o Flamengo empata em 4 x 4, mostrando que a sua defesa e principalmente Fabio Baiano, falhavam demais. O técnico Abel dá uma bronca nos jogadores, já demonstrando o seu estilo durão. Para piorar a crise, o Flamengo perde para o América por 4 x 3, com o América jogando uma grande e talvez a única grande partida neste campeonato. O Flamengo reclama contra a arbitragem que deixa de marcar 3 pênaltis escandalosos a favor do time, enquanto que o time do América batia à vontade, sem nenhuma providência do juiz. Júnior Baiano e Fabio Baiano são afastados do time e por incrível que pareça, a partir daí o Flamengo parte para ganhar a Taça Guanabara.
Nesse intervalo, o Flamengo perde o jogador Igor, que deixa o Flamengo para jogar no Coritiba e rescinde o contrato de Fabio Baiano. Impedido de receber o patrocínio da Petrobrás, devido a uma dívida com o INSS, o presidente Márcio Braga reúne a imprensa e afirma que o Flamengo está a beira da falência. Devido a isso, o Flamengo também não pode contratar o jogador Aluspha, de Serra Leoa, liberando-o.
Ao vencer o Madureira por 5 x 1, jogando em Édson Passos, o Flamengo se classifica em segundo lugar em seu grupo, que teve o Fluminense em primeiro. Com isso, o Flamengo disputaria uma semifinal com o Vasco da Gama, enquanto o Fluminense enfrentaria o Americano de Campos, no Maracanã. Em 15 de fevereiro, com grande atuação de Felipe, que já se tornava o maior jogador do Flamengo e do campeonato, o time vence o Vasco por 2 x 0, com gols de Felipe e Henrique, se classificando para a final contra o Fluminense, que havia vencido o Americano. Outro jogador que também chamava a atenção era o meio de campo Ibson, que mostrava grande qualidade técnica. Em 18 de fevereiro, o Flamengo vence o CRB por 3 x 1, se classificando para a próxima fase da Copa do Brasil.
Em 21 de fevereiro, sábado de carnaval, o Flamengo enfrenta o Fluminense, que vinha mordido e novamente com o favoritismo da imprensa. O time joga com Júlio César, Rafael, Henrique, Fabiano Eller, Roger, Robson, Ibson(Anderson Luiz), Zinho, Felipe, Jean(Rafael Gaúcho) e Diogo(Andrezinho). Com uma atuação sensacional no primeiro tempo, quando dominou totalmente o Fluminense, o Flamengo fez 1 x 0 aos 34 minutos, com gol de Fabiano Eller, que escora de cabeça falta cobrada por Zinho. Na volta para o segundo tempo, o Flamengo perde duas grandes chances de gol, com Rafael cabeceando para fora e com Jean mandando a bola no travessão. Logo após, Jean entra livre e o goleiro Kleber defende milagrosamente com os pés. O Flamengo perdia várias chances de gol e como diz o ditado, quem não faz, leva. Aos 20 minutos, o Fluminense empata com Antônio Carlos. Ao dar a saída, Diogo faz grande jogada na ponta direita, toca para Rafael que cruza. Jean entra de carrinho e faz o segundo gol. A torcida do Flamengo que havia levado um susto, vibra intensamente 1 minuto depois do empate tricolor. Porém, aos 25 minutos, Henrique acaba fazendo gol contra, levando o jogo novamente para o empate. Nessa altura do jogo, já devia ter gente passando mal, pois a emoção era tremenda. Aos 30 minutos, quando a torcida do Flamengo já esperava pelo pior, Ibson dá um passe sensacional para Roger, que entra no meio de dois zagueiros tricolores e dá um leve toque na bola, tirando totalmente o goleiro Kleber da jogada. A bola entra mansamente no gol do Fluminense, causando uma explosão de alegria na torcida do Flamengo, que "levantava poeira" no Maracanã. Roger se transformava no grande algoz do Fluminense, já que havia marcado duas vezes  no primeiro jogo e agora dava o título de campeão da Taça Guanabara para o Flamengo, que assim a conquistava  pela décima sexta vez. No meio de campo, Zinho dava o toque de classe e experiência que o time precisava. Felipe era o grande craque, fazendo jogadas que lembravam Garrincha, driblando seus marcadores e fazendo fila de adversários, que tentavam em vão tirar-lhe a bola.
Antes de iniciar o segundo turno, Felipe sofre grave lesão no tornozelo, o que o tira de quase toda a Taça Rio. Em Campos, o Flamengo é prejudicado demais pela arbitragem do Sr. Wagner Tardelli, que anula dois gols legais do Flamengo e deixa o time campista bater à vontade. O time empata em 1 x 1 com o Americano. Posteriormente, o Flamengo empata em 1 x 1 com o Bangu, no Maracanã e a imprensa já falava que sem Felipe o Flamengo não era mais o mesmo time. A seguir o Flamengo perde para o Olaria por 1 x 0, jogando na Rua Bariri e tomando o gol no último minuto.  Jogando novamente com Felipe, mas jogando ainda muito mal, o Flamengo vence a Portuguesa, na Ilha do Governador, por 1 x 0. Ao perder por 1 x 0 para o Botafogo, tendo Felipe expulso de campo, o time se via excluído da disputa do título do segundo turno. Ao jogar com o time reserva e perder de 2 x 1 para o Vasco da Gama, o Flamengo esperaria a decisão do segundo turno, entre Vasco e Fluminense. Mesmo contra o favoritismo da imprensa, o Vasco vence o Fluminense por 2 x 0 e conquista a Taça Rio. Nesse intervalo, o Flamengo vence o Tupi de Juiz de Fora, por 3 x 2 e 4 x 0 pela Copa do Brasil e contrata os jogadores Athirson, André Bahia e Reginaldo Araújo. 
Em 02 de abril, o presidente Márcio Braga lança a campanha "Eu Amo o Fla", para arrecadar dinheiro, pois o clube ainda não conseguia receber o patrocínio da Petrobrás. Nesse intervalo, o Flamengo acerta com a Prefeitura de Volta Redonda, um contrato, onde o time receberia cem mil reais por partida disputada no novo Estádio Raulino de Oliveira, durante o Campeonato Brasileiro.
Em 11 de abril, o Flamengo disputa o primeiro jogo da decisão do campeonato, contra o Vasco da Gama. O time vai a campo com Júlio César, Rafael, Fabiano Eller, Henrique, Roger, Da Silva, Douglas Silva, Zinho(Júnior Baiano), Felipe e Jean (Diogo). Com gols de Rafael e Fabiano Eller e com a péssima atuação da arbitragem, que expulsou Da Silva e Júnior Baiano, o Flamengo vence por 2 x 1, com o Vasco marcando seu gol no último minuto. Mesmo dominando o jogo, o Flamengo perdeu a chance de praticamente definir o título. Durante a semana do jogo decisivo, os microfones da TV Globo registraram durante o treino do Vasco, o treinador Geninho pedir ao jogador Henrique que acertasse o tornozelo de Felipe, para impedir o jogador rubro-negro de jogar. O fato foi muito usado pela imprensa e o técnico Abel aumentou ainda mais o ânimo dos jogadores para a decisão. A diretoria do Flamengo cria um clima de cobrança sobre a arbitragem, para impedir a violência, que já havia se tornado uma constante contra Felipe.
Em 18 de abril, o Flamengo vai a campo com Júlio César, Rafael(Reginaldo Araújo), Fabiano Eller, Henrique, Roger, Robson, Douglas Silva, Zinho(Thiago), Felipe e Jean(Jônatas) para decidir o campeonato estadual. Aos 2 minutos de jogo, Valdir marca, em total impedimento, o gol do Vasco, assustando a torcida do Flamengo. A partir daí, o Flamengo passa a dominar o jogo, mas não cria grandes jogadas de perigo para o gol de Fabio. Aos 4 minutos do segundo tempo, o jogador Róbson ganha a bola no meio de campo e avança. Na entrada da área, toca para Jean, que desloca o goleiro Fabio e empata o jogo. O Maracanã explode com o gol de Jean. A torcida do Vasco, que era minoria absoluta no estádio, fica calada. Aos 9 minutos, o jogador Coutinho dá um pontapé criminoso em Felipe e é expulso de campo. Ao 28 minutos, o Flamengo parte para um contra ataque rápido. Zinho toca para Felipe, que coloca Jean na cara do gol. Ele só tem o trabalho de chutar para o segundo gol do Flamengo. A torcida já levantava poeira e fazia um espetáculo sensacional nas arquibancadas. Aos 32 minutos, em jogada pela esquerda, Roger toca para Jean, que toca na saída de Fabio, marcando o terceiro gol do Flamengo. O time do Flamengo começa a dar olé, sob o comando da torcida nas arquibancadas, o que irrita o time do Vasco. Após agredir Felipe, o jogador Valdir é expulso de campo, juntamente com Felipe, Boleta e Henrique. Aos 39 minutos, Ibson é agredido por Ygor que também é expulso. O Vasco termina o jogo com sete jogadores. O Flamengo deixa de dar uma goleada histórica no Vasco. No último minuto, Fabiano Eller marca mais um gol, mas é anulado por impedimento. Ao final da partida, o Flamengo conquistava o Campeonato Estadual e a torcida mais uma vez entoava o grito de "Vice de Novo" para a torcida do Vasco.
Não deu tempo nem para comemorar, pois três dias depois, o Flamengo iniciava a disputa do Campeonato Brasileiro, jogando contra o Grêmio, no Estádio Olímpico, empatando em 0 x 0. A seguir, jogando no Estádio Raulino de Oliveira, o Flamengo empata em 0 x 0 com a Ponte Preta, com o time paulista só se defendendo. Jogando em Curitiba, o Flamengo perde de virada para o Paraná por 2 x 1 e posteriormente, empata em 1 x 1 com o São Caetano, jogando em Volta Redonda, com um festival de gols perdidos por Jean. O time sentia a falta de um centro avante típico, tendo em Jean o único jogador que tentava fazer gols.
Ao vencer o Santa Cruz por 1 x 0 em Recife e no Rio de Janeiro, o Flamengo se classifica para enfrentar o Grêmio pela Copa do Brasil. Ao vencer por 1 x 0 em Porto Alegre e empatar em 0 x 0 no Rio, o Flamengo enfrentaria o Vitória da Bahia na semifinal. No primeiro jogo, o time entra em campo com a desconfiança de quem tinha perdido para o Vitória por 5 x 1 no Campeonato Brasileiro semanas antes. Porém, o time realiza um grande segundo tempo e vence o Vitória por 1 x 0. Nesse jogo, o Flamengo perde Zinho, com grave contusão no joelho, que o deixaria de fora das finais. Ao vencer por 2 x 0, no Maracanã, com grande atuação do goleiro Júlio César, que defende até pênalti, o time se classificava para a final da Copa do Brasil, contra o surpreendente time do Santo André, que havia eliminado Atlético Mineiro, Palmeiras e XV de Novembro de Campo Bom (RS).
No Campeonato Brasileiro, o Flamengo não se apresentava bem, perdendo vários jogos e ficando na zona de rebaixamento desde a 6ª rodada. Os jogadores começam a reclamar do atraso dos salários e o clima já não era o mesmo do Campeonato Estadual. Ao solicitar a CBF que desconvocasse Felipe para amistosos da Seleção Brasileira, o jogador mostrou toda a sua insatisfação. Chegou até a perder pênalti contra o Internacional, quando poderia empatar o jogo. Ao final da partida, o jogador fez críticas à torcida de Volta Redonda e ao estádio, criando uma grande insatisfação. Contra o Fluminense, o Flamengo faz 1 x 0, novamente por intermédio de Roger, mas deixa o Fluminense virar. Após, deixa a vitória escapar no último minuto do jogo contra o Goiás, empatando por 2 x 2. O time perdia muitos gols e Jean já não marcava a muito tempo. Ao vencer o Atlético Paranaense por 3 x 0 e o Paysandu por 4 x 1, em Volta Redonda, o time dá a impressão de que ia embalar, porém o pior estava para chegar. A única nota interessante foi conquistar a Taça dos Campeões Estaduais na partida contra o São Caetano, campeão paulista, em 2 de maio, em Volta Redonda.
Em 23 de junho, o Flamengo vai ao Pacaembu para jogar a primeira partida da final da Copa do Brasil, que daria ao vencedor uma vaga para a Libertadores de 2005. No primeiro tempo, o Flamengo domina o Santo André e marca 1 x 0, por intermédio de Roger. No segundo tempo, o time cai de produção e deixa o Santo André virar o jogo. No final, Athirson empata, ao cobrar uma falta da intermediária. Ao empatar em 2 x 2, o time leva uma grande vantagem para decidir o título no Maracanã. Em 30 de junho, o Flamengo vê sua torcida lotar o Maracanã para comemorar mais um título. O time joga no primeiro tempo com o regulamento debaixo do braço e  empata por 0 x 0. No segundo tempo, o time praticamente andou em campo. Logo aos 9 minutos, o Santo André faz 1 x 0, após cobrança de escanteio, com a defesa só olhando. Quando todos pensavam que o time iria reagir e buscar o empate, que lhe daria o título, o que se viu foi um time descoordenado. Um bando em campo. O time do Santo André dominava o jogo e marcou 2 x 0. A torcida não acreditava no que via. Pelo segundo ano consecutivo, o Flamengo perdia uma decisão da Copa do Brasil. Ao final, a torcida do Flamengo deixa o Maracanã  decepcionada e tendo que aguentar as gozações dos recalcados torcedores dos outros times.
A derrota deixou o time para baixo. No Campeonato Brasileiro, o time acumulava derrotas, não saindo da zona de rebaixamento. Após a Copa do Brasil, Júlio César e Felipe foram convocados para disputar a Copa América pela Seleção Brasileira, onde conquistaram o título, após vitória sensacional contra a Argentina, nos pênaltis. Felipe já cogitava a possibilidade de se transferir para a França, porém, devido a desistência dos franceses, permanece no Flamengo. Após perder para Santos e Juventude, o técnico Abel pede demissão. A situação na Gávea não era boa, principalmente quando o presidente Márcio Braga sai de férias, para a Disneylândia. Isso gera uma reação da imprensa, que deita e rola. O fato do presidente viajar toma páginas inteiras de jornais, porém a notícia de que o presidente do Vasco, Eurico Miranda, havia sido condenado a 18 meses de prisão tomava pequenas notas de pé de página. Com a saída de Abel, o ex-jogador Andrade assume interinamente e na sua estréia, o time vence o Guarani por 1 x 0, em Campinas. Já havia uma grande insatisfação de Júnior com a diretoria, principalmente com o presidente interino Arthur Rocha, que mesmo contra a vontade do Fla-Futebol, contratou o jogador Dimba, artilheiro e recordista de gols em campeonatos brasileiros. O fato também causou descontentamento nos jogadores, que estavam com salários atrasados e viam o clube contratar um jogador caro. Com a volta do presidente Márcio Braga, Júnior é mantido no cargo e o presidente se responsabiliza pela contratação de Dimba. Mesmo ficando três jogos sem perder, Andrade é substituído por Paulo César Gusmão, que havia sido auxiliar do técnico Vanderlei Luxemburgo. O time mostra possibilidades de recuperação, quando vence o São Paulo por 1 x 0 com gol de Dimba. Porém, ao perder para o Cruzeiro por 2 x 0, o Flamengo termina o primeiro turno do Campeonato Brasileiro em último lugar. A torcida já começava a pensar seriamente na segunda divisão.          
No primeiro jogo do returno, o Flamengo volta a jogar no Maracanã e vence o Grêmio por 3 x 0, deixando a zona de rebaixamento pela primeira vez, desde a sexta rodada do campeonato. A seguir, o Flamengo perde de 1 x 0 para a Ponte Preta, jogando em Campinas. No dia seguinte, o técnico Paulo César Gusmão entrega o cargo de treinador, alegando interferências de diretores em seu trabalho, o que foi totalmente negado por Júnior. A seguir, novamente sob o comando de Andrade, o Flamengo vence o Paraná por 2 x 1, com dois gols de Dimba, que já vai se tornando o artilheiro do time. O time vence novamente no Maracanã, deixando Volta Redonda de lado. Segundo os matemáticos, quem conseguisse chegar aos 54 pontos, não seria rebaixado. Até esse momento, o Flamengo tinha 26 pontos e ainda jogaria mais 20 jogos. A torcida ainda estava assustada com a possibilidade do rebaixamento. Após a vitória sobre o Paraná, o Flamengo contrata o treinador Ricardo Gomes, ex-jogador do Fluminense e que havia sido demitido do tricolor uma semana antes. A torcida via o técnico com muita desconfiança, até porque o treinador havia sido o responsável pela desclassificação da seleção pré-olímpica para as Olimpíadas de Atenas. O time segue para Águas de Lindóia para poder treinar por 1 semana, longe da pressão da Gávea.
A partir daí, o Flamengo consegue realizar boas partidas, como nas vitórias sobre o São Caetano por 1 x 0, jogando na casa do adversário, 2 x 0 sobre o Vitória e 4 x 0 sobre o Goiás, o que tirou o time da zona de rebaixamento. Porém, o time ainda não apresentava uma regularidade. Ainda perdia jogos bobos, como nas derrotas para o Fluminense e Atlético Paranaense por 2 x 1. O time apresentava duas boas novidades. O jogador Júnior que se destacava no meio campo, juntamente com Ibson e a zaga composta por Júnior Baiano e André Bahia, que se firmou após a saída de Fabiano Eller e que deu um pouco mais de segurança ao time. Nesse intervalo, o Flamengo disputou a Copa Sul-Americana contra o Santos. No primeiro jogo, empatou em 0 x 0 na Vila Belmiro. No segundo, jogando em Volta Redonda, o Flamengo vencia por 2 x 1, após virada espetacular no primeiro tempo, porém entrega o empate no último minuto e perde nos pênaltis, sendo desclassificado.
O clima dentro do clube não era bom. O jogador Dimba fica meio isolado do grupo. Primeiro pelo fato de ter sido contratado e recebido um adiantamento do salário, enquanto os outros jogadores estavam com 3 meses de salários atrasados. O segundo motivo foi o temperamento meio calado do jogador. Como não estava fazendo os gols que a torcida esperava dele, mesmo tendo um início animador, ele começa a cair em desgraça. Chega ao ponto de entrar em atrito com o treinador Ricardo Gomes, que acaba demitido, após o Flamengo retornar para a  zona de rebaixamento faltando sete rodadas para o final do Campeonato Brasileiro. Andrade volta a assumir a direção técnica do time, mesmo com Zinho e Felipe não concordando com a demissão de Ricardo Gomes. André Bahia é afastado do elenco, por assinar contrato e posar para fotografias vestindo a camisa de um time da Holanda. A torcida estava tremendo de medo de ver o time cair para a segunda divisão. Nesse momento, o Flamengo precisava vencer 4 jogos em 7 para não cair. Até mesmo Zico mostrava a sua indignação, quando em programa de televisão, disse que os jogadores precisavam ter vergonha na cara e respeitar a camisa do Flamengo. Se não estavam recebendo em dia, que não jogassem. Mas se entrassem em campo, dessem  tudo pela vitória.
A vitória sobre o Guarani por 1 x 0, mesmo sendo dominado a maior parte do tempo, deu um  alento, porém, com a derrota por 6 x 1 para o Atlético Mineiro, tendo Júnior Baiano expulso de campo aos 2 minutos de jogo, o Flamengo retorna à zona de rebaixamento. Devido a isso, os jogadores foram agredidos por torcedores revoltados, no Aeroporto Santos Dumont, piorando mais ainda o clima dentro do grupo. A torcida não acreditava mais que o time ficaria na primeira divisão.         
O jogo contra o Botafogo foi muito disputado e mesmo com grandes chances de gol perdidas pelos dois times, o placar final ficou em 0 x 0. A seguir, o Flamengo vai a São Paulo, enfrentar o Palmeiras no Parque Antarctica, tendo que contar com a volta de André Bahia na zaga, mesmo em litígio com o clube. Com gols de Ibson e Athirson, o Flamengo consegue uma grande vitória por 2 x 1 e escapa da zona de rebaixamento. A próxima partida seria contra o Coritiba, no Maracanã. Uma vitória certamente livraria o Flamengo do pesadelo, porém o time empata em 0 x 0 e vê Felipe novamente receber um cartão que o colocaria fora de mais um jogo importante. O clima no clube continuava conturbado.
O Flamengo volta a São Paulo para enfrentar o time do São Paulo, no Morumbi. Com gol de Dimba, cobrando falta, o Flamengo faz 1 x 0, mas cede o empate logo depois. No segundo tempo, Da Silva é expulso aos 20 minutos e o Flamengo tem que se desdobrar. Aos 49 minutos, Júlio César faz uma grande defesa e salva o pontinho precioso. Júlio César já falava em despedida do clube. Para escapar definitivamente do rebaixamento, o Flamengo precisaria vencer o Cruzeiro na última rodada, jogando em Volta Redonda. Juntamente com o Flamengo, os times do  Atlético Mineiro, Botafogo, Criciúma e Vitória também lutavam contra a queda. O Grêmio e o Guarani já estavam rebaixados. 
Em 19 de dezembro, o Flamengo vai a campo para decidir seu futuro. Numa partida em que o time jogou com muita vontade, contra um Cruzeiro meio desmotivado, a vitória de 6 x 2 foi um grande alívio. Ao final do jogo, alguns jogadores como Felipe, Júlio César e Athirson já falavam em tom de despedida.  A administração Márcio Braga teve muitas dificuldades no decorrer do ano, principalmente com o embargo ao pagamento do patrocínio da Petrobrás, o que levou o clube a um caos financeiro. Com a volta do dinheiro da Petrobrás, os jogadores e funcionários voltaram a receber em dia. Em 15 de novembro, o presidente Márcio Braga consegue inaugurar, mesmo que ainda parcialmente, o Centro de Treinamento Ninho do Urubu, em Vargem Grande. 
Mesmo sendo o único clube carioca que conquistou títulos no futebol nesse ano, ficava para a torcida, a vontade de que em 2005 o Flamengo se arrumasse dentro e fora de campo e que novos ventos soprassem na Gávea, levando o clube a mais conquistas.
No Futebol Amador, o Flamengo conquistou os Campeonatos Estaduais nas categorias Juvenil e Mirim. Também conquistou a Copa Rio Juvenil pela sexta vez. Esse campeonato é considerado o Campeonato Brasileiro da categoria Juvenil.
No Remo, o Flamengo conquista a 28ª Regata da Escola Naval, a 11ª Regata Remo do Futuro, a 1ª Regata de Rios das Ostras e o Troféu Brasil Feminino. No Campeonato Estadual, após conquistar o título de 2004, o Flamengo finalmente comemorou o título do ano anterior, confirmado pela justiça. Com isso, o clube se tornou Bicampeão Estadual de Remo. Conquistou também o Campeonato Estadual nas categorias Estreante, Júnior B, Peso Leve e Feminino.
No Basquete, o Flamengo conquista o Bicampeonato Estadual Juvenil Masculino, o Bicampeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino e o Bicampeonato do Torneio Início Infanto Juvenil Masculino. Infelizmente, devido a condição financeira, o Flamengo não disputou o Campeonato Estadual Masculino Adulto, algo que foi muito triste, principalmente pela tradição de conquistas do Flamengo nesse esporte.
No Judô, o Flamengo conquista o Torneio Aberto de New York com João Gabriel Schlitter, o Campeonato Pan-Americano Juvenil, o Campeonato Brasileiro Pré Juvenil Masculino, o Tricampeonato Mundial Máster Meio Pesado com Denise de Oliveira, o Campeonato Brasileiro Juvenil e a Copa Seishin Júnior Feminino.  
No Vôlei, o Flamengo conquista o Torneio Início nas categorias Mirim Masculino, Infantil Feminino, Infanto Juvenil Feminino e Juvenil Masculino.
Na Ginástica Olímpica, o Flamengo conquista o Campeonato Brasileiro Feminino e Masculino Infantil A. No âmbito internacional, os atletas rubro-negros Daniele e Diego Hypólito conquistaram várias medalhas de ouro em competições pelo mundo, representando o Brasil.
Na Natação, o Flamengo conquista o Tetracampeonato Estadual Absoluto.
No Pólo Aquático, o Flamengo conquista o Bicampeonato da  Copa Brasil Infanto Juvenil Masculino, o Bicampeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Brasileiro Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Brasileiro Juvenil Feminino e o Campeonato Estadual Juvenil Masculino. Termina o ano no primeiro lugar do Ranking de Clubes Brasileiros da CBDA.
No Nado Sincronizado, o Flamengo conquista o Bicampeonato Brasileiro Juvenil, o Bicampeonato Estadual Infantil B e o Bicampeonato Brasileiro Infantil B.                                                                

- 2005:

Presidente: Márcio Baroukel de Souza Braga

Títulos:
Futebol: Troféu da Paz (Juiz de Fora - MG)
         Copa Record (RJ)
         Taça Guanabara de Juniores (Primeiro Turno do Campeonato Estadual de Juniores)
         Campeonato Estadual de Juniores
         Copa Cultura de Juniores
         Copa Amizade Brasil-Japão Infantil

Remo:       29ª Regata da Escola Naval
            Campeonato Estadual de Estreante
            Campeonato Estadual Júnior B
            Campeonato Estadual Peso Leve
            Campeonato Estadual Infantil
            Campeonato Estadual Máster
            Taça Eficiência
            Troféu Brasil Peso Leve
            Campeonato Sul Americano Feminino Máster

Basquete:  Campeonato Estadual Adulto Masculino
           Torneio Início Infanto Juvenil Masculino
           Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino
           Campeonato Estadual Mirim Masculino
           I Torneio Internacional Juvenil Masculino(RJ)

Judô:      Copa Rio Internacional Geral
           Copa Rio Internacional Júnior Masculino
           Copa Rio Internacional Júnior Feminino
           Copa Rio Internacional Juvenil Masculino
           Copa Rio Internacional Juvenil Feminino
           Copa Rio Internacional Pré Juvenil Feminino
           Copa Rio Internacional Sênior Feminino.
           Campeonato Estadual Sênior Masculino
           Campeonato Estadual Sênior Feminino
           IX Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro Júnior Masculino
           Campeonato Mundial Militar Peso Ligeiro (Daniel Garcez)
           Circuito TBG Peso Pesado (João Gabriel Schittler)

Ginástica Olímpica: Campeonato Brasileiro Masculino Individual (Victor Rosa)
                    Campeonato Brasileiro Feminino Individual (Daniele Hipólyto)
                    Campeonato Brasileiro Juvenil
                    Campeonato Brasileiro por Equipes
                    Campeonato Brasileiro Infantil A
                    Campeonato Brasileiro Infantil B

Vôlei:     Campeonato Estadual Adulto Masculino
           Campeonato Estadual Mirim Feminino
           Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino
           Campeonato Estadual Juvenil Masculino
           Torneio Inter Regional Juvenil Masculino
           Torneio Inter Regional Mirim Feminino
           Torneio Inter Regional Adulto Masculino
           Torneio Inter Regional Adulto Feminino
           Copa Rio Adulto Masculino

Natação:  Campeonato Estadual Juvenil
          Campeonato Estadual Júnior

Nado Sincronizado: Campeonato Brasileiro Geral Absoluto
                   Campeonato Estadual Geral Absoluto
                   Campeonato Estadual Juvenil
                   Campeonato Estadual por Equipe e Trio Juvenil
                   Campeonato Brasileiro por Equipe e Trio Juvenil
                   Campeonato Estadual de Solo e Dueto Juvenil
                   Campeonato Estadual Infantil
                   Campeonato Brasileiro Juvenil

Pólo Aquático:  Copa Brasil Infanto Juvenil Masculino.
                Campeonato Brasileiro Júnior Feminino
                Campeonato Brasileiro Juvenil Masculino
                Campeonato Brasileiro Juvenil Feminino
                I Festival Estadual Infantil Masculino
                Campeonato Brasileiro Infanto Juvenil Masculino
                Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino

Futebol de Salão: Campeonato Estadual Infanto Juvenil
                  Campeonato Carioca Infanto Juvenil

O ano de 2005 foi muito difícil para o Flamengo. A situação política que já não estava muito boa, com todas as confusões vividas em 2004, fez o clube continuar a sua "via crucis". Márcio Braga passa a contar novamente com o dinheiro do patrocínio da Petrobrás e vai contornando os graves problemas financeiros do clube, mas muito longe de acabar com eles. A guerra da ala amadora do clube com o Fla-Futebol tem seu momento decisivo quando Júnior pede demissão do cargo de Gerente do Fla- Futebol. Para seu lugar entra Gerson Biscotto, que havia concorrido a presidência do clube nas últimas eleições. Com certeza, toda pressão colocada sobre Júnior deixou marcas e ele não teve como aguentar.
Infelizmente o Flamengo perde os jogadores Júlio César, Athirson e Jean, totalmente de graça. Isso devido a infeliz Lei Pelé, que só serviu para tirar dinheiro dos clubes e colocá-lo nas mãos dos empresários, verdadeiras "aves-de-rapina" do futebol. Com a lei, o Flamengo não pode ter nenhuma compensação financeira na saída de jogadores formados no clube, que após o final do contrato, ao receber melhor proposta de outros clubes, simplesmente vão embora. Com certeza um grande gol contra de Pelé, para o futebol brasileiro.  
O Flamengo também manda embora os jogadores Felipe, Dill, Whelliton, Douglas Silva, André Bahia, Saraiva, Valentim, Roger, Juliano, Renan, Anderson Luiz e Negreiros. No início do ano, empresários portugueses tentam contratar o meio de campo Ibson, que foi, sem dúvida, a maior revelação do time. Não conseguindo vencer a pressão e sabendo que no final de 2005, ao final do contrato do jogador, o Flamengo acabaria perdendo-o, sem ganhar nada, acaba vendendo seu passe para esses empresários. Com o dinheiro, o Flamengo paga salários atrasados e contrata alguns novos jogadores. O Flamengo contrata o atacante Marcos Denner, o zagueiro Fabiano, que jogou no clube anos atrás e foi vice campeão brasileiro com o Atlético Paranaense; os meios de campo Adrianinho, Márcio Guerreiro e Renato, o lateral esquerdo André Santos, o lateral direito Ricardo Lopes e os atacantes Caio e Alessandro. Também renova os contratos de Zinho, Júnior Baiano, Da Silva, Júlio César Moraes, Jônatas  e China. Do time de juniores sobem Júnior, Fellype Gabriel, Geninho, Rodrigo, Thiago, Bruno e Fabiano Oliveira. O goleiro Diego conquista a condição de titular do gol do Flamengo. Para a direção técnica do time, o Flamengo acaba contratando Júlio César Leal, que já havia dirigido times das categorias de base do clube e da CBF.
A pré-temporada foi realizada em Volta Redonda. O time, no meio dos treinamentos, teve que participar de um torneio. Com a participação de Volta Redonda e do Joe Public, time de Trinidad e Tobago, foi disputado o Torneio Internacional de Volta Redonda. O Flamengo vence o frágil time do Joe Public por 5 x 0. Na decisão do torneio, o Flamengo perde de 1 x 0 para o Volta Redonda, que mostrava um time muito bem armado em campo. Três dias após, depois de uma temporada de treinamentos muito pequena, o time estréia no Campeonato Estadual. Com uma rodada dupla, o Flamengo perde vergonhosamente para a fraca equipe do Olaria por 3 x 0, tendo que enfrentar as gozações dos torcedores do Fluminense, que faria o jogo principal. A seguir, o Flamengo vence o Madureira por 1 x 0, jogando em Conselheiro Galvão, tendo que enfrentar uma grande pressão do time tricolor suburbano. Posteriormente, o Flamengo perde por 2 x 1, para a Cabofriense, jogando em Cabo Frio. A situação do técnico Júlio César Leal já não era boa. Muitos achavam que seus métodos não eram bons e que o time não apresentava padrão de jogo. Mas a situação ficou pior após a derrota de 2 x 1 para o Americano, em pleno Maracanã, que deixou o time afastado das semifinais da Taça Guanabara. O técnico caiu e foi contratado Alexis Stival, conhecido como Cuca, que foi técnico do São Paulo e jogador do Grêmio.
Mas a situação dos outros times do Rio também não era boa e os times do interior começaram a fazer a festa, tanto que Volta Redonda, Cabofriense e Americano se classificaram para as semifinais. Somente o Botafogo se classificou entre os grandes. E Americano e Volta Redonda foram para a final, com vitória do Volta Redonda nos pênaltis.
Com o auxiliar Andrade ainda na beira do campo, o Flamengo enfrentou o Fluminense e perdia por  1x 0, quando o técnico Cuca desceu ao vestiário no intervalo e deu uma dura no time, que não estava jogando nada. O time voltou para o segundo tempo, virou o jogo e somente cedeu o empate por 2 x 2 no final. Na Copa do Brasil, o Flamengo estréia em Teresina, contra o River, empatando por 1 x 1, com uma atuação horrorosa e com um gol contra ridículo de Júnior Baiano. O time se classifica posteriormente quando vence o River por 3 x 1 e vence o Ypiranga do Amapá por 2 x 0.
No Estadual, o Flamengo vence a Portuguesa por 4 x 1, na estréia da Taça Rio. O time vencia por 2 x 1 e estava sendo pressionado, quando faz dois gols no final do jogo. Após, o Flamengo perde por 2 x 1 para o Volta Redonda, jogando no campo do adversário. Nesse jogo, o árbitro Vagner Tardelli teve uma atuação horrorosa, expulsando Júnior Baiano, marcando um pênalti duvidoso contra o Flamengo e quase se torna responsável pela morte do atleta Da Silva, que no final do jogo cai com grande dor no tórax, não conseguindo respirar bem. Ele havia sofrido um pneumotórax espontâneo e sua senhoria não permitia o socorro do atleta, que foi levado para uma UTI e operado.
A seguir, o Flamengo empata com o Botafogo por 2 x 2, no melhor jogo do campeonato até então. O time já apresentava uma melhora e só sofre o empate aos 47 minutos do segundo tempo. A garotada já começava a aparecer, principalmente Fellype Gabriel e Emerson, que queria ser chamado de Geninho.  No jogo seguinte, o Flamengo venceu a Friburguense por 1 x 0 e viu o juiz expulsar o meia Renato, o melhor do time, num jogada sem nenhuma violência, tirando-o do jogo contra o Vasco. E nesse jogo contra o Vasco, o Flamengo foi vergonhosamente garfado pelo Sr. Edilson Soares dos Santos e seus auxiliares. Além de anular dois gols legítimos, apontando impedimentos absurdos, foi extremamente duro ao expulsar Júnior Baiano e Adrianinho. Júnior Baiano parecia ser perseguido pela arbitragem e ao cometer qualquer falta já era expulso, mesmo sem ter cartão amarelo. O time conseguiu empatar por 2 x 2 e após sofrer uma pressão do Vasco, que jogou os últimos 15 minutos com 2 jogadores a mais, saiu de campo com a sensação de vitória. Na semi final da Taça Rio, o Flamengo enfrenta o melhor time do campeonato, o Volta Redonda. Com o Maracanã recebendo mais de 60 mil torcedores rubro-negros numa segunda feira, o time vence por 1 x 0, gol de Júnior, cobrando pênalti no final do jogo. 
Para a decisão da Taça Rio, o Flamengo perde os jogadores Renato e Júnior Baiano, que foram julgados com um rigor extremo pelo tribunal. O jogador Caio também não poderia jogar devido ao terceiro cartão amarelo. O adversário seria o Fluminense, que apresentava um bom time e bons resultados até aí. Na decisão, o Flamengo não joga bem o primeiro tempo, mas termina empatado em 0 x 0. Porém, no segundo tempo, após sofrer um gol de pênalti, duvidoso por sinal, o time se perde em campo e perde o jogo por 4 x 1, com Zinho marcando o último gol dele com a camisa rubro-negra, pois deixaria o Flamengo após o campeonato. Com isso, o Flamengo estava afastado da decisão, da possibilidade  de conquistar o Bicampeonato Estadual e de empatar com o Fluminense na quantidade de títulos cariocas, já que o Fluminense tinha 29 e o Flamengo 28 títulos. A decisão seria entre Fluminense e Volta Redonda. O Volta Redonda foi a grande sensação do campeonato, obtendo ao final o maior número de pontos, o maior número de gols marcados e o artilheiro, o veterano Túlio com 12 gols. Após vencer o primeiro jogo por 4 x 3, de virada, o que surpreendeu a todos, o time entra com a vantagem do empate para ser campeão. Assim como foi em 1969, 1971, 1985 e 2002, o Fluminense tem aquela ajudazinha da arbitragem par ser campeão. O juiz Edilson Soares, mais conhecido como Michael Jackson, valida um gol do Fluminense, onde o jogador Tuta fez falta no goleiro, e expulsa um jogador do Volta Redonda que nem falta fez no lance. Sem contar a falta de ética desportiva do Fluminense, que anunciou a contratação do goleiro e do lateral direito do Volta Redonda na véspera da decisão. No terceiro gol do Fluminense, a falha do goleiro foi gritante.
Voltando ao Flamengo, o técnico Cuca é demitido pela diretoria, insatisfeita com as cobranças do treinador no que diz respeito a falta de reforços e após a surpreendente derrota para o Ceará, pela Copa do Brasil, pelo placar de 2 x 0. Com isso, o técnico Andrade seria mais uma vez escalado para tapar o buraco. No campo administrativo, Flamengo e Botafogo fazem uma parceria para melhorar as condições do estádio da Portuguesa, na Ilha do Governador, onde os dois iriam jogar as partidas do Campeonato Brasileiro, já que o Maracanã estaria em obras. Antes do início do Campeonato Brasileiro, o Flamengo libera o jogador Dimba, que se transformara em grande decepção como artilheiro e contrata o jogador Obina, que havia feito grandes partidas pelo Vitória da Bahia. Mesmo assim, o Flamengo empata com o Ceará e fica eliminado da Copa do Brasil. Para tentar reforçar o time, a diretoria consegue contratar o jogador Jean, que retorna para a Gávea emprestado pelo Cruzeiro. Também contrata o zagueiro Fernando, que havia jogado no Flamengo anos antes;  o lateral direito Leonardo Moura e o também lateral direito Leonardo, do Olimpique da França. Esse jogador jogou no time Júnior do Flamengo e se transferiu para a Europa, sem ter jogado nos profissionais . Do time de juniores,  que foi campeão estadual, sobem Robson, Marlon, Fabiano Oliveira, Vinicius Pacheco, Elan e Bruno Mezenga. Deixam o Flamengo os jogadores Marcos Denner, Márcio Guerreiro, Caio, Ricardo Lopes, Alessandro e Adrianinho, que realmente não mostraram grande futebol. Para dirigir o time, foi contratado o técnico Celso Roth, que vinha com fama de disciplinador.
O Flamengo estréia no Campeonato Brasileiro empatando em 1 x 1 com o Cruzeiro, no Maracanã, na última exibição do time no estádio ainda com a sua configuração original. O Maracanã seria reformado para a realização do Pan-Americano em 2007. Para isso, o gramado seria rebaixado em 1,5m e a geral iria ganhar cadeiras, deixando definitivamente de existir. Na segunda rodada, o Flamengo vence fora de casa o Figueirense por 1 x 0, mas sem apresentar grande futebol. Posteriormente perde para Internacional e São Caetano por 1 x 0  e vence o Santos por 2 x 1 em virada sensacional e com grande atuação do goleiro Diego, que fez pelo menos, cinco defesas milagrosas. Esse foi o jogo de estréia no novo campo da Portuguesa da Ilha do Governador, que seria chamado de Arena Petrobrás. O Fla x Flu foi jogado em Volta Redonda e nesse jogo, que terminou empatado em 0 x 0, o jogador Jean passa mal em campo, dando um grande susto. Ao final foi constatada apenas hipoglicemia. Logo após, o Flamengo perde vergonhosamente para o time reserva do Corinthians por 4 x 2. Nesse jogo, o Flamengo vive a inédita experiência de jogar em um estádio com os portões fechados, já que o Corinthians havia sido punido pela CBF com essa ridícula  e descabida pena.      
Posteriormente, o Flamengo joga uma partida amistosa com o Tupi de Juiz de Fora, e ganha por 1 x 0, conquistando a Taça da Paz. Retornando ao Campeonato Brasileiro, o Flamengo empata em 1 x 1 com o Atlético Paranaense e perde de 4 x 3 para o Brasiliense, ficando muito próximo da zona de rebaixamento e mostrando um futebol de péssima qualidade, com um ataque inoperante, com um meio de campo que nada de bom criava e com uma defesa horrorosa. A seguir, o Flamengo perde para o Atlético Mineiro por 3 x 1 e consegue a proeza de perder de 2 x 0 para o time reserva do São Paulo, com Júnior Baiano fazendo outro ridículo gol contra e entrando de vez na zona de rebaixamento. Para o jogo contra o Vasco da Gama, o Flamengo estréia o jogador Souza, que havia feito sucesso no Corinthians. Nesse jogo, o Flamengo vence por 1 x 0, gol do estreante. Após derrotas para Juventude e Coritiba, quando o Flamengo sofre o gol da derrota aos 48 minutos do segundo tempo, o time apresenta uma pequena melhora. As atuações do jogador Jean enchem os olhos da torcida, pois com uma raça fora do comum, ele leva o time a algumas vitórias, como contra o Botafogo, por 2 x 0, com o Flamengo realizando grande partida. Quando tudo parecia melhorar, quando o Flamengo vence a Ponte Preta por 1 x 0, novos resultados negativos fazem o Flamengo voltar para a zona de rebaixamento. Após a derrota para o Goiás por 2 x 0, o técnico Celso Roth é demitido e assim, Andrade e Adílio são confirmados na direção técnica, agora definitivamente. Ao final do primeiro turno, o Flamengo vence o Paysandu por    2 x 1.
No início do segundo turno, o Flamengo perde aquele que era o melhor jogador do time. Jean é vendido pelo Cruzeiro, detentor de seus direitos, para um time da Rússia. Assim, o Flamengo fica sem seu melhor jogador, o que deixa a torcida tensa. Com a direção técnica de Andrade, auxiliado por Adílio, o Flamengo melhora suas atuações, ficando invicto por vários jogos, mas empatando demais. O time carecia de um goleador, pois em várias partidas, foi melhor que o adversário, mas não conseguia marcar gols, sendo o pior ataque do campeonato até então.
A diretoria contrata o jogador paraguaio César Ramirez, conhecido em sua terra como El Tigre. A sua estréia foi contra o São Caetano. Ele marca o primeiro gol e sofre o pênalti que dá origem ao segundo gol, na vitória por 2 x 0. O time consegue sair da zona de rebaixamento, mas ficando sempre muito perto dela. Até este momento, o campeonato estava muito equilibrado, tanto na parte de cima da tabela, quanto na parte de baixo, onde infelizmente o Flamengo teimava em ficar. Ramirez cai nas graças da torcida, mas em seu segundo jogo, contra o Fluminense, ele só fica 9 minutos em campo, quando sofre grave lesão no joelho direito, o que o leva à sala de cirurgia. O Flamengo consegue empatar em 2 x 2 com o Fluminense, mesmo ficando com 9 jogadores em campo, quando após empatar o jogo, o jogador Diego Souza, que havia passado recentemente pelo Fluminense, é expulso de campo, por comemorar o gol no alambrado, juntamente com sua torcida. No jogo contra o Corinthians, o time até que inicia muito bem a partida, mas tem na figura do juiz Helvécio Zecheto o fator primordial para a derrota por 3 x 1. Sua senhoria mostra-se extremamente rigoroso com o Flamengo, expulsando o jogador Augusto Recife ainda no primeiro tempo, mas deixa os jogadores do Corinthians cometerem faltas violentas e seguidas, não expulsando ninguém. Com isso, o Flamengo passa a ser dominado pelo time paulista e fica mais uma vez a 1 ponto da zona de rebaixamento.
Nesse mesmo tempo, surge uma verdadeira bomba no futebol brasileiro. A revista Veja denuncia um esquema de manipulação de resultados, onde o juiz Edilson Pereira de Carvalho moldou resultados de 11 partidas, para favorecer apostadores de sites clandestinos de apostas.  Com isso, as partidas foram anuladas e jogadas novamente. Esse fato cria uma grande confusão e a decisão do STJD, principalmente de seu presidente, o Sr. Luiz Zveiter, causa um grande mal estar. Os jogos são jogados novamente, mesmo após o árbitro envolvido afirmar que só manipulara o resultado de 2 dos 11 jogos apitados por ele. Vários clubes reclamam, principalmente após jogar novamente e perder pontos que haviam sido ganhos anteriormente. Por isso, muitos afirmavam que o campeonato iria "melar". Enquanto isso, o Flamengo continuava sua via crucis. Após vencer o Brasiliense por 3 x 2, às duras penas, o time perde para o Atlético Mineiro por 2 x 1 e é envergonhado pelo São Paulo por 6 x 1, com o time andando em campo. A diretoria pede a ajuda dos ex-presidentes Hélio Ferraz e Kleber Leite, que tentam contratar o técnico Tite, porém, após anunciar sua contratação, ele vai para um time do Japão. Até este momento, o Flamengo continuava fora da zona de rebaixamento por apenas 1 ponto, até porque os outros times também perdiam jogos importantes. Mas a coisa ficou pior. Com a realização dos jogos que foram anulados, o Flamengo entrou na zona de rebaixamento e após perder por 2 x 1 para o Vasco da Gama, o time mergulha em uma grande crise e fica praticamente rebaixado para a segunda divisão. Até este momento, só um milagre salvaria o Flamengo, pois para escapar do rebaixamento seria necessário vencer 5 jogos e empatar 1 dos 9 que faltavam para o fim do campeonato. Para isso, o Flamengo apela para São Judas Tadeu, no seu dia, indo à Igreja de seu padroeiro, para pedir esse milagre.
Neste momento, é contratado o técnico Joel Santana, que fora demitido do Brasiliense, para tentar arrumar o time. A torcida não vê a vinda de Joel como a salvação. E é com esse clima de desconfiança e pessimismo, que o Flamengo vai a Caxias do Sul para enfrentar o Juventude. Com mais uma falha do goleiro Diego, o Flamengo vai perdendo de 2 x 0. Quando ninguém mais esperava, o Flamengo marca seu primeiro gol por intermédio de Renato, cobrando pênalti aos 44 minutos e empata com um gol de Júnior aos 47 minutos, arrancando um empate na base do impossível. Logo depois, o Flamengo vence o Coritiba por 2 x 1, de virada, jogando no Rio de Janeiro, com o gol da vitória ocorrendo no final da partida e feito pelo zagueiro do Coritiba, contra. A seguir, o Flamengo vai a  São Paulo enfrentar o Palmeiras no Parque Antárctica. Vence por 1 x 0, gol de César Ramirez, contando com um frango do goleiro Marcos. O próximo adversário era o Botafogo. O jogo foi realizado em Volta Redonda. Tendo que jogar desde os 32 minutos do primeiro tempo com menos 1 jogador, pois Rodrigo havia sido expulso de forma absurda pelo juiz  Sálvio Espíndola e perdendo por 1 x 0, o time foi buscar forças Deus sabe onde e virou para 3 x 1, numa vitória espetacular. O próximo adversário era a Ponte Preta, em Campinas. O Flamengo enfrenta a Ponte de igual para igual e arranca um empate de 2 x 2, podendo até ter vencido a partida. A seguir, o Flamengo vai a Curitiba enfrentar o Paraná. Domina o jogo e vence por 1 x 0, gol de Obina aos 48 minutos do segundo tempo. Com isso, faltando ainda 2 rodadas para o final do campeonato, o Flamengo chegava aos 51 pontos e se livrava de vez do risco de cair para a segunda divisão. Para quem não acredita que Deus é Rubro-Negro...       
Nas duas últimas rodadas, o Flamengo empata de 0 x 0 com o Goiás e goleia o Paysandu por 4 x 1, mantendo a invencibilidade de nove jogos do técnico Joel Santana, que ao final do ano, deixa o Flamengo para dirigir um time japonês da segunda divisão. Para o seu lugar, é contratado o técnico Valdir Espinosa.
Vale também dizer que um time do Flamengo formado por jogadores reservas  mesclados com juniores foi campeão da Copa Record, que reuniu times da primeira e segunda divisões do futebol carioca. Dos grandes, apenas Flamengo e Botafogo participaram, mas não jogaram  com seus times titulares. A decisão foi contra o Olaria e após empate de 0 x 0 nos 90 minutos, a decisão foi para os pênaltis. Ao vencer por 5 x 4, o Flamengo conquistou mais esse título.          
O time de juniores conquistou a Taça Guanabara e o Campeonato Estadual numa final duríssima contra o Vasco. Neste ano, disputou-se a primeira Copa Cultura de Juniores, que representou um verdadeiro Rio-São Paulo da categoria. Em jogos de turno e returno, Flamengo, Vasco, Botafogo, Fluminense, Corinthians, São Paulo, Palmeiras, Santos, São Caetano e Ponte Preta disputaram quatro vagas para a final. O Flamengo disputou essa fase final em jogos de turno e returno e na última rodada venceu o Santos por 2 x 1, na Vila Belmiro, quando atuou sem 3 jogadores, que foram expulsos, tornando-se o grande campeão.   
No Remo, o Flamengo conquistou a 29ª Regata da Escola Naval, os Campeonatos Estaduais de Estreantes, Júnior B, Peso Leve, Infantil e Máster. Também conquistou o Troféu Brasil Peso Leve, o Campeonato Sul-Americano Feminino Máster e a Taça Eficiência.
No Basquete, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Adulto Masculino pela 31ª vez em sua  história, sendo  o Flamengo o maior ganhador deste campeonato. A decisão foi contra o time do Rio de Janeiro, que formou uma verdadeira seleção e era considerado o favorito do campeonato. Na primeira partida do play off, o Flamengo foi derrotado. Na segunda partida, o Flamengo venceu com uma cesta no último segundo. Na terceira e decisiva partida, o Flamengo demonstrou uma raça enorme e venceu os favoritos por 3 pontos de diferença (93 x 90) e se sagrou o Campeão Estadual de Basquete. O Flamengo também conquistou o Tricampeonato do Torneio Início Infanto Juvenil Masculino, o Tricampeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Mirim Masculino e o I Torneio Internacional Juvenil Masculino.
No Judô, o Flamengo conquistou a Copa Rio Internacional Geral e nas categorias Júnior Masculino, Júnior Feminino, Juvenil Masculino, Juvenil Feminino, Pré Juvenil Feminino e Sênior Feminino. Também conquistou o Campeonato Estadual Sênior Feminino e Masculino, o IX Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro Júnior Masculino, o Campeonato Mundial Militar Peso Ligeiro com Daniel Garcez e o Circuito TBG Peso Pesado com João Gabriel Schittler.
Na Ginástica Olímpica, o Flamengo conquistou o Campeonato Brasileiro Masculino Individual com Victor Rosa, o Campeonato Brasileiro Feminino Individual com Daniele Hipolyto, o Campeonato Brasileiro Juvenil, o Campeonato Brasileiro por Equipes, o Bicampeonato Brasileiro Infantil A e o Campeonato Brasileiro Infantil B.
No Vôlei, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Adulto Masculino de forma invicta, o Torneio Inter Regional Juvenil Masculino, o Torneio Inter Regional Mirim Feminino, o Campeonato Estadual Mirim Feminino, o Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Juvenil Masculino, o Torneio Inter Regional Adulto Masculino, a Copa Rio Adulto Masculino e o Torneio Inter Regional Adulto Feminino.
Na Natação, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Juvenil e o Campeonato Estadual Júnior.
No Nado Sincronizado, o Flamengo conquistou o Campeonato Brasileiro Geral Absoluto, o Campeonato Estadual Geral Absoluto, o Campeonato Estadual por Equipe e Trio Juvenil, o Campeonato Brasileiro por Equipe e Trio Juvenil, o Campeonato Estadual de Solo e Dueto Juvenil, o Campeonato Estadual Juvenil, o Campeonato Estadual Infantil e o Tricampeonato Brasileiro Juvenil.
No Pólo Aquático, o Flamengo conquistou o Tricampeonato da Copa Brasil Infanto Juvenil Masculino, o Tricampeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino, o Bicampeonato Brasileiro Júnior Feminino, o Campeonato Brasileiro Juvenil Masculino, o Bicampeonato Brasileiro Juvenil Feminino, o I Festival Estadual Infantil Masculino e o Bicampeonato Brasileiro Infanto Juvenil Masculino.
No Futebol de Salão, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Infanto Juvenil e o Campeonato Carioca Infanto Juvenil.                 

-2006:

Presidente: Márcio Baroukel de Souza Braga
Títulos:
Futebol: Copa do Brasil
         Taça Guanabara de Juniores (Primeiro Turno do Campeonato Estadual de Juniores)
         Campeonato Estadual de Juniores
         Torneio Octávio Pinto Guimarães de Juniores 
         X Copa Circuito das Águas Juvenil
         X Copa Macaé Juvenil
         Taça Guanabara Juvenil (Primeiro Turno do Campeonato Estadual Juvenil)
         Taça Rio Juvenil (Segundo Turno do Campeonato Estadual Juvenil)
         Campeonato Estadual Juvenil

Remo:  Campeonato Estadual
       Campeonato Estadual de Estreantes
       Campeonato Estadual Feminino
       Campeonato Estadual Júnior A
       Campeonato Estadual Júnior B
       Campeonato Estadual Peso Leve
       Campeonato Estadual Máster
       Taça Eficiência
       XI Encontro Sul Americano Máster Feminino (oito com)
       30ª Regata da Escola Naval

Basquete: Torneio Rio Open Adulto Masculino
          Campeonato Estadual Masculino Adulto

Nado Sincronizado: Campeonato Brasileiro Geral Absoluto
                   Campeonato Brasileiro Júnior
                   Campeonato Estadual Júnior

Vôlei:     Torneio Inter Regional Adulto Masculino
           Torneio Início Juvenil Masculino
           Torneio Início Infanto Juvenil Masculino
           Torneio Início Infantil Masculino
           Campeonato Estadual Infanto Juvenil Feminino
           Copa Rio Infantil Masculino
           Copa Rio Adulto Masculino
           Campeonato Estadual Masculino Juvenil
           Campeonato Estadual Masculino Infantil

Natação: Campeonato Estadual Máster de Inverno

Pólo Aquático: Campeonato Brasileiro Júnior Masculino
               Campeonato Estadual Júnior Masculino
               Campeonato Estadual Júnior Feminino
               Copa do Brasil Juvenil Masculino
               Campeonato Estadual Juvenil Masculino
               Campeonato Estadual Feminino Adulto

Ginástica Olímpica:  Campeonato Brasileiro por Equipes
                     Campeonato Brasileiro Individual Geral Feminino (Daniele Hypólito)
                     Campeonato Brasileiro Masculino

Judô:     Torneio Integração de Barra de São João (RJ)
          Campeonato Estadual Júnior Masculino
          Campeonato Estadual Juvenil Masculino
          Campeonato Brasileiro Máster Masculino


O ano de 2006 se inicia com a tentativa de se montar um time competitivo. Além de manter a base anterior, apenas com a saída do jogador Souza, o Flamengo contrata os jogadores Juan (lateral esquerdo), Marabá (meio de campo), Ronaldo Angelim(zagueiro), Toró(meio atacante), Rodrigo (meio atacante) e o uruguaio Horácio Peralta (atacante), comprado após a diretoria observar um DVD com atuações do jogador, o que levou a imprensa a deitar e rolar. O Flamengo também efetiva vários jogadores do time júnior, que havia conquistado o Campeonato Estadual e o Rio-São Paulo da categoria, no ano anterior. Foram profissionalizados os jogadores Célio Júnior, Egídio, Elan, Fabiano Oliveira, Getúlio Vargas e Marcelo Lomba (goleiros), Gilmar, João Alex, Marlon, Rômulo, Thiago, Vinicius Pacheco, Willian e Thiago Coimbra, que não é nada mais  do que o filho caçula do maior ídolo de toda a história do Flamengo: Zico.
Devido ao pouco tempo para treinamento durante a pré temporada, o diretor de futebol Kleber Leite decide que o Flamengo iniciaria a disputa da Taça Guanabara com um time reserva, ou time “B”, como a imprensa destacou. Na verdade, esse era o time de juniores do ano anterior, pois os jogadores reservas haviam ficado em Teresópolis, juntamente com o time titular, para a pré temporada. No primeiro jogo, o time “B” perde de  1 x 0 para o Nova Iguaçu, que estreava  no campeonato. No segundo, perde de 2 x 1 para a Cabofriense, jogando em Cabo Frio. A torcida do Flamengo já demonstrava uma grande insatisfação, pois praticamente, o Flamengo jogava fora a Taça Guanabara. Para o terceiro jogo, o Flamengo decide mandar a campo o time titular, contra a Portuguesa.  Jogando muito mal, o Flamengo empata em 2 x 2, jogando no campo da Ilha do Governador, que estava sendo desmontado. Lembrar que em 2005, o campo da Portuguesa se chamou Arena Petrobrás, pois o Maracanã estava interditado para obras. Nesse campeonato, o Maracanã é reaberto, ainda com obras, que só seriam complementadas no ano seguinte, para o Panamericano de 2007. A geral ganharia cadeiras, o campo fora rebaixado 1,5 m e a capacidade do estádio seria de 100 mil espectadores.
Em seguida, o Flamengo enfrentou o Fluminense, que com toda a empáfia possível se auto-proclamava favorito para a conquista da Taça Guanabara.  Jogando muito melhor, o Flamengo empata em      2 x 2, quando deveria ter vencido.  Vale lembrar que o grande favorito perde a classificação para a semifinal da Taça Guanabara perdendo de 1 x 0 para a Cabofriense, em pleno Maracanã. A seguir, o Flamengo vence o Americano por 4 x 2, já mostrando melhoras. Com a desclassificação para a semifinal da Taça Guanabara, o Flamengo realiza uma mini excursão ao Uruguai. Mesmo jogando bem, o time perde de 2 x 1 para o Peñarol e de 4 x 3 para o Nacional, com gols sempre marcados no final das partidas.
Como o time sentia falta de um centro avante típico (coisa que o Flamengo não tinha há muito tempo), a diretoria contrata o jogador Luizão. Ele que havia sido artilheiro em todos os times em que jogou, iniciava sua participação  no Flamengo. Havia uma desconfiança com a parte física do jogador, que já havia realizado cirurgias no joelho. No primeiro jogo do segundo turno, o Flamengo empata por 3 x 3 com o Friburguense, jogando em Nova Friburgo. O estreante Luizão marca 2 gols. A seguir, num sábado de carnaval, o Flamengo enfrenta o Botafogo, que havia conquistado a Taça Guanabara. Após ficar em desvantagem no placar por duas vezes, o Flamengo vira o jogo para 3 x 2, na melhor  partida do time no campeonato carioca. Os gols foram de Luizão, Juan e Renato. A torcida já nutria alguma esperança. Mas, após perder por 3 x 2 para o Madureira, empatar por 2 x 2 com o América e por 0 x 0 com o Volta Redonda e perder por 2 x 1 para o Vasco da Gama, o time se despede melancolicamente do Campeonato Carioca, em penúltimo lugar. Uma vergonha.  Vale lembrar que nenhum time grande se classificou para a semifinal da Taça Rio, o que mostrava as condições terríveis dos times cariocas. O campeão da Taça Rio foi o Madureira.
Na Copa do Brasil, o time empata com o fraco time do ASA, na cidade alagoana de Arapiraca, por
1 x 1  e vence a duras penas por 2 x 1 no Maracanã. Nos jogos seguintes, vence o time do ABC de Natal por       1 x 0, jogando na capital potiguar e por 4 x 0 no Maracanã. Nessa mesma semana, o Flamengo anuncia a contratação de Walter Minhoca, Diego Silva e Léo Medeiros, que pertenciam ao Cruzeiro e fizeram sucesso no time do Ipatinga, vice-campeão mineiro. Do time do Nova Iguaçu, vieram os jogadores Léo e Deni, que fizeram a sua estréia no jogo contra o ABC, no Maracanã. Do Guarani, vieram os jogadores Goeber e Emerson. E o Guarani foi o adversário do Flamengo nas oitavas de final da Copa do Brasil. No Maracanã, o Flamengo venceu por 5 x 1 e com o regulamento na mão, perdeu por 1 x 0 em Campinas. Nas quartas de final, o Flamengo enfrenta o Atlético Mineiro no Maracanã. Com uma boa atuação, o Flamengo vence por 4 x 1, ficando com uma grande vantagem para o jogo de Belo Horizonte, que  o Flamengo empata por  0 x 0, mesmo jogando melhor que o Atlético. Inclusive teve um gol mal anulado pelo bandeirinha. O adversário da semifinal seria o Ipatinga, que era a grande sensação da competição. Na outra semifinal, Vasco e Fluminense disputariam uma vaga para a decisão. No jogo de ida, o Flamengo vencia por 1 x 0 até os 47 minutos do segundo tempo, quando sofre o empate. No Maracanã, o Flamengo sai perdendo por 1 x 0, mas vira um jogo muito difícil  e vence por 2 x 1. Na outra semifinal, o Vasco surpreende e se classifica para fazer a final contra o Flamengo. A decisão seria realizada após a Copa do Mundo.
Nesse intervalo, entre os jogos da Copa do Brasil, o Flamengo inicia a disputa do Campeonato Brasileiro. No primeiro jogo, no Morumbi, o time perde de 1 x 0 para o São Paulo, após falha ridícula do zagueiro Fernando, que obriga o goleiro Diego a fazer pênalti. Com essa derrota, o zagueiro é afastado da equipe. No segundo jogo, o Flamengo vence o Juventude no Maracanã por 3 x 1, com boa atuação. A seguir, o Flamengo perde de 1 x 0 para o Internacional, jogando no Beira Rio, com uma arbitragem desastrosa de Elvécio Zequeto, que já havia prejudicado o Flamengo em outras partidas. Ele deixa de dar um pênalti claro em Obina e ainda expulsa o jogador de campo, alegando simulação. A seguir, o Flamengo enfrenta o Botafogo. Com uma boa atuação dos jogadores que vieram do Ipatinga, principalmente Walter Minhoca, o Flamengo vence o Botafogo por 1 x 0.  A seguir, o Flamengo empata com o Fortaleza por 0 x 0 e perde para o Cruzeiro por 2 x 1. Logo após essa partida, a diretoria do Flamengo surpreende a todos. Demite o técnico Waldemar Lemos e contrata o ex-técnico do Ipatinga, Ney Franco. Logo na sua estréia, empata com o Santos por 2 x 2, após estar perdendo por 2 x 0.  No jogo seguinte, o Flamengo realiza uma boa partida, dominando amplamente o Fluminense, mas perde por 1 x 0. Durante o jogo, o Flamengo vê novamente a arbitragem fazer das suas. Renato marca o gol de empate ainda no primeiro tempo, após cobrança de escanteio. Absurdamente, o auxiliar marca a saída da bola na cobrança do escanteio. O interessante é que o auxiliar espera o desfecho do lance e só aí marca a saída de bola. Na televisão ficou muito claro que a bola não saíra. Ficou muito estranha a atitude do auxiliar. No jogo seguinte, o Flamengo vê o Palmeiras fazer 1 x 0 jogando no Maracanã, já no segundo tempo. Quando ninguém esperava uma reação, o time vira para 2 x 1, vencendo uma partida muito difícil. A seguir, o time vai a São Paulo enfrentar o Corinthians, que não vinha em boa fase. O Flamengo domina o jogo e vence o time paulista por 2 x 0.  Nesses dois jogos contra os paulistas, o técnico Ney Franco, reabilita o jogador Peralta, que estava em desgraça no clube. O jogador torna-se o destaque do time nas duas partidas, inclusive marcando 1 gol em cada jogo. Após esse jogo, ocorre uma paralisação no campeonato, no período que seria disputada a Copa do Mundo da Alemanha. Nesse intervalo, o Flamengo contrata o jogador Sávio, que havia se destacado no Flamengo na década de 90 e estava jogando desde então na Espanha. O fato é que Sávio só poderia jogar em agosto, quando terminaria o seu contrato com o Zaragoza da Espanha. Também não poderia participar da decisão da Copa do Brasil, juntamente com os jogadores que vieram do Ipatinga. Durante a Copa do Mundo, o Flamengo realiza três amistosos no norte e nordeste, vencendo o Fast Club (AM) e o Combinado Maranhão-Moto Clube, ambos por 3 x 2 e empata por 1 x 1 com a Seleção de Roraima.
A Copa do Mundo, por sinal, se transformou em uma grande decepção. Devido a grande vaidade, falta de comando, soberba e  falta de empenho dos jogadores, a Seleção Brasileira é desclassificada melancolicamente, perdendo para a França nas quartas de final.
Após o final da Copa do Mundo, o Campeonato Brasileiro é reiniciado. O Flamengo enfrenta o Paraná , em Volta Redonda . Após um primeiro tempo equilibrado, o time volta muito mal para o segundo tempo e perde vergonhosamente por 4 x 1. Antes da decisão da Copa do Brasil contra o Vasco, o Flamengo enfrenta o mesmo Vasco pelo Campeonato Brasileiro, mandando a campo um time misto, que iria enfrentar o time reserva do Vasco. O time não joga bem, mas domina totalmente a partida. Acaba perdendo de 1 x 0, após falha do goleiro Diego. Assim sendo, a euforia tomou conta dos vascaínos, para a decisão. Já no lado rubro-negro, a desconfiança e a preocupação eram totais. A imprensa elegeu o time do Vasco como franco favorito para ser campeão. Em 19 de julho, quarta feira, o Maracanã recebe um público de mais de quarenta mil torcedores, que se comparado a tempos idos, seria um público irrisório para um clássico conhecido como         “clássico dos milhões”. O fato é que o Maracanã ainda se encontrava em obras, que pareciam não terminar nunca, para os Jogos Panamericanos de 2007. O técnico Ney Franco surpreende a todos, lançando um time com três zagueiros, numa formação que o  Flamengo não estava habituado a jogar. O time jogou com Diego, Leonardo Moura, Renato Silva, Ronaldo Angelim, Fernando e Juan; Jônatas, Renato Augusto (que iniciava sua carreira nos profissionais) Toró, Renato e Luizão. No início, o Vasco parecia que iria dominar as ações. O jogo estava muito lento, mas com um predomínio das ações vascaínas. A partir dos 25 minutos, o Flamengo começou a equilibrar o jogo e não permitiu que o Vasco ameaçasse o gol de Diego. Uma cabeçada de Luizão e um chute para fora de Juan,cara a cara com o goleiro do Vasco, foram as grandes chances desperdiçadas pelo Flamengo. Na segunda etapa, o Flamengo continuou dominando o Vasco, que não se encontrava em campo. Até que aos 12 minutos, o zagueiro Renato Silva se machucou e foi substituído por Obina. O Flamengo voltava ao esquema do 4-4-2. Aos 15 minutos, houve um escanteio a favor do Flamengo. Após a cobrança, a bola sobra para Obina chutar de primeira, no ângulo do goleiro Cássio. Um golaço. A torcida do Flamengo passa a comandar o espetáculo. Obina, de desacreditado vira herói. Dois minutos mais tarde, o Flamengo ataca pela direita e Leonardo Moura faz um cruzamento perfeito na cabeça de Luizão. É gol do Flamengo e aí que a torcida não parou. O Vasco ficou atordoado em campo e o Flamengo poderia até tentar aumentar o placar, mas o técnico  Ney Franco decide voltar ao esquema  3-6-1, fazendo entrar o zagueiro Rodrigo Arroz. Com isso, o Flamengo chega ao final da partida como vencedor, pelo placar de 2 x 0. Logo após, o time viaja para Itu, onde fica concentrado até o jogo final. Antes da final, o Flamengo joga com o time totalmente reserva, contra o Santa Cruz, em Recife. O time perde de 3 x 0, com uma atuação muito ruim.
Finalmente chega o dia da final da Copa do Brasil. Um título que fugiu das mãos do Flamengo por três oportunidades e que agora poderia se tornar uma redenção para  time e torcida, muito sofridos durante os últimos anos. Em 26 de julho, o Flamengo vai a campo com Diego, Leonardo Moura, Renato Silva, Fernando, Rodrigo Arroz e Juan, Jônatas, Renato, Toró(Obina), Renato Augusto(Peralta) e Luizão(Léo). O técnico Ney Franco repete o esquema 3-6-1, que dera certo na decisão. Todos esperavam que o time do Vasco iria entrar em campo para sufocar o Flamengo, mas o que se viu foi o Flamengo perder a primeira grande chance de gol logo aos 25 segundos de jogo, por intermédio de Renato Augusto, que perdeu um gol feito. O time do Vasco parecia nervoso e não acertava nenhum passe. Foi quando o jogador Valdir Papel acerta um carinho em Leonardo Moura e como já havia recebido um cartão amarelo antes, é expulso de campo, com apenas 16 minutos de jogo. A torcida do Flamengo, que por sinal era a grande maioria no estádio, empurrava o time para mais uma vitória. O Flamengo dominava as ações e aos 27 minutos, Leonardo Moura tenta o chute, que bate num zagueiro do Vasco. Juan vem na corrida e chuta de primeira para marcar o gol do Flamengo. O Maracanã explode e se ouve novamente o grito “ Ô Ô Ô Ô, Vice de Novo” que a torcida do Flamengo transformou em marca registrada dessa freguesia vascaína em decisões de campeonatos. Afinal, a última decisão de campeonato vencida pelo Vasco sobre o Flamengo havia ocorrido em 1988. De lá para cá, o Flamengo havia vencido em 1996, 1999, 2000, 2001 e 2004 pelo Estadual e agora em 2006, pela Copa do Brasil. O time do Flamengo envolve o time do Vasco em campo e a torcida do Flamengo já gritava olé no primeiro tempo. No segundo tempo, o Flamengo poderia ter dado uma goleada histórica no Vasco, mas preferiu dar o famoso olé. Quando apertou um pouco o ritmo, a trave e o goleiro do Vasco impediram o movimento do placar. Ao final do jogo, o Flamengo se sagrou campeão da Copa do Brasil, assim como em 1990, se tornando até então, o único clube carioca a conquistar esse torneio e por duas vezes. A festa no campo e nas arquibancadas foi sensacional. O time estava classificado para a Taça Libertadores da América de 2007. Durante toda a semana, a torcida festejou muito o título, mas havia o Campeonato Brasileiro e aí, o Flamengo não estava bem. Ao perder por 1 x 0 para o Atlético Paranaense, jogando em Curitiba, numa partida que o Flamengo mereceu vencer, o time vai para a zona de rebaixamento da tabela.
Para a próxima partida, o Flamengo não só estrearia um novo uniforme, confeccionado pela Nike, como também estrearia o jogador Sávio, que havia jogado na Espanha e se tornara a grande esperança da torcida para uma recuperação no Campeonato Brasileiro. E a torcida rubro-negra invade o Maracanã com um público de 45 mil pessoas, para ver o Flamengo vencer o Goiás por 1 x 0, com gol de Obina marcado aos 44 minutos do segundo tempo. A partir desse jogo, o time fica sem o jogador Jônatas, que foi vendido para o Espanyol de Barcelona. A seguir, o Flamengo empata com a Ponte Preta por 0 x 0 e com o Figueirense por 1 x 1. Em novo jogo dramático, o Flamengo vence o Grêmio por 1 x 0, novamente com um gol marcado no último minuto de jogo, agora por intermédio de Renato, que vivia a possibilidade de ser vendido para o Bordeaux, o que não veio a se concretizar. E exatamente com dois gols de Renato, ambos de falta, o Flamengo empata com o São Caetano por 2 x 2, jogando em São Caetano do Sul. Nesse jogo, o árbitro Wilson de Souza Mendonça prejudica mais uma vez o Flamengo, o que não era nenhuma novidade, quando confirma o primeiro gol do São Caetano, após a bola ter sido ajeitada com a mão pelo atacante. O pior foi que o bandeirinha assinalou a irregularidade e o Sr. Wilson se recusou a atender o aceno do bandeira, o que fez a torcida do Flamengo ter certeza que esse senhor sempre fazia de tudo para prejudicar o Flamengo. Mesmo assim, o Flamengo trouxe 1 ponto de São Paulo.  Com isso, o Flamengo chega ao 12º lugar da tabela.
Porém, dando continuidade ao sobe e desce do campeonato, o Flamengo empata com o São Paulo por 1 x 1, perde para o Juventude por 1 x 0 e para o  Internacional por 2 x 1, voltando para a zona de rebaixamento. Nesse jogo contra o Internacional, que havia conquistado a Taça Libertadores da Américas semanas antes, o Flamengo estréia o goleiro Bruno, que havia jogado no Atlético Mineiro. A seguir, o Flamengo vence o Botafogo por 2 x 0, o Fortaleza por 4 x 3 e o Cruzeiro por 1 x 0, subindo para o 11º lugar na tabela. Nesses jogos, brilharam o goleiro Bruno, mostrando que dificilmente Diego recuperaria a posição e Obina, que marcou 3 gols contra o Fortaleza, caindo nas graças da torcida. Obina fazia a torcida se lembrar do jogador Fio Maravilha, que jogou nas décadas de sessenta e setenta e era  capaz de fazer gols e jogadas antológicas, juntamente com jogadas bisonhas.  Após esse alento, o Flamengo perde por 3 x 0 para o Santos, jogando na Vila Belmiro, dando continuidade ao tabu de não vencer o Santos em sua casa desde 1976.
O próximo jogo foi contra o Fluminense. Após um início de campeonato  muito bom, o Fluminense estava em queda livre na tabela, já tendo trocado de técnico seis vezes nesse campeonato. O Flamengo precisava muito da vitória, mas foi o Fluminense que abriu o marcador, por intermédio de Tuta. Não demorou muito, apenas dois minutos e o Flamengo empatou, com um golaço de falta, cobrada por Renato. O gol desempate só não saiu ainda no primeiro tempo, pois o árbitro não deu pênalti escandaloso sobre Juan. Mas o Flamengo dominava o jogo e logo no início do segundo tempo, Renato cobra mais uma falta e faz o segundo gol. Logo após, Obina faz o terceiro gol após jogada de Sávio e o quarto gol, após bela jogada individual de Juan. A goleada poderia ser maior, mas o Flamengo preferiu dar olé. No final, 4 x 1 no placar.
A torcida ficou com a sensação de que o time engrenara, mas no jogo seguinte, o Flamengo perde de  3 x 1 para o Palmeiras, jogando no Parque Antárctica. Faltavam 10 jogos para o final do campeonato e o Flamengo precisava de 4 vitórias para alcançar os 48 pontos, para mais uma vez fugir da maldita zona de rebaixamento.  No jogo seguinte, o Flamengo vence o Corinthians por 3 x 0, quando poderia ter dado uma goleada histórica no rival. Mas ao invés da goleada, preferiu também dar olé. Ao final do jogo, o técnico Leão, do Corinthians, mostrando mais uma vez a sua falta de educação e sua grande prepotência, resolve chamar o Flamengo de “ esse time aí ”. Esse fato causou um grande mal estar com a diretoria do Flamengo, que respondeu ao técnico, lembrando todas as derrotas que esse cidadão já amargou para o Flamengo. A seguir, precisando de dinheiro para pagar a premiação da conquista da Copa do Brasil, o Flamengo vai a Los Angeles, disputar um amistoso contra o América do México, que comemorava 90 anos de fundação. O time joga num campo de futebol americano e domina o primeiro tempo, vencendo por 1 x 0, gol de Obina. Mas no segundo tempo, o técnico Ney Franco coloca oito jogadores reservas em campo e o time perde por 2 x 1. Ao retornar ao Brasil, o técnico decide manter os oito reservas para o jogo contra o Paraná.  Surpreendentemente o Flamengo vence por 2 x 0. Quando os titulares voltaram, o Flamengo perde por 3 x 1 para o Vasco.
Após empatar em 1 x 1 com o Santa Cruz, o Flamengo vence o Atlético Paranaense e o Goiás, ambos por  1 x 0 e finalmente consegue atingir o número de pontos que lhe garantiria o direito de continuar na primeira divisão do futebol brasileiro. Os jogadores Sávio e Luizão ficaram afastados por muitos jogos, devido à contusões.  Alguns jogadores, como Peralta, Ramirez, Goeber, Walter Minhoca e Diego Silva deixaram o clube. Com o não aproveitamento de Thiago Coimbra, o jogador sai do Flamengo, o que deixa Zico extremamente irritado com a diretoria do clube. Segundo Zico, houve uma grande falta de consideração dos diretores para com o jogador. 
Neste momento, a política do clube estava fervilhando, pois em dezembro haveria eleição para presidente. De um lado, Marcio Braga tentava a reeleição. A oposição vinha com Ronaldo Gomlevski e Arnaldo Cardoso. Marcio Braga tinha a seu favor o fato de ter lutado contra as dívidas monstruosas, a criação da loteria Timemania, que se transformou na tábua de salvação dos clubes endividados com o INSS, de ter inaugurado, mesmo que precariamente ainda o Centro de Treinamento de Vargem Grande, conhecido como Ninho do Urubu e de ter conseguido levar o Flamengo de volta à Libertadores, com a conquista da Copa do Brasil. A oposição criticava a política interna do clube, a falta de cuidado com a sede da Gávea e a falta de apoio aos esportes olímpicos, entre outras coisas. Nas eleições, mais uma vez o Flamengo deu uma lição de democracia e civilidade. Enquanto que no clube do ex-deputado, a eleição foi parar na polícia, o que já é de costume, no Flamengo Márcio Braga conseguiu a reeleição sem problemas. Ele prometeu, entre outras coisas, construir um estádio moderno, com capacidade para 35 mil pessoas, na Gávea.
Voltando ao Campeonato Brasileiro, o Flamengo joga em Campinas e perde de 3 x 0 para a Ponte Preta, que lutava juntamente com o Fluminense para não cair para a segunda divisão.  Houve tricolor dizendo que a derrota foi para prejudicar seu time. Nesse jogo, o juiz Antônio da Hora Filho teve uma atuação no mínimo estranha. Deu um pênalti inexistente contra o Flamengo e mandou repetir a cobrança duas vezes, após o goleiro Bruno ter praticado duas defesas normais. Não satisfeito, ainda deu cartão amarelo para Bruno, como que ameaçando o goleiro de expulsão caso ele defendesse novamente.  Fora as várias faltas a favor do Flamengo que ele não deu e as muitas faltas marcadas contra. Foi muito estranho. Mas apesar da arbitragem, o time mostrava um certo relaxamento por já estar livre do rebaixamento ou talvez pelo atraso de salários que voltava a deixar os jogadores insatisfeitos. Talvez, por isso, o Flamengo é novamente derrotado pelo Figueirense, por 2 x 0, no Maracanã e pelo Grêmio, por 3 x 0, no Olímpico. No último jogo do ano, o Flamengo consegue vencer o São Caetano por 4 x 1 e termina em 11º lugar no campeonato.
O Flamengo já mantinha encontros com a MSI, empresa esportiva de natureza meio obscura, que financiou o Corinthians e o deixou numa situação muito difícil. O vice-presidente de futebol Kléber Leite mantém contatos para renovar o contrato do goleiro Bruno e conseguir reforços para a Libertadores de 2007. Inicialmente Kléber tentou trazer Tevez e Mascherano, argentinos que estavam jogando na Inglaterra e Carlos Alberto, jogador muito indisciplinado e que fora praticamente expulso do Corinthians. Para alívio da torcida eles não vieram. A seguir, tentou contratar Nilmar, que estava em litígio com a FIFA, devido a problemas de contratos com o Lyon da França, mas não teve sucesso. Acaba renovando com Bruno e contratando os jogadores Moisés, Thiago, Leonardo, Luisinho, Jaílton, Claiton, Gerson Magrão, Advaldo, Irineu, Leandro Salino e Juninho Paulista para a temporada de 2007. A torcida vê os reforços com muita desconfiança. Porém, mantém a fé em uma boa temporada em 2007.
No campo político, as mortes de Eduardo Viana, vulgo Caixa D’Água e Nabi Abi Chedid não causaram nenhuma saudade nos torcedores rubro-negros. Com certeza, deixaram seus nomes no lado mais obscuro do esporte brasileiro.
No futebol amador, o Flamengo conquista o Bicampeonato da Taça Guanabara de Juniores, o Bicampeonato Estadual de Juniores, o Torneio Octávio Pinto Guimarães de Juniores, a X Copa Circuito das Águas Juvenil, a X Copa Macaé Juvenil, a Taça Guanabara Juvenil, a Taça Rio Juvenil e o Campeonato Estadual Juvenil.
No Remo, o Flamengo conquista o Campeonato Estadual Geral e nas categorias de Estreantes, Feminino, Júnior A, Júnior B, Peso leve e Máster. Também conquista a Taça Eficiência, o XI Encontro Sul Americano Máster Feminino no oito com e a 30ª Regata da Escola Naval.
No Basquete, o Flamengo conquista o Torneio Rio Open Adulto Masculino e é Bicampeão Estadual Adulto Masculino com uma campanha sensacional, obtendo 20 vitórias em 20 jogos.
No Nado Sincronizado, o Flamengo conquista o Bicampeonato Brasileiro Geral Absoluto, o Campeonato Brasileiro Júnior e o Campeonato Estadual Júnior.
No Vôlei, o Flamengo conquista o Bicampeonato do Torneio Inter Regional Adulto Masculino, o Campeonato Estadual Infanto Juvenil Feminino, a Copa Rio Infantil Masculino, o Bicampeonato da Copa Rio Adulto Masculino, o Bicampeonato Estadual Masculino Juvenil e o Campeonato Estadual Masculino Infantil. Também conquista o Torneio Início nas categorias Juvenil Masculino, Infanto Juvenil Masculino e Infantil Masculino.
Na Natação, o Flamengo conquista apenas o Campeonato Estadual Máster de Inverno. Infelizmente, o Flamengo não possuía mais a hegemonia da Natação no Brasil.
No Pólo Aquático, o Flamengo conquista o Campeonato Brasileiro Júnior Masculino, o Campeonato Estadual Júnior Masculino, o Campeonato Estadual Júnior Feminino, a Copa do Brasil Juvenil Masculino e o Campeonato Estadual Juvenil Masculino.
Na Ginástica Olímpica, o Flamengo conquista o Bicampeonato Brasileiro por Equipes, o Bicampeonato Brasileiro Individual Geral Feminino com Daniela Hipólyto e o Campeonato Brasileiro Masculino. No Campeonato Mundial de Ginástica Olímpica, o Brasil se fez representar com brilhantismo, principalmente pelas medalhas de ouro de Diego Hipólyto, em várias etapas do campeonato.  O Flamengo continuava a brilhar na Ginástica e a formar nomes de peso na categoria.
No Judô, o Flamengo conquista o Torneio Integração de Barra de São João (RJ), o Campeonato Estadual Júnior Masculino, o Campeonato Estadual Juvenil Masculino e o Campeonato Brasileiro Máster Masculino.  

-2007:

Presidente: Márcio Baroukel de Souza Braga
Títulos:
Futebol:  Taça Guanabara (Primeiro Turno do Campeonato Estadual)
          Campeonato Estadual
          Troféu Cristo Redentor
          Troféu 100 Anos do Hospital Souza Aguiar
          Taça Guanabara de Juniores ( Primeiro Turno do Campeonato Estadual de Juniores)
          Taça Rio de Juniores ( Segundo Turno do Campeonato Estadual de Juniores )
          Campeonato Estadual de Juniores
          Taça Belo Horizonte de Juniores
          Torneio Octávio Pinto Guimarães de Juniores
          Campeonato Estadual Juvenil
          XI Copa Circuito das Águas Juvenil
          Campeonato Estadual Infantil

Basquete:   Campeonato Estadual Adulto Masculino
            Torneio Início Juvenil Masculino
            Torneio Início Infanto Juvenil Masculino
            Campeonato Estadual de Aspirantes Masculino

Remo:      Campeonato Estadual
           Campeonato Estadual Júnior A
           Campeonato Estadual Júnior B
           Campeonato Estadual Infantil
           Campeonato Estadual Máster
           14ª Regata Remo do Futuro
           19ª Regata Remo do Futuro
           31ª Regata da Escola Naval
           20ª Regata Remo do Futuro
           III Maratona de Remo de Vitória (ES)

Futebol de Salão: Campeonato Estadual Pré Mirim

Ginástica Olímpica: Campeonato Brasileiro por Equipes
                    Campeonato Brasileiro de Solo (Diego Hipólyto)
                    Campeonato Brasileiro Masculino
                    Troféu Brasil Feminino

Vôlei:  Torneio Inter Regional Adulto Masculino
        Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino
        Campeonato Estadual Mirim Masculino
        Copa Rio Adulto Masculino
        Campeonato Brasileiro Máster Feminino (+45)

Judô: XI Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro Júnior Masculino
      XI Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro Juvenil Masculino
      XI Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro Mista Feminina
      VI Troféu Brasil Interclubes

Pólo Aquático:   Campeonato Brasileiro Juvenil Masculino
                 Campeonato Estadual Júnior Masculino   
                 Campeonato Estadual Sênior Feminino

Natação:   Campeonato Estadual Absoluto
           FARJ Top 16 Swin Meet
           Campeonato Estadual de Verão Sênior
           Campeonato Estadual de Verão Júnior
           Campeonato Estadual Máster

Nado Sincronizado:  Campeonato Brasileiro Júnior


O ano de 2007 começou com uma grande expectativa: reconquistar os grandes títulos, como a Taça Libertadores da América. O técnico Ney Franco começa a montar a base da equipe, utilizando uma zaga praticamente nova, com os jogadores Irineu, Moisés e Thiago, mas também contando com uma nova arma ofensiva, pois o Flamengo em 2007 contaria com uma fartura de artilheiros como há muito não se via. Para isso, além de contar com Obina, o xodó da torcida, o Flamengo contrata os jogadores Roni, Leonardo e Souza, que foi o artilheiro do Campeonato Brasileiro do ano anterior. No meio de campo, além de contratar o jogador Claiton, o Flamengo via surgir uma das maiores promessas que a Gávea já produziu nos últimos tempos: Renato Augusto. Jogador extremamente técnico, com excelente domínio de bola e com grande futuro pela frente. Para proteger a zaga, Paulinho jogava com aquela raça que a torcida do Flamengo sempre aprecia. Nas laterais, Juan e Leonardo Moura se firmavam como uma das grandes forças ofensivas do time. Com isso, o Flamengo deu a partida para o ano de 2007.
A primeira competição foi o Campeonato Estadual. A estréia contra a Cabofriense, no Maracanã, deixou boa impressão, com o Flamengo vencendo por 2 x 0. A seguir, o Flamengo enfrentou o Americano de Campos, jogando em Volta redonda, já que o estádio do time campista não havia sido liberado pelo Corpo de Bombeiros. O Flamengo venceu por 2 x 1, com Renato Augusto marcando um belo gol.
Na terceira rodada, num domingo de sol, o Maracanã assiste a estréia do jogador Souza, que apesar de ter jogado no Vasco, nunca escondeu da própria torcida vascaína que era rubro-negro. O jogo contra o Boavista da cidade de Bacaxá, antigamente conhecido como Barreira, foi um sofrimento só. O Flamengo perdeu uma penca de gols e venceu por 1 x 0, gol do estreante Souza.
Em 11 de fevereiro, o Maracanã assiste a um grande jogo. Flamengo e Botafogo realizam uma partida como não se via há tempos. O Botafogo começa melhor, mas  o Flamengo equilibra a partida, até Obina marcar 1 x 0. A partir daí, o time relaxa e o Botafogo empata no último minuto do primeiro tempo. Logo no início do segundo tempo, o árbitro marca pênalti numa falta de Juan feita fora da área. Dodô marca 2 x 1. Quando a torcida achava que o Flamengo estaria entregue, ocorre o empate, com gol de Ronaldo Angelim, na cobrança de escanteio.  A partida é lá e cá. O Botafogo marca novamente, com um golaço de fora da área. Aos 40 minutos, o goleiro Bruno faz um lançamento e Roni aparece na frente do goleiro Max do Botafogo e marca um golaço. Logo após, Obina parte livre, em condições legais para dar a vitória ao Flamengo, mas se vê impedido devido a uma marcação absurda do auxiliar. O Botafogo marca um gol no final, mas o mesmo é anulado, pois o jogador alvi-negro colocou a mão na bola. Dessa forma, termina um grande clássico.
Em 14 de fevereiro, o Flamengo estréia na Libertadores, enfrentando o Real Potosí da Bolívia, jogando nos absurdos 4 mil metros de altitude. A primeira situação interessante foi a de que o Flamengo tem uma torcida na cidade de Sucre, onde há um clube chamado Flamengo, com o mesmo uniforme do time brasileiro. O jogo foi uma desumanidade. Além do ar rarefeito, o frio de 4 graus e a chuva transformaram o jogo em uma grande prova de resistência física para os jogadores. No primeiro tempo, o Flamengo não jogou. As pernas não obedeciam. O time deixa o primeiro tempo perdendo por 2 x 0. O desastre estava se formando. No segundo tempo, o time começa a correr, empata o jogo e a partir de 25 minutos, os jogadores começam a desmaiar em campo, sendo atendidos com bala de oxigênio. O goleiro Bruno desmaia após bater um tiro de meta. Renato Augusto tem que ser atendido várias vezes. O time cai aos pedaços. O Potosí perde gols aos montes e ao final da partida, o pontinho trazido das alturas foi muito comemorado. Talvez a FIFA somente não permita jogos nessas condições após a morte de um atleta em campo. Lamentável.
Com o time aos pedaços, o Flamengo retorna para o Rio de Janeiro e vai enfrentar o Madureira em Bangu, sob um calor de 40 graus. Perde de 4 x 1. O Madureira vê o jogador Marcelo, autor de 4 gols, que fora mandado embora do Flamengo, entrar para o rol da fama. Além dele, somente Pelé e Puskas haviam marcado 4 gols no Flamengo num mesmo jogo. Como o Botafogo fez o favor de perder de 3 x 2 para o Boa Vista, o Flamengo se classificou para a semi final da Taça Guanabara, contra o Vasco. A seguir, o Flamengo vence o Maracaibo da Venezuela por 3 x 1, jogando no Maracanã, com gols de Renato, Obina e Souza.
Em 25 de fevereiro, Flamengo e Vasco disputam um clássico, que daria ao vencedor o direito de jogar a final da Taça Guanabara contra o Madureira, que vencera o América por 2 x 1 no dia anterior. Mal começa o jogo e Obina marca 1 x 0. Porém, no lance do gol, sofre séria contusão no joelho esquerdo e se vê fora do time por vários meses. O jogo foi muito equilibrado em chances de gol,  mas o Flamengo teve o domínio territorial da partida. Apesar de não dar trabalho à zaga do Flamengo, o Vasco marca um gol meio ao acaso e empata o jogo ainda no primeiro tempo. No segundo tempo, o Flamengo não permitiu ao Vasco uma só chance de gol e ainda perdeu algumas oportunidades. Ao final da partida, o resultado levava a decisão para os pênaltis. O Vasco saiu na frente. Renato mandou uma bomba no travessão, deixando a torcida do Flamengo com o coração na mão. A seguir, o goleiro Bruno defende o pênalti do zagueiro argentino Dudar. Leonardo Moura, o grande nome da partida, marca o empate. A seguir, o Vasco manda o pênalti para fora por intermédio de Amaral. Renato Augusto bota o Flamengo na frente. Com mais uma defesa de Bruno, o Flamengo fica a um gol da classificação. Souza bate e bota o Flamengo na final. Uma festa sensacional toma conta do Maracanã. A torcida do Vasco sai do estádio desesperada por ter perdido mais uma decisão para o Flamengo. Tá certo que dessa vez não deu para dizer “Vice de Novo”, mas eliminar o Vasco já era como ser campeão. Em 2001 e 2004, o Flamengo também havia despachado o Vasco em uma semifinal de Taça Guanabara.
Em 04 de março, num belo domingo de sol, Flamengo e Madureira iniciam a final da Taça Guanabara. Apesar do grande domínio territorial e de dois pênaltis não marcados pelo juiz da partida, o Flamengo termina o primeiro tempo do jogo empatando em 0 x 0. Logo no início do segundo tempo, o jogador Marcelo do Madureira é expulso por simulação de pênalti. Com mais um jogador em campo, o Flamengo parou na marcação forte do time tricolor suburbano e deu o contra-ataque. Aos 35 minutos, o Madureira faz 1 x 0 e só não fez o segundo, pois Fábio Júnior perdeu um gol cara a cara com Bruno. Ao final, a torcida do Flamengo deixava o Maracanã frustrada, por ver o time muito apático e sem poder de fogo. As esperanças ficaram para o dia 7, quando o Madureira jogaria por um empate para conquistar a Taça Guanabara.                     
Antes do jogo final, os jogadores do Madureira fizeram declarações infelizes, chamando o time do Flamengo de “ time de totó” e “ que o Flamengo não era grande coisa”. Isso inflamou os ânimos na Gávea e todos os jogadores prometeram forra. O Maracanã recebeu um público de 52 mil torcedores mais uns gatos pingados do Madureira. Desde a chegada ao estádio, a torcida do Flamengo fazia um espetáculo que somente a torcida rubro-negra é capaz de fazer. O time é recebido em festa e com o grito de “queremos raça”. E o Flamengo começou a partida com toda força, marcando 1 x 0 com 1 minuto, por intermédio de Souza. Aos 3 minutos, a bola é alçada na área do Flamengo, bate no peito de Claiton e se oferece ao jogador Léo Fortunato, que empata o jogo. O que poderia ser um balde de água fria se transforma em mais vontade de vencer. Tanto que aos 8 minutos, Renato Augusto cobra escanteio e Souza marca de cabeça. Aos 13 minutos, Renato Augusto desbrava a defesa do Madureira e coloca a bola nos fundo do gol. Com 3 x 1, a taça já era do Flamengo. O time passa a administrar o resultado, mas mantendo o domínio das ações. No segundo tempo, Roni manda uma bola na trave e Juan perde gol feito, frente a frente com o goleiro do Madureira. Já no final da partida, Claiton é derrubado na área e o juiz marca pênalti. Renato bate com perfeição e decreta a conquista da 17ª Taça Guanabara da história do Flamengo, que se mantém como o maior vencedor dessa taça em toda a história do Campeonato Estadual. A torcida fez uma festa sensacional nas arquibancadas do Maracanã. O time recebe a taça e dá a tradicional volta olímpica, com os gritos de “é campeão” vindos de todos os lados. Para o Madureira ficava a lição de que um anão não consegue bater em  um gigante.
Na Taça Rio, o Flamengo coloca em campo um time reserva, que a princípio derrotou o Nova Iguaçu por 2 x 1 com dificuldade. A seguir, derrotas de 2 x 1 para o Volta Redonda e para o Fluminense  deixaram o Flamengo de fora das semi finais da Taça Rio, que foi vencida pelo Botafogo, que eliminou o Vasco e decidiu o título do segundo turno com a Cabofriense.  Na Taça Libertadores, o Flamengo chegou facilmente em primeiro lugar em seu grupo, derrotando o Paraná duas vezes por 1 x 0, o Maracaibo por 2 x 1  e o Real Potosí por 1 x 0. Ficou como o segundo melhor classificado perante todos os times participantes, somente perdendo para o Santos, que fez cem por cento dos pontos disputados. Na segunda fase o Flamengo enfrentaria o Defensor do Uruguai.
Na decisão do Campeonato Estadual, o Flamengo enfrentaria o Botafogo, que contava com o favoritismo, pois todos diziam que o time do Botafogo estava jogando um futebol muito ofensivo. Na primeira partida, disputada em 29 de abril, o técnico Ney Franco manda a campo o time no esquema 3-6-1. No primeiro tempo, o Botafogo dominou o jogo e saiu vencendo por 2 x 0, quando poderia ter vencido por um placar maior. No segundo tempo, quando todos já pensavam que o Botafogo iria aplicar uma goleada no Flamengo, o time, embalado pela torcida, partiu para cima do Botafogo, que se retraiu. Após pênalti cometido sobre Renato, que entrara livre na área, o goleiro Júlio César foi expulso. Renato bateu a penalidade e marcou o primeiro gol do Flamengo. O Botafogo se perdeu em campo e com isso, o Flamengo passou a dominar as ações. Em cruzamento de Léo Lima, o goleiro Max, que entrara no lugar do titular expulso, larga a bola nos pés de Souza, que empata a partida. O Flamengo ainda poderia ter virado o jogo, caso a bola chutada por Renato em cobrança de falta não batesse no travessão. Com o 2 x 2 no placar, Flamengo e Botafogo partiriam para o segundo e decisivo jogo. Mas antes, o Flamengo jogaria no Uruguai, pela Libertadores.
Em Montevidéu, o Flamengo realizou uma das piores partidas dos últimos tempos. Irreconhecível em campo, o time foi derrotado por 3 x 0, ficando em uma situação muito difícil na Libertadores. No intervalo do jogo, Juninho Paulista discutiu feio com o treinador Ney Franco e acabou tendo seu contrato anulado. O pior de tudo, é que o Flamengo iria decidir o título de campeão estadual no domingo, contra o Botafogo e toda a imprensa creditava o favoritismo ao Botafogo, principalmente após a pífia apresentação do Flamengo no Uruguai.
Em 06 de maio, a torcida do Flamengo toma de assalto o Maracanã, ocupando três quartos do estádio. A torcida do Botafogo, mesmo com todo o favoritismo, não compareceu em grande número. O show nas arquibancadas foi sensacional. A torcida vestiu o uniforme do time e entrou em campo para a decisão. O Flamengo foi a campo com Bruno, Leonardo Moura, Ronaldo Angelim, Irineu, Juan, Paulinho, Jaílton(Claiton), Renato, Renato Augusto, Roni e Souza. No primeiro tempo, o jogo foi muito equilibrado, com poucas chances de gol. Mas no segundo tempo, o jogo foi de matar cardíaco. Aos 7 minutos, Souza escora um cruzamento de Juan e marca o primeiro gol do Flamengo. Uma explosão de alegria nas arquibancadas. Mas a alegria durou pouco. Aos 11 minutos, o Botafogo empata em cabeçada de Juninho. Aos 15 minutos, Dodô vira o jogo para o Botafogo. A torcida do Flamengo não parou de gritar e empurrar o time. Mesmo perdendo o jogo, a torcida do Flamengo deu um espetáculo, não negando seu apoio. Aos 27 minutos, Renato Augusto acerta um daqueles chutes raros e de fora da área, manda a bola no ângulo, marcando um golaço. A torcida do Flamengo foi à loucura. O jogo era nervoso, com os dois times perdendo chances de gol. Era de matar qualquer um do coração. Aos 44 minutos, Dodô leva o segundo cartão amarelo e é expulso de campo. Ao final da partida, Flamengo e Botafogo iriam decidir o título nos pênaltis. O Botafogo começou a série de cobranças. Lúcio Flávio  chuta e Bruno realiza grande defesa. A seguir, Renato marca para o Flamengo. Juninho cobra o segundo pênalti para o Botafogo e novamente Bruno defende. A torcida do Flamengo já fazia um carnaval. A seguir, Roni marca o segundo gol. O Botafogo marca seu primeiro gol, mas Juan faz 3 x 1. O Botafogo marca o segundo gol e bastaria Leonardo Moura marcar para o Flamengo se sagrar campeão carioca de 29ª vez. Ele correu para a bola e estufou as redes do Botafogo. Flamengo campeão. A festa nas arquibancadas foi sensacional. A torcida que havia realizado um show durante toda a partida, sendo literalmente o décimo segundo jogador, festejava a conquista. Os jogadores deram a volta olímpica carregando o troféu de campeão. Foi mais um título ganho na raça. Mais uma vez o Flamengo passava por cima do favoritismo do adversário e ganhava um título que poucos acreditavam. Poucos em termos, pois a torcida do Flamengo acreditava e isso só já bastava. A festa tomou conta das ruas do Rio de Janeiro e em todos os cantos do Brasil, torcedores rubro-negros festejavam a conquista. Foi, sem dúvida, mais uma página gloriosa escrita na história do Clube de Regatas do Flamengo.
Mal deu tempo para comemorar, pois quatro dias depois o Flamengo teve que enfrentar o Defensor, pela Libertadores. A torcida do Flamengo lotou o Maracanã e promoveu um dos maiores espetáculos que uma torcida pode proporcionar. O time do Flamengo partiu para cima do time uruguaio e apesar da chuva, time e torcida jogaram juntos. Com um golaço de falta, Renato fez 1 x 0. O juiz argentino Hector Baldassi fazia vistas grossas para a cera e a violência do time do Defensor. Deixou, inclusive, de marcar um pênalti claro sobre Renato Augusto.  No segundo tempo, logo aos 2 minutos, Renato marca outro golaço, chutando de fora da área. O time dá uma verdadeira pressão, mas vê uma arbitragem no mínimo desastrosa atrapalhar. O time do Defensor fica na defesa e poucas vezes consegue atacar. As pernas começam a cansar e os jogadores rubro-negros diminuem a pressão. No final do jogo, o árbitro deixa de dar outro pênalti claro sobre Paulo Sérgio. Se o Flamengo fizesse o terceiro gol, decidiria a vaga nas quartas de final nos pênaltis. Ao final do jogo, mesmo sendo desclassificado, o time sai de campo sob aplausos da torcida, que reconhecera o brio e a vontade dos jogadores.    
A seguir, o Flamengo estréia no Campeonato Brasileiro e é derrotado em pleno Maracanã pelo  Palmeiras por 4 x 2. Fica uma sensação de que a torcida iria sofrer mais uma vez. No segundo jogo, disputado no estádio Serra Dourada, o Flamengo joga no esquema 3-5-2 e derrota o Goiás por 3 x 1, jogando uma bela partida. A seguir, o Flamengo enfrenta o Botafogo, numa revanche da decisão do Campeonato Carioca. O time alvi-negro sai na frente, com um gol de falta de Lúcio Flávio, mas o Flamengo empata com Leonardo. No final do primeiro tempo, Dodô comprova sua sina de sempre marcar gols no Flamengo e faz 2 x 1. O garoto Paulo Sérgio empata no segundo tempo e o Botafogo completava 13 partidas sem vencer o Flamengo.
Jogando em Recife, o Flamengo cede o empate de 2 x 2 para o Sport, quando poderia ter conseguido a vitória. No jogo seguinte, o Flamengo é tristemente derrotado por 4 x 0 pelo Figueirense, jogando em Florianópolis, abrindo uma crise no time. A seguir, o Flamengo empata em 2 x 2 com o Internacional, em pleno Maracanã, com um gol de Juan nos acréscimos. Com isso, o Flamengo entrava na zona do rebaixamento e ficaria ali por quase 1 mês, pois com os preparativos para o Pan-americano, o Flamengo ficou sem jogar, tendo alguns jogos remarcados para outras datas.  Outro problema sério era a possibilidade de  ficar sem alguns jogadores, que poderiam ser negociados com o futebol europeu. Eram os casos de Bruno, Juan e Renato Augusto. Renato estava sendo sondado por um clube árabe e poderia dar adeus à torcida em muito breve.
No Mineirão, Flamengo e Atlético Mineiro fizeram um jogo muito fraco tecnicamente. Aos 43 minutos do segundo tempo, o Atlético fez 1 x 0, de pênalti. Quando ninguém esperava mais nada da partida , uma bola levantada na área é tocada de ombro por Leonardo, entrando no cantinho do gol atleticano.  Mais uma vez o Flamengo se salva da derrota nos acréscimos. Diego volta ao gol do Flamengo e realiza boa partida. A seguir, o Flamengo joga no Morumbi e empata em 0 x 0 com o São Paulo. Mais uma vez Diego joga uma grande partida e realiza pelo menos três grandes defesas. Renato faz sua última partida pelo Flamengo e vai jogar nos Emirados Árabes. Bruno acaba renovando seu contrato até o final do ano. O Flamengo contrata os jogadores Cristian e Roger para o meio campo e traz de volta por empréstimo Ibson.  Renato Augusto retorna após ter disputado o Campeonato Mundial sub 20, onde o Brasil realizou uma pífia participação. O Flamengo também contrata o jogador argentino Maxi Biancuchi, que é primo do jogador Lionel Messi, que jogava no Barcelona.
Devido a realização do Pan-americano, o Flamengo se viu na condição de realizar 9 partidas fora de casa em seqüência, além de ficar com vários jogos atrasados. A situação na tabela não era das melhores. Tanto que ao perder para o Paraná por 2 x 1 e para o Grêmio por 1 x 0, o Flamengo chega ao último lugar do Campeonato Brasileiro. A seguir, o Flamengo consegue derrotar o América de Natal por 3 x 1, jogando em Juiz de Fora. Nessa partida, Obina volta a marcar um gol com a camisa do Flamengo.  Após essa partida, o Flamengo joga no Morumbi e após estar perdendo de 2 x 0 para o Corinthians, consegue arrancar um empate de 2 x 2. O jogador Roger faz sua estréia com a camisa do Flamengo, que também estreava novo uniforme. A Nike lança novos modelos, onde a camisa rubro-negra lembrava a de 1981, com listras largas. A segunda camisa também voltava a ser parecida com a de 1981, sendo toda branca, com os ombros vermelhos e a manga vermelha e preta. Após essa partida, o técnico Ney Franco é demitido e é contratado Joel Santana, que fica com a responsabilidade de tirar o Flamengo da situação incômoda que se encontrava naquele momento.
Durante a realização do Pan-americano, o Rio de Janeiro deu um verdadeiro exemplo de competência. Com grandes praças esportivas, que não ficaram a dever a nenhum outro país e com um grande desempenho de seus atletas, tivemos o melhor Pan-americano da história e o melhor desempenho do Brasil nos jogos. Foi inaugurado o estádio João Havelange, que ficou conhecido como Engenhão, devido a sua localização, no bairro de Engenho de Dentro.  O Maracanã ganhou telões atrás dos gols e novos placares eletrônicos. O Maracanãzinho ficou muito bonito. Enfim, tudo de primeira qualidade. O Flamengo deu sua contribuição, com vários atletas ganhando medalhas para o Brasil. Ao todo, 20 atletas rubro-negros participaram do Pan-americano. Na Ginástica Olímpica, os ginastas rubro-negros conquistaram três medalhas de ouro, duas de prata e duas de bronze. Destaque para Diego e Daniele Hypólito, Jade Barbosa e Victor Rosa, assim como o técnico Renato Araújo. No Remo, a medalha de prata  foi conquistada com o barco Oito Com, com o timoneiro Nilton Alonço. No Nado Sincronizado, o Flamengo cedeu quatro atletas: Giovana Sthephan, Caroline Hildebrant, Michele Frota e Gláucia Heler, que conquistaram duas medalhas de bronze, uma no dueto e outra por equipe.  Ao todo, foram três medalhas de ouro, três medalhas de prata e quatro medalhas de bronze, totalizando 10 medalhas. Só por curiosidade: se o Flamengo fosse um país, teria terminado o Pan-americano em 14º lugar, num total de 42 países.     
Continuando a sua via crucis no Campeonato Brasileiro, o Flamengo perde de 3 x 0 para o Santos e 2 x 0 para o Atlético Paranaense. Ao voltar a jogar no Maracanã, o time vence o Náutico por 2 x 1, com gol do estreante Fábio Luciano e de Leonardo Moura no último minuto do jogo e vence o Fluminense por 1 x 0, com o Flamengo jogando com menos 2 jogadores, quando Roger e Juan foram expulsos. O argentino Maxi começa a cair no gosto da torcida, jogando com muita raça. Mesmo perdendo para o Palmeiras por 2 x 1, jogando no Parque Antártica, o Flamengo volta a vencer  no Maracanã. Goleia o Juventude por 4 x 0 e vence o Goiás por 3 x 1, com a torcida do Flamengo dando show, lotando o Maracanã. A seguir, o Flamengo joga com o Botafogo, que não vencia o Flamengo há 13 partidas. Num jogo em que o Flamengo perdeu grandes chances de gol, inclusive um pênalti no final do jogo por intermédio de Souza, o time empata por 1 x 1, mantendo a escrita de não perder para o Botafogo. Num sábado, dia 01 de setembro, a torcida do Flamengo lota o Maracanã sozinha, para apoiar o time.  O Flamengo faz 1 x 0, mas o Sport empata no final e frustra a torcida, que vê o time novamente ir para a zona de rebaixamento. Pior do que isso foi ficar sem seis titulares para o jogo contra o Figueirense. Mesmo assim, o Flamengo consegue vencer por 4 x 1 e sai novamente da zona de rebaixamento.
Quando a torcida achava que o time ia engrenar, ocorre nova derrota, agora para o Internacional, por 3 x 0. Nesse jogo, o jogador Ibson sofre uma entrada criminosa no tornozelo e fica parado por 1 mês. O árbitro nem falta marcou no lance. Por sua vez, Obina tenta acertar uma cotovelada no jogador Índio e ao ser flagrado pelas câmeras, é indiciado pelo tribunal e mais tarde acaba pegando 120 dias de suspensão. Durante o campeonato, foi  muito comum os promotores do tribunal de justiça  desportiva utilizarem  cenas de lances e indiciar jogadores. Na partida contra o Grêmio, Souza pegou cinco jogos de suspensão. Não satisfeitos, os promotores fizeram um recurso e ainda deram mais dois jogos de suspensão para Souza. Tentaram tirar mandos de campo do Flamengo várias vezes. Chegaram ao absurdo de tentar prejudicar o Flamengo por causa de copos atirados no campo  pela torcida do Vasco. Tentaram suspender o técnico Joel Santana por duas vezes. Outro absurdo foi o Flamengo ficar sem os jogadores Juan e Roger (expulsos no Fla x Flu) para a partida contra o Botafogo e ver que os jogadores Jorge Henrique e Túlio do Botafogo puderam jogar. O detalhe ficou para o fato de que os jogadores do Botafogo foram expulsos na partida contra o São Paulo, disputada uma semana antes do Fla x Flu. Os jogadores do Flamengo foram julgados primeiro e não puderam jogar. Ficava sempre no ar que havia, pelo menos, uma grande vontade de prejudicar o Flamengo.
Para o jogo contra o Cruzeiro, o técnico Joel Santana manda a campo um time com quatro volantes, o que dava a impressão de que o Flamengo jogaria na retranca. Com uma atuação muito boa, o time vence por 3 x 1, com gols de Leonardo Moura, Souza e Obina. A seguir, o Flamengo enfrenta o Vasco da Gama, com vários desfalques. Com gol de Leonardo Moura e com grandes defesas de Bruno, o Flamengo empata por 1 x 1. O detalhe ficou para o último lance da partida, onde após grande defesa de Bruno, a bola sobra para o jogador vascaíno Wagner Luís, que chuta uma bomba a queima roupa. Seria gol certo, mas caprichosamente, a bola bate na cabeça do jogador Alan Kardec, do Vasco, que salva o gol.
Em Caxias do Sul, debaixo de muita chuva, o Flamengo ficou duas vezes na frente do placar, mas cedeu o empate contra o Juventude. A seguir, o Flamengo vence o Atlético Mineiro, no Maracanã, com um gol do volante Cristian, aos 37 minutos do segundo tempo. Em 4 de outubro, quinta feira, o Flamengo iria enfrentar o líder e virtual campeão brasileiro. O São Paulo estava disparado na tabela e vinha para o Maracanã para dar mais um show. Mas quem acabou dando um verdadeiro show foi a torcida do Flamengo. Ela  quebrou todos os recordes de público da competição e mesmo com o time não disputando título, foi disparado a maior e melhor torcida do campeonato. E nesse jogo, mais uma novidade. A torcida canta a plenos pulmões uma música utilizando o famoso tema da vitória, que embalava as vitórias de Ayrton Senna. Em campo, o time domina o São Paulo e numa partida memorável, vence por 1 x 0, gol de Ibson. O espetáculo dado pela torcida foi motivo de comentários da imprensa durante mais de uma semana.
A situação na tabela havia melhorado muito e alguns já sonhavam com uma vaga na Libertadores. Na partida com o Fluminense, novamente a torcida do Flamengo dá um show nas arquibancadas. Pena que o Fluminense fez 1 x 0 com 1 minuto de jogo e jogando na retranca, acaba vencendo por 2 x 0, com o segundo gol sendo marcado em contra-ataque.  O time até que dominou a partida e teve um pênalti não marcado pelo árbitro, mas não deu para ganhar. Com isso, o Flamengo, que poderia ficar em sétimo, acabou indo para o 14º lugar. Na parte de baixo  da tabela, a situação era difícil, pois muitos clubes lutavam para não cair. A diferença de pontos do 17º para o 9º era de apenas 3 pontos.  Em 13 de outubro, o Flamengo vai a Curitiba enfrentar o Paraná. Num jogo muito difícil, o Flamengo vê o árbitro marcar um pênalti absurdo de Léo Medeiros. Com uma grande defesa de Bruno, o Flamengo vai à frente e vence por 1 x 0, gol de Fábio Luciano. Com isso, o Flamengo foi para o oitavo lugar na tabela. 
Em 18 de outubro, o Flamengo enfrentou o Vasco da Gama. Os dois estavam empatados na tabela, com 43 pontos. A partida foi emocionante e contou com uma novidade. Obina foi julgado novamente e teve sua pena diminuída para 5 partidas e assim, poderia jogar contra o Vasco. Para surpresa de todos, Toró marca 1 x 0 para o Flamengo. Ele que sempre foi muito contestado pela torcida, fez algumas boas partidas e nesse jogo marcou um belo gol. Logo depois, o Vasco empata numa cobrança de falta. Para piorar as coisas, o Flamengo teve o jogador argentino Hugo Colace expulso de campo. Ele que entrara no lugar de Rômulo, que havia torcido o joelho. Apesar de ficar com menos um jogador, o Flamengo partiu para cima e teve um pênalti marcado sobre Leonardo Moura. Ibson cobrou e marcou 2 x 1. Logo a seguir, o jogador Marcelinho do Vasco foi expulso, deixando os times com 10 jogadores. No segundo tempo, o Flamengo dominou as ações e manteve o placar até o final. Com a vitória, o Flamengo conquistou o Trofeú 100 Anos do Hospital Souza Aguiar.
Em 21 de outubro, a torcida do Flamengo extrapolou. O Flamengo jogou contra o Grêmio e viu a torcida quebrar o recorde de público no campeonato, com 73 mil expectadores no estádio. Além do recorde, o espetáculo foi sensacional. Tanto, que a diretoria do Flamengo resolve aposentar a camisa 12, que a partir daí, seria a camisa da torcida. O time realiza grande partida, principalmente Ibson. A vitória de 2 x 0, com gols de Souza e Ibson, leva o Flamengo para o 6º lugar na tabela e o transforma no melhor time do Rio de Janeiro no Campeonato Brasileiro. Já havia a chance de conseguir uma vaga para a Taça Libertadores do ano seguinte. Logo a seguir, o Flamengo vence o América de Natal por 1 x 0, jogando em Natal.
Em 31 de outubro, o Flamengo enfrentou o Corinthians no Maracanã. O time paulista estava no desespero, pois estava na zona de rebaixamento. Mais uma vez, a torcida do Flamengo deu um show, enchendo o Maracanã e proporcionando um espetáculo que só ela sabe dar. O Flamengo não começa bem a partida e vê o Corinthians fazer 1 x 0. No final do primeiro tempo, Ibson marca o gol de  empate, após grande passe de Souza, de calcanhar. No segundo tempo, Joel Santana coloca Roger e Obina no jogo. O Flamengo passa a dominar o Corinthians e após perder algumas chances, vê Roger fazer um golaço e dar a vitória de presente para a torcida. Com esse resultado, o Flamengo entrava no grupo dos quatro classificados para a Libertadores, já figurando como terceiro colocado na tabela.  Nesse dia, o São Paulo consegue vencer o América de Natal e conquista o título de campeão brasileiro pela quinta vez, com quatro rodadas de antecedência. A partir daí, o Flamengo briga na justiça pela posse definitiva da taça de campeão que havia sido instituída nos anos setenta, que seria dada definitivamente para o clube que conseguisse conquistar três títulos consecutivos ou cinco alternados. Como o Flamengo já era penta campeão, mas a CBF não reconhecia o título de 1987, a taça nunca havia sido entregue ao Flamengo. Agora, o São Paulo reivindicava a taça para ele. Isso provocou uma grande polêmica, pois a CBF se negou a entregar a taça para o Flamengo. Inclusive, o presidente do São Paulo, o Sr. Juvenal Juvêncio, que foi o presidente do São Paulo em 1988, assinou na época, um documento do Clube dos Treze, que reconhecia o Flamengo como legítimo campeão de 1987. Hoje, a sua opinião mudou puramente por conveniência.  Mesmo  não sendo reconhecido pela CBF, o Flamengo conta com o apoio da imprensa em geral  e do próprio Clube dos Treze, sendo legitimamente penta campeão brasileiro. Mais uma vez, o Flamengo torna-se vítima daqueles que usam o futebol para o seu enriquecimento pessoal e que só conseguem empobrecer cada vez mais o próprio futebol.
Mas voltando ao Campeonato Brasileiro, o Flamengo é derrotado pelo Cruzeiro por 3 x 1, jogando no Mineirão. As chances de ir para a Libertadores começam a ficar menores. O Flamengo cai para o quarto lugar na tabela, o que ainda lhe garantia a vaga. Mas via Cruzeiro, Palmeiras, Grêmio e Santos se aproximarem perigosamente. Em 11 de novembro, o Flamengo enfrentou o Santos no Maracanã. O time paulista estava em segundo lugar na tabela,  quatro pontos a frente do Flamengo. Mostrando a força de sua torcida, todos os oitenta e dois mil ingressos foram vendidos. Durante todo o campeonato, mesmo quando o Flamengo estava muito mal na tabela, a torcida rubro-negra se tornou o décimo segundo jogador e quebrou todos os recordes de público do campeonato. Os shows proporcionados pela torcida foram de arrepiar. O “tema da vitória”, cantado pela torcida, emocionava até aqueles que não eram rubro-negros. A plenos pulmões, a torcida mostrava seu amor ao clube cantando “és time de tradição. Raça, amor e paixão. Oh meu Mengo! Eu sempre te amarei. Onde estiver, estarei. Oh meu Mengo!”  Foi sensacional. Foi demais.
A partida contra o Santos foi muito difícil, com os times realizando grande marcação no meio de campo. Aos trinta minutos do segundo tempo, Joel Santana colocou em campo Roger e Obina e partiu para o ataque. Dois minutos depois, Juan cruza a bola na área santista. Obina toca de cabeça para Fábio Luciano, que também toca de cabeça para o meio da área. Souza vem na corrida e também toca de cabeça para as redes. A torcida que já fazia um verdadeiro carnaval, explode de alegria e realiza um espetáculo maravilhoso. O time segura o ímpeto do Santos, com Bruno realizando duas grandes defesas. Ao final da partida, os jogadores do Flamengo chegaram às lágrimas, tomados pela emoção de ver o espetáculo que a torcida do Flamengo fazia. Chegaram até a fazer uma volta olímpica com uma réplica da taça de penta campeão. Com isso, o Flamengo pulava para o terceiro lugar, ficando um ponto atrás do segundo colocado.
Para a partida contra o Atlético Paranaense, o Flamengo se viu impedido de jogar com a presença da torcida no Maracanã, pois o STJD, que passou o campeonato inteiro tentando prejudicar o Flamengo, condenou o clube, devido a uma lata de cerveja que havia sido jogada no árbitro Sálvio Espíndola Fagundes Filho, na partida contra o Grêmio, onde o mesmo árbitro teve uma atuação desastrosa, prejudicando demais o Flamengo. Ninguém viu a lata ser jogada, mas o árbitro colocou na súmula. A torcida do Flamengo prometeu que se não pudesse entrar no estádio, iria ficar em volta do Maracanã e com seus gritos iria incentivar os jogadores. Devido a pressão da diretoria rubro-negra, a pena foi prorrogada para o próximo ano e com isso, a torcida quebrou mais uma vez o recorde de público no campeonato. 
Em 25 de novembro, a torcida do Flamengo realizou mais uma festa indescritível. Lotando o Maracanã, ela levou o time para mais uma vitória. Com gols de Renato Augusto e Juan, o Flamengo vence por 2 x 0 e se classifica para a Libertadores de 2008. O time recebe até taças. Uma que foi dada pelo Governo do Rio de Janeiro, em reconhecimento ao pentacampeonato e outra dada pela Suderj, em homenagem à torcida do Flamengo.  O Flamengo não conseguiu o título, mas a torcida rubro-negra foi a grande campeã deste campeonato brasileiro. Bateu todos os recordes e proporcionou espetáculos que ficarão para sempre na memória de todos. Até a CBF ofereceu ao Flamengo o Troféu Torcida de Ouro. A Prefeitura Municipal do Rio de Janeiro, além de criar o Dia do Flamengo e o Dia do Flamenguista, resolveu tombar a torcida do Flamengo como patrimônio histórico do Rio de Janeiro.
Na última rodada do campeonato, o Flamengo poderia ter terminado como segundo colocado, mas com a derrota de 1 x 0 para o Náutico, em Recife, o time termina em terceiro e conquista a vaga para a Libertadores da América de 2008. Na entrega do prêmio para os melhores do campeonato, o Flamengo foi o único clube do Rio que teve jogadores premiados: Ibson e Leonardo Moura. Joel Santana acaba renovando seu contrato com o Flamengo, principalmente após a torcida levá-lo ao Cristo Redentor e participar da festa pela conquista da vaga para a Libertadores.  
No futebol amador, o Flamengo conquistou vários títulos. O time de juniores conquistou o tricampeonato da Taça Guanabara. Ao conquistar também a Taça Rio, o time torna-se tricampeão estadual, sem precisar de decisão. Conquista também a Taça Belo Horizonte pela terceira vez, decidindo o título contra o Cruzeiro, em pleno Mineirão, em decisão por pênaltis, após empatar por 1 x 1 no tempo normal. Outra conquista memorável foi o bicampeonato do Torneio Octávio Pinto Guimarães, em decisão contra o Fluminense. O Flamengo venceu o primeiro jogo da decisão  por 5 x 0 e mesmo perdendo de 3 x 0 o segundo jogo, tornou-se campeão. O time de juniores também teve excelente participação no Mundialito de clubes, realizado na Malásia. Os resultados foram: 1 x 1 contra o Milan (Itália), 2 x 1 contra o Arsenal (Inglaterra), 1 x 0 contra o Ajax (Holanda), 1 x 0 contra o PSV (Holanda), 1 x 2 contra o Manchester United (Inglaterra) e 3 x 1 contra o Milan (Itália), terminando em terceiro lugar. Só não foi campeão do mundo, pois perdeu para o Manchester United um jogo em que o Flamengo foi muito superior, mas tomou dois gols de contra-ataque. 
O time de juvenis conquistou o bicampeonato estadual ao vencer o Vasco por 3 x 1 no primeiro jogo e empatar por 2 x 2 no segundo jogo. Também conquistou a XI Copa Circuito das Águas, realizada em São Lourenço (MG), se tornando bicampeão desse torneio. O time infantil também conquistou o Campeonato Estadual, ao vencer o Vasco em disputa por pênaltis.
No Basquete, o Flamengo conquista o Tricampeonato Estadual Adulto Masculino, vencendo o Vasco nos dois jogos finais, mantendo uma hegemonia no basquete do Estado do Rio de Janeiro. Com este título, o Flamengo vence o campeonato pela 33ª vez, tendo mais que o dobro dos títulos do segundo colocado, o Vasco, com 16 títulos. Também conquista os Torneios Inícios Juvenil Masculino e  Infanto Juvenil Masculino. Outra conquista ocorreu no Campeonato Estadual de Aspirantes Masculino.
No Remo, o Flamengo conquista a 31ª Regata da Escola Naval e a 14ª, a 19ª e a 20ª Regata Remo do Futuro. Também conquista a III Maratona de Remo de Vitória (ES). No Campeonato Carioca, a final ficou adiada para 2008, pois uma prova havia ficado sub-judice. Assim, foi decidido que a prova seria novamente disputada e só assim seria conhecido o campeão carioca desse ano. Em 30 de março de 2008, o barco 2 com vence sensacionalmente a disputa contra a guarnição do Vasco e conquista o título de Campeão Carioca de Remo. O Vasco foi vice de novo. O Flamengo também conquistou o Campeonato Carioca nas categorias Júnior A, Júnior B, Infantil e Máster. Com isso, o Flamengo foi novamente Campeão de Terra e Mar.
No Futebol de Salão, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Pré Mirim.
Na Ginástica Olímpica, o Flamengo conquista o Tricampeonato Brasileiro por Equipes, o Campeonato Brasileiro de Solo com Diego Hipólyto, o Bicampeonato Brasileiro Masculino e o Troféu Brasil Feminino.  Diego conquista várias medalhas de ouro para o Brasil no Campeonato Mundial de Ginástica Olímpica, disputado em vários países.
No Vôlei, o Flamengo conquista o bicampeonato do Torneio Inter Regional Adulto Masculino, o bicampeonato do Campeonato Estadual Infanto Juvenil Masculino, o Campeonato Estadual Mirim Masculino, o Tricampeonato da Copa Rio Adulto Masculino e o Campeonato Brasileiro Feminino Máster (+45).
No Judô, o Flamengo conquista o XI Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro nas categorias Juvenil Masculino, Júnior Masculino e Mista Feminina.. Vence também o VI Troféu Brasil Interclubes.
No Pólo Aquático, o Flamengo conquista o Campeonato Brasileiro Juvenil Masculino, o Bicampeonato Estadual Júnior Masculino e o Campeonato Estadual Sênior Feminino.
Na Natação, o Flamengo conquista o Campeonato Estadual Absoluto, o Campeonato Estadual de Verão Sênior e Júnior e o Campeonato Estadual Máster. Também conquista o troféu FARJ top 16 Swin Meet. A Natação Rubro-Negra, que já foi a maior do Brasil, vivia um período de poucos títulos, onde não formava mais grandes nadadores como antes. Nesse período, o Clube Pinheiros de São Paulo brilhava como o melhor do Brasil.
No Nado Sincronizado, o Flamengo conquistou o Campeonato Brasileiro na categoria Júnior.

-2008:

Presidente: Márcio Baroukel de Souza Braga
Títulos:
Futebol: Taça Guanabara (Primeiro Turno do Campeonato Estadual)
         Campeonato Estadual
         Troféu 80 Anos da Estação Primeira de Mangueira (RJ)
         Taça Rio de Juniores (2º Turno do Campeonato Estadual Júnior)
         3ª Espírito Santo Cup de futebol Mirim

Basquete:  Campeonato Brasileiro Adulto Masculino
           Campeonato Estadual Adulto Masculino

Vôlei: Campeonato Estadual Infantil Masculino

Remo:  21ª Regata Remo do Futuro.
       23ª Regata Remo do Futuro
       VIII Circuito Poder Marítimo
       Regata 200 Anos do Copo de Fuzileiros Navais
       Regata Batalha Naval do Riachuelo
       Campeonato Estadual Júnior B
       Campeonato Estadual Máster
       Campeonato Estadual Feminino
       Campeonato Estadual Peso Leve

Pólo Aquático: Campeonato Brasileiro Júnior Feminino

Ginástica Olímpica: Campeonato Brasileiro Individual Feminino (Jade Barbosa)
                    Campeonato Brasileiro de Solo Feminino (Jade Barbosa)
                    Campeonato Brasileiro de Salto Feminino (Jade Barbosa)
                    Campeonato Brasileiro de Paralelas Feminino (Jade Barbosa)
                    Campeonato Brasileiro de Trave Feminino (Daniele Hipólyto)
                    Campeonato Brasileiro Individual Masculino (Diego Hipólyto)
                    Campeonato Brasileiro de Salto Masculino (Diego Hipólito)
                    Campeonato Brasileiro Pré Infantil Feminino Nível A
                    Campeonato Estadual Infantil Masculino
                    Campeonato Estadual Pré Infantil Masculino

Futebol de Salão:  Taça Ricardo Lucena (1º Turno do Campeonato Carioca)
                   Campeonato Estadual Adulto
                   Campeonato Carioca Juvenil
                   Campeonato Carioca Feminino
                   Campeonato Carioca Fraldinha (sub-9)

Judô:     XII Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro
          Torneio de Encerramento da Copa Seishin
          Campeonato Estadual Sênior Masculino

Nado Sincronizado:    Campeonato Brasileiro Absoluto
                      Campeonato Brasileiro Júnior
                      Campeonato Estadual Absoluto
                      Campeonato Estadual Júnior

Natação:   Campeonato Estadual Máster
           Campeonato Estadual Sênior de Verão

Bocha:   Campeonato Estadual de Bocha Sul-Americana
         Campeonato Estadual Individual de Bocha Sul-Americana
         Campeonato Estadual de Duplas
         Campeonato Estadual de Trios

Após a grande reação, que levou o Flamengo de volta à Libertadores, a diretoria consegue manter a base do time que terminou a campanha de 2007. Além de não perder nenhum jogador, o Flamengo ainda consegue contratar reforços. Foram contratados os zagueiros Rodrigo e Gavilán, os meias Marcinho, Kleberson e Jônatas, que retornava à Gávea após uma temporada muito ruim no Espanhol de Barcelona e os atacantes Éder e Diego Tardelli. Com isso, o técnico Joel Santana inicia a temporada com esperanças de conseguir grandes resultados.
Logo no início, na disputa do Campeonato Estadual, o Flamengo vence o Boavista por 2 x 0, mostrando um bom futebol. Mas apesar da vitória, o Flamengo vê o jogador Renato Augusto sofrer uma grave contusão, com afundamento de ossos da face, que o leva a sala de cirurgia e o deixa afastado do time por alguns meses. Na segunda partida, o Flamengo vence o Cardoso Moreira por 4 x 1. A seguir, o Flamengo vence o Duque de Caxias por 5 x 1 e o Macaé por 1 x 0, sem maiores dificuldades. Em 2 de fevereiro, sábado de carnaval, o Flamengo joga pela primeira vez no Estádio Olímpico João Havelange, mais conhecido como Engenhão. Com três gols de Obina, o Flamengo derrota o América por 4 x 0. Devido a expulsão do zagueiro Fábio Luciano, o Flamengo joga contra o Volta Redonda com o zagueiro Rodrigo, que fazia sua estréia. Em jogada onde subiu para cabecear, Rodrigo cai e fratura o braço direito. O Flamengo vence por 2 x 1, mas perde mais um jogador. Isso faz o Flamengo contratar o zagueiro Leonardo, para a disputa da Libertadores. Apesar de tudo, o Flamengo se classifica em primeiro lugar em seu grupo, ficando o Fluminense em segundo lugar.
Em 10 de fevereiro, Flamengo e Fluminense disputam o último jogo da fase de classificação da Taça Guanabara e o Flamengo resolve jogar com o time reserva, pois o jogo não valia mais nada. O Fluminense mescla reservas e titulares e acaba vencendo o Flamengo por 4 x 1. A seguir, o Flamengo vai ao Peru, para iniciar sua participação na Taça Libertadores da América. Enfrenta o time do Coronel Bolognesi, um adversário até então desconhecido por todos. Apesar da fragilidade do adversário, o Flamengo empata por 0 x 0, não conseguindo a vitória, pois além de perder algumas oportunidades de gol, vê Obina perder um gol feito no último minuto da partida.
Em 17 de fevereiro, Flamengo e Vasco vão decidir uma vaga na final da Taça Guanabara. No dia anterior, o Botafogo desbanca o favoritismo do Fluminense e o derrota por 2 x 0. Para o jogo contra o Vasco, Edmundo faria sua reestréia com a camisa cruzmaltina. A torcida do Vasco até esqueceu a freguesia para o Flamengo em jogos decisivos e foi ao Maracanã, na esperança de ver a freguesia se acabar. E a esperança aumentou, quando o Vasco fez 1 x 0, por intermédio do jovem Alan Kardec. Só que a alegria durou pouco. Em cobrança de falta, Juan coloca a bola na cabeça de Fábio Luciano, que com categoria manda a bola para o fundo das redes. No segundo tempo, logo aos 6 minutos, ocorre o lance capital do jogo. Morais invade a área pela esquerda e é derrubado por Ibson. Pênalti para o Vasco. A torcida vascaína fica em delírio, pedindo Edmundo. Ele pega a bola, ajeita na marca e bate o pênalti. Bruno pratica a defesa, para delírio total dos rubro-negros. Com isso, o Flamengo parte para cima e passa a dominar o jogo. Aos 34 minutos, Leonardo Moura cruza a bola e Ronaldo Angelim cabeceia. A bola toca na trave esquerda e passa pelo goleiro do Vasco, indo morrer na rede. Gol do Flamengo e explosão da torcida rubro-negra. Até o final da partida, o Vasco não consegue assustar e ao final do jogo, o Flamengo mais uma vez ganha do Vasco em jogo decisivo. Assim como em 2001, 2004 e 2007, o Flamengo vence novamente o Vasco na semifinal da Taça Guanabara. Contando com os títulos estaduais de 1996, 1999, 2000, 2001 e 2004 e com o título da Copa do Brasil de 2007, o Flamengo cria uma freguesia, que provavelmente já estava causando um sério complexo nos vascaínos.
Em 24 de fevereiro, Flamengo e Botafogo decidem a Taça Guanabara. O Maracanã recebe um público de 62 mil torcedores, o que antigamente seria um público ridículo para uma decisão, mas que neste dia, representou a carga total de ingressos colocados à venda. O Botafogo teve uma semana difícil, com alguns jogadores contundidos, tentando recuperá-los para a final. No dia do jogo, apenas Jorge Henrique não foi para o jogo, ficando na reserva. O Flamengo foi a campo com Bruno, Leonardo Moura, Fábio Luciano, Ronaldo Angelim, Juan, Jailton(Kleberson), Christian, Toró(Diego Tardelli), Ibson, Marcinho(Obina) e Souza. A partida começa muito equilibrada, sem chances de gol. Até que aos 27 minutos, Welington Paulista entra na defesa do Flamengo e chuta no canto do gol de Bruno. Gol do Botafogo. A torcida do Flamengo ficou muito preocupada, pois o Flamengo não conseguia dar uma pressão na defesa do Botafogo. Por sua vez, o Botafogo, preferiu manter a postura defensiva, não se aproveitando da instabilidade do Flamengo.
Para o segundo tempo, Joel Santana manda o time para frente, colocando em campo Obina e Kleberson. E o Flamengo partiu para cima e começou a imprensar o Botafogo em sua defesa. O perigo ficava por conta dos contra-ataques do Botafogo. O jogo seguia em ritmo forte, até que aos  16 minutos, após falta cobrada por Juan, Fábio Luciano é agarrado e quase tem a sua camisa retirada pelo zagueiro do Botafogo. O árbitro marca pênalti. Enquanto a torcida do Flamengo vibra, o time do Botafogo começa a perder a cabeça. Ibson cobra o pênalti com perfeição e empata o jogo. Ao tentar pegar a bola, para dar a saída com rapidez, Souza se envolve em uma confusão com o goleiro alvi-negro e acaba expulso de campo, juntamente com Zé Carlos do Botafogo. Com isso, o Flamengo partiu para cima do Botafogo, que desesperadamente tentava a marcação de um pênalti, com jogadores simulando faltas. A seguir, Lúcio Flávio dá um pontapé em Juan e é expulso de campo. Com isso, o Botafogo se descontrolou de vez. Mesmo com um jogador a mais, o Flamengo atacava, mas a cada contra-ataque, o Botafogo levava muito perigo. Joel Santana tira Toró e coloca Diego Tardelli em campo. E aos 47 minutos, após grande jogada de Leonardo Moura, Diego Tardelli chuta da entrada da área, como se tivesse cobrando uma falta. A bola faz uma curva e morre no fundo do gol do Botafogo. É o gol do título e a torcida faz uma festa maravilhosa. O Botafogo parte para cima e quase empata o jogo, numa jogada que a defesa parou pedindo impedimento. Só para matar do coração, aos 50 minutos, o Botafogo cobra uma falta  e a bola é cabeceada no meio da defesa do Flamengo, indo se chocar com a trave. A defesa do Flamengo chuta a bola para longe e o árbitro termina um jogo extremamente emocionante. A torcida e os jogadores vibram muito com a conquista da Taça Guanabara, que ia para a Gávea pela 18ª vez. O Botafogo completava 15 partidas sem ganhar do Flamengo e perdia a quinta decisão consecutiva para o Flamengo (Taça Rio de 1991, Campeonato Brasileiro de 1992, Taça Guanabara de 1995, Campeonato Estadual de 2007 e agora a Taça Guanabara de 2008), marcando mais uma grande freguesia no Rio de Janeiro. A choradeira dos jogadores e dos diretores do Botafogo chegou a ser patética. O Botafogo mantinha a fama de ser o time “do quase” e sua diretoria buscava explicações estapafúrdias para mais uma derrota. Quanto ao Flamengo, tudo era festa.   
Não deu tempo nem para comemorar. Três dias depois da conquista da Taça Guanabara, o Flamengo recebeu no Maracanã, o time do Cienciano do Peru. Havia uma necessidade enorme de vitória, para que o Flamengo não visse complicada a sua situação na Libertadores. Jogando contra um time retrancado, mas veloz no contra-ataque, o Flamengo fez 1 x 0 com Souza, mas toma um gol bobo aos 45 minutos do primeiro tempo. Na etapa final, o Flamengo partiu para cima do Cienciano, que se fechou mais ainda. Quando todos já pensavam que o empate estava sacramentado, Marcinho fez o gol da vitória aos 44 minutos.  
Para a disputa da Taça Rio, o técnico Joel Santana resolve poupar vários titulares. No primeiro jogo, o Flamengo chega a estar perdendo de 2 x 0 para o Resende. Com uma grande reação, o time vira e vence por    4 x 2. A seguir, o time titular viaja para Montevidéu, onde vai enfrentar o Nacional. Jogando uma partida muito fraca e tendo Toró e Leonardo Moura expulsos, o Flamengo joga praticamente todo o segundo tempo com nove jogadores e perde de 3 x 0. Isso complica e muito a situação do time na tabela. A classificação para a segunda fase da Libertadores estava seriamente ameaçada.
Voltando a Taça Rio, o Flamengo manda um time misto para enfrentar o Americano e sem nenhuma dificuldade, em ritmo de treino, vence por 3 x 1. A boa notícia ficou para  a volta de Renato Augusto, recuperado da cirurgia na face. A seguir, o time titular vence o Mesquita por 2 x 0 em ritmo de treino. Para o jogo contra o Botafogo, o técnico Joel Santana manda a campo apenas três titulares: o goleiro Bruno, Leonardo Moura e Toró. O time perde de 3 x 2, mas realizando um jogo duro com o Botafogo, que finalmente, após quatro anos de sofrimento, consegue vencer o Flamengo. Precisávamos dar essa forcinha para o Botafogo. Dava pena ver tanto homem chorar...
Em 19 de março, o Flamengo vai a campo enfrentar o Nacional do Uruguai, numa partida onde só poderia vencer. Caso contrário, a desclassificação na Libertadores ficaria muito próxima. A torcida compareceu e deu mais um show. O time realiza uma partida muito boa e vence por 2 x 0, com dois gols de Marcinho. Dando continuidade ao Campeonato Estadual, o Flamengo vence a Cabofriense por 2 x 0 e o Friburguense por 4 x 1. Ao empatar em 0 x 0 com o Madureira, o Flamengo garante classificação para a semifinal da Taça Rio. Na última rodada, o Flamengo vai a campo com o time reserva para enfrentar o time titular do Vasco. A meta era preservar os titulares para o jogo decisivo contra o Cienciano, na altitude de 3.600 metros de Cuzco, no Peru. No primeiro tempo, o Flamengo faz 2 x 0 e perde várias oportunidades. No segundo tempo, o time relaxou e cedeu o empate para o Vasco da Gama. O Flamengo iria enfrentar o Botafogo na semifinal da Taça Rio.
Em 09 de abril, o Flamengo vai ao Peru, para decidir a classificação para a segunda fase da Libertadores. O fantasma da altitude deixava a torcida apreensiva. O time realizou uma preparação com uso de vitaminas e ferro para poder suportar os efeitos do ar rarefeito. Todos se lembravam de Potosí. No primeiro tempo, o Flamengo apenas controlou o jogo. No segundo tempo, o Flamengo dominou a partida e com gols de Renato Augusto, Toró e Juan, venceu com extrema facilidade, se classificando para a próxima fase da Libertadores. Na volta para o Rio de Janeiro, o time veio muito desgastado, pois só conseguiu chegar no meio da madrugada de quinta feira. No domingo, o Flamengo jogaria a semifinal da Taça Rio contra o Botafogo. Caso conseguisse a vitória, poderia ser bicampeão estadual sem precisar de uma decisão. Infelizmente, o time não se apresenta bem e perde por 3 x 0 para o Botafogo, que acaba conquistando a Taça Rio, reeditando a final do Campeonato Estadual do ano passado.   
Em 21 de abril, o Flamengo disputa a última rodada da primeira fase da Libertadores, contra o Coronel Bolognesi, no Maracanã. Caso vencesse, o Flamengo conquistaria o direito de sempre decidir em casa, na fase de mata-mata. O jogo foi muito difícil e o time perdeu várias chances de gol. Aos 39 minutos do segundo tempo, ocorre uma falta na entrada da área do time peruano. Surpreendentemente, o goleiro Bruno aparece para cobrar a falta. Ele cobra a falta com categoria e marca o primeiro gol do Flamengo. Aos 45 minutos, Obina marca o segundo gol, dando a vitória ao Flamengo por 2 x 0.
Em 27 de abril, o Flamengo iria enfrentar o Botafogo que iria jogar sem quatro titulares, pois Castillo e Triguinho se machucaram e Jorge Henrique e Alessandro haviam sido expulsos na partida contra o Fluminense. Todos achavam que o Flamengo deveria aproveitar a oportunidade, pois após essa partida, o Flamengo iria jogar na Cidade do México, a 2800 metros, contra o América local.
Na primeira partida, que foi muito disputada e equilibrada, o Flamengo não consegue se aproveitar do fato do Botafogo jogar desfalcado. Após um primeiro tempo difícil, Joel Santana manda para campo Diego Tardelli e Obina. E eles seriam os grandes responsáveis pela vitória.
O Botafogo tem uma grande chance de marcar, quando Luciano entra livre na área e manda uma bomba. A bola milagrosamente explode na trave. Logo a seguir, Leonardo Moura rouba uma bola e lança Tardelli na ponta direita. Pegando a defesa do Botafogo totalmente aberta, ele cruza para Obina mandar a bola para o fundo do gol, aos 35 minutos. Com esse gol, o Flamengo derrota o Botafogo por 1x 0. Com essa vitória apertada, todos apostavam que o Botafogo iria ganhar do Flamengo com facilidade, pois o time voltaria do México aos pedaços e iria enfrentar um Botafogo descansado e com a volta de alguns titulares.
O Flamengo foi ao México, ganhou o América por 4 x 2 e deu um show de bola. Ao retornar para o Rio de Janeiro, dois dias antes da decisão, o Flamengo procurou descansar o time. O Botafogo ficou descansando e treinando durante toda a semana.
Em 4 de maio, o Flamengo vai a campo com Bruno, Leonardo Moura, Fábio Luciano, Ronaldo Angelim, Juan, Cristian(Obina), Jailton, Toró, Ibson(Diego Tardelli), Marcinho(Kleberson) e Souza. A torcida do Flamengo invade o Maracanã e como no domingo anterior, preencheu três quartos do estádio. A torcida do Botafogo foi em pequeno número nas duas partidas. Mas acabou vibrando primeiro, pois aos 23 minutos do primeiro tempo, após cobrança de falta de Lúcio Flávio, o goleiro Bruno, que completava cem partidas com a camisa do Flamengo, acaba falhando e tomando um frango. Com esse resultado, a decisão iria para os pênaltis.
No segundo tempo, Joel Santana colocou em campo Obina e Diego Tardelli, mandando o time para frente. E logo aos 4 minutos, Juan cobra uma falta, lançando a bola sobre a área. Obina cabeceia no canto esquerdo e empata o jogo. O Flamengo passa a dominar a partida.
O Botafogo ficou sem um jogador, quando Renato Silva foi expulso por levar o segundo cartão amarelo. Com isso, o Flamengo tomou conta do jogo. Aos 37 minutos, Juan passa pelo marcador e de dentro da área, cruza para Diego Tardelli chutar de primeira e virar o jogo. O título já estava ganho. Mas aos 47 minutos, Diego Tardelli foi lançado pela esquerda e cruza para Obina. Ele chuta e marca o terceiro gol.
A torcida do Flamengo vibrava intensamente nas arquibancadas e com o apito final, o Flamengo comemorava o seu 30º título de campeão estadual, igualando o número de títulos do Fluminense. Mas devemos lembrar que quando o Flamengo começou a disputar o campeonato carioca em 1912, o Fluminense já tinha 5 títulos de campeão.
A torcida rubro-negra fez uma grande festa, que se espalhou por todo o Brasil. Quanto ao favoritismo do Botafogo, mais uma vez o Flamengo teve que provar que não adianta o adversário ser favorito. Com a força de sua camisa e de sua imensa torcida, é muito difícil vencer o Flamengo em uma decisão. 
Mas, após três dias de festas e comemorações, o Flamengo aprendeu uma grande lição. O esporte muitas vezes imita a vida. E é exatamente quando perdemos a humildade, Deus nos dá uma lição para podermos aprender a respeitar a todos. O Flamengo iria enfrentar o América do México somente para “cumprir tabela”. Após a vitória de 4 x 2 no México, ninguém acreditava que o Flamengo não se classificaria para a próxima fase da Libertadores. Mas numa daquelas noites em que nada dava certo, o time dominou o jogo e viu o América surpreendentemente ganhar de 3 x 0. Os jogadores saíram de campo com um gosto amargo de derrota e vergonha. O Flamengo saía da Libertadores da forma que ninguém poderia imaginar. Joel Santana deixava o Flamengo da pior maneira possível.
Em 11 de maio, o Flamengo iria catar os cacos e começar o Campeonato Brasileiro. O jogo contra o Santos, que mandou a campo um time reserva, seria num Maracanã sem público. O Flamengo pagava a pena imposta no ano anterior, quando o árbitro Sálvio Espíndola Filho colocou na súmula do jogo contra o Grêmio que uma lata atingira o auxiliar. Algo que não foi testemunhado por ninguém. Com o Maracanã completamente vazio, o Flamengo vence por 3 x 1. A seguir, o Flamengo vai a Porto Alegre e empata de 0 x 0 com o Grêmio.
Em 24 de maio, o Flamengo recebe o Internacional no Maracanã. No primeiro tempo, o Flamengo jogou muito mal e saiu perdendo de 1 x 0. No segundo tempo, o time partiu para cima e virou para 2 x 1, com gols de Marcinho e Souza, que voltava a marcar depois de muito tempo. Em 01 de junho, o Flamengo enfrentou o Fluminense, que jogou com seu time reserva. Com um gramado molhado e com uma aparência estranha, como se estivesse coberto de neve, o Flamengo encontra muita dificuldade de marcar. O Fluminense jogava todo na retranca. Aos 42 minutos, Juan é derrubado pelo goleiro Fernando Henrique e o pênalti é marcado. Leonardo Moura bate e marca o gol da vitória. A seguir, em 07 de junho, o Flamengo goleia o Figueirense por 5 x 0, com Marcinho marcando três gols e se tornando o artilheiro do campeonato. Souza marcou os outros dois gols. Com esse resultado, o Flamengo permanece na liderança do Campeonato Brasileiro.
Em 14 de junho, o Flamengo realiza uma grande partida contra o São Paulo, no Maracanã. Mesmo jogando muito melhor, o time não conta com a sorte e perde surpreendentemente por 4 x 2. Mas, mesmo com a derrota, o Flamengo ainda permaneceu na liderança do campeonato. Após a derrota, o Flamengo iria jogar duas vezes fora de casa. E como nos últimos anos o Flamengo teve um desempenho muito ruim fora de casa, ficava a desconfiança de que o time perderia pontos. Na primeira partida, em Ipatinga, o Flamengo realiza um excelente segundo tempo e vence o time da cidade por 3 x 1. Na partida seguinte, o Flamengo foi a Recife enfrentar o Sport, que havia conquistado semanas antes o título da Copa do Brasil, vencendo o Corinthians na final. Enfrentando um adversário muito difícil e um gramado horroroso, o Flamengo consegue arrancar a vitória aos 48 minutos do segundo tempo. Com dois gols de Obina, o time vence por 2 x 1 e se isola na liderança do campeonato, com 19 pontos. A seguir, o Flamengo enfrenta o Náutico no Maracanã, que recebe 47 mil rubro-negros, que além de vibrarem com a vitória de 3 x 0, com gols de Leonardo Moura, Marcinho e Kleberson, também não perderam a oportunidade de deitarem e rolarem em cima da derrota do Fluminense na final da Taça Libertadores, quando o time da LDU do Equador, conquistou o título nos pênaltis.
Em 9 de julho, o Flamengo vai ao Mineirão enfrentar o Atlético Mineiro. Marcinho fez 1 x 0 e o Flamengo poderia deixar o primeiro tempo com uma vantagem maior. No segundo tempo, o Atlético partiu para cima e impôs uma grande pressão. O Flamengo poderia ter conseguido a vitória nos contra-ataques, mas desperdiçou várias chances. Com isso, o Atlético conseguiu empatar no final. No dia seguinte, surgiu uma notícia que abalou a todos. Na madrugada após o jogo em Belo Horizonte, o goleiro Bruno, Diego Tardelli e Marcinho se envolveram num escândalo, quando uma prostituta foi à polícia dar queixa de Marcinho por agressão, numa festa realizada em um sítio de Bruno. Os jogadores acabaram multados e tiveram que pedir desculpas ao clube e a torcida pelo ocorrido. Marcinho acabou sendo contratado por um time dos Emirados Árabes e acabou saindo do Flamengo, quando era artilheiro do Campeonato Brasileiro. Renato Augusto também foi negociado com o Bayer Leverkusen da Alemanha.
Em 13 de julho, o Flamengo enfrentou o Vasco da Gama. Todos achavam que o time sentiria os efeitos dos últimos acontecimentos extra-campo. Mas dentro de campo, o que se viu foi um domínio rubro-negro, que desde o início da partida mostrou que a vitória seria conquistada com muita facilidade. Ibson de pênalti, Fábio Luciano e Cristian, num golaço de fora da área, marcaram para o Flamengo, que se desinteressou pelo jogo depois dos 20 minutos do segundo tempo, após marcar seu terceiro gol. Com isso, o Vasco pôde marcar seu gol de honra. O destaque do jogo ficou para os presidentes Márcio Braga e Roberto Dinamite, lado a lado nas tribunas, assistindo ao jogo.
A seguir, o Flamengo vai a Curitiba enfrentar o Coritiba. O time domina a partida, mas se vê sem condições de marcar um gol. Ao final do jogo, o Flamengo perde de 1 x 0, mas se mantinha na liderança do campeonato. O destaque ficou para a estréia da nova camisa, com listras mais finas. Em 20 de julho, o Flamengo joga contra o Vitória da Bahia no Maracanã. Chegou a marcar o primeiro gol, mas ele foi mal anulado pela bandeirinha Márcia Bezerra. Apesar de também dominar o jogo, o Flamengo volta a perder por 1 x 0. Mas ainda se mantinha na liderança do campeonato, apenas 1 ponto a frente do Grêmio. A nova camisa acaba ficando com fama de azarada.
Em 23 de julho, o Flamengo vai a São Paulo enfrentar a Portuguesa de Desportos. Chega a estar na frente do placar por duas vezes, mas cede o empate. Ainda perdeu a chance da vitória, quando Ibson perdeu um pênalti aos 42 minutos, onde o goleiro pegou a cobrança duas vezes, após o árbitro mandar repetir a primeira cobrança. Em 27 de julho, o Flamengo empata com o Botafogo por 0 x 0, numa partida onde ambos tiveram chances de gols, não aproveitadas. Com isso o Flamengo cai para segundo lugar na tabela. Ao perder de 1 x 0 para o Palmeiras, jogando em São Paulo, o Flamengo cai para o quarto lugar. A torcida já via com preocupação a situação do time, que não conseguia marcar gols, mesmo criando chances em todos os jogos.
O jogador Souza foi vendido para o futebol grego e para o seu lugar, o Flamengo contratou Vandinho, que foi artilheiro no Avaí de Santa Catarina. E logo na estréia, Vandinho marca um gol, mas o Flamengo perde para o Cruzeiro por 2 x 1 e cai para o sexto lugar. Nesta partida, Diego Tardelli sofre grave fratura no braço e fica três meses parado. Durante a semana que antecedeu o jogo contra o Goiás, a torcida chega a invadir a Gávea e soltar morteiros contra o time, gerando grande insatisfação dos jogadores. Até mesmo o jogador uruguaio Morales, reforço contratado pelo clube, desiste de vir para o Flamengo devido às cenas lamentáveis. Na partida contra o Goiás, a bola teima em não entrar e o Flamengo perde de 2 x 1, com um gol marcado aos 47 minutos do segundo tempo. Sem contar que o Flamengo fica sem oito jogadores para a próxima partida. A maré era de puro azar. Na classificação o Flamengo ia para a sétima posição. Na última partida do primeiro turno, o Flamengo enfrenta o Atlético Paranaense no Maracanã. O time entra em campo com a camisa considerada azarada e consegue vencer por 1 x 0. Com isso, o Flamengo termina o turno no sétimo lugar.
No segundo turno, o Flamengo vai a Vila Belmiro e arranca um empate de 2 x 2, gols de Leonardo Moura e jogando com menos 1 jogador. Nesta partida, o Flamengo estréia o jogador Marcelinho Paraíba, contratado ao Werden Bremen. Na segunda partida, o Flamengo vence o Grêmio por 2 x 1, no Maracanã, com gols de Maxi e Toró. A seguir, o Flamengo empata de 1 x 1 com o Internacional e de 2 x 2 com o Fluminense, já contando com os reforços de Everton e do argentino Sambueza. Também foram contratados o meio de campo Fernando e os atacantes Fernandão, Josiel e o chileno Gonzalo Fierro.
Em Santa Catarina, o Flamengo vence o Figueirense por 3 x 2 e se mantém invicto no segundo turno. Porém, no jogo seguinte, perde de 2 x 0 para o São Paulo. No Maracanã, o Flamengo vence o Ipatinga por 1 x 0 e consegue chegar ao chamado G4, que era o grupo formado pelos quatro primeiros colocados no campeonato e que estariam classificados para a Libertadores da América do ano seguinte. Em 27 de setembro, o Flamengo enfrenta o Sport no Maracanã. A partida foi realizada sob forte chuva, que caía no Rio de Janeiro. O Flamengo joga melhor, mas toma um gol no segundo tempo. A torcida do Flamengo não parou de incentivar a equipe, mas a chuva tornava-se cada vez mais forte. Demonstrando muita garra, o time parte para cima do Sport e aos 37 minutos, Juan marca o gol de empate. A partir daí, a torcida rubro-negra dá um show. E sob um verdadeiro dilúvio, o Flamengo chega a vitória aos 45 minutos, com um gol de Vandinho. Foi uma vitória de muita raça.
A partida seguinte foi disputada em Recife, contra o Náutico. Com uma grande atuação na primeira etapa, o Flamengo vencia por 1 x 0, gol de pênalti de Marcelinho Paraíba. Na segunda etapa, o Flamengo recua e joga nos contra-ataques. Após grande pressão do Náutico, Leonardo Moura marca um golaço aos 42 minutos. O Náutico ainda perdeu um pênalti no final da partida. Neste momento, o Flamengo disputava juntamente com Grêmio, Palmeiras, Cruzeiro e São Paulo, a liderança do campeonato. O presidente Marcio Braga chega ao exagero de dizer que o Flamengo estava preparando a festa do hexacampeonato. A imprensa aproveita o fato e cai em cima do Flamengo. Na partida contra o Atlético Mineiro no Maracanã, a torcida do Flamengo lota o estádio. São oitenta mil rubro-negros confiando na vitória. Mas em campo, infelizmente o Flamengo realizou um dos piores jogos do campeonato e perdeu surpreendentemente por 3 x 0. Com a derrota, o Flamengo caiu para o sexto lugar na tabela. E a imprensa deitando e rolando devido a declaração de Marcio Braga.
O próximo jogo era contra o Vasco, que lutava desesperadamente para se livrar da zona de rebaixamento. Até este momento, o Vasco era o lanterna da competição. O Flamengo novamente não joga bem, mas vence por 1 x 0, com um gol contra do zagueiro vascaíno Jorge Luís. O Flamengo subia para o quinto lugar. Para a imprensa, o Flamengo era um candidato ao título, mas todos o colocavam como azarão. Em 23 de outubro, o Flamengo iria enfrentar o Coritiba no Maracanã. O time iria jogar desfalcado de Juan e Fábio Luciano, assim como acontecera contra o Atlético Mineiro. O técnico Caio Júnior coloca Jailton e Airton para jogar na zaga, juntamente com Ronaldo Angelim. O time faz uma excelente partida e vence o Coritiba por 5 x 0, com direito de gol do goleiro Bruno, cobrando pênalti no último minuto e fazendo mais um gol com a camisa rubro-negra. Com os resultados da rodada, o Flamengo subia para o quarto lugar.
Em 29 de outubro, o Flamengo vai a Salvador enfrentar o Vitória. A partida é muito disputada, mas o Flamengo abusa do direito de perder gols. Ao final, o 0 x 0 não saiu do placar. A seguir, o Flamengo enfrenta a Portuguesa de Desportos no Maracanã. Com 3 minutos, Fábio Luciano marca um golaço e dá a impressão de que o Flamengo venceria com facilidade. Mas o time cai inexplicavelmente de produção e permite o domínio do time paulista, que vira o jogo com um gol do ex-rubro-negro Athirson. No final, o Flamengo consegue o empate com um gol de Maxi, perdendo dois pontos irrecuperáveis, que deixariam o Flamengo em segundo lugar na tabela. Com esse resultado, o Flamengo caiu para quinto. Na partida seguinte, o Flamengo enfrenta o Botafogo, que queria levar a partida para seu estádio, o Engenhão. A partida acaba acontecendo no Maracanã. O Flamengo não faz uma grande partida, mas acaba vencendo por 1 x 0, gol de pênalti aos 38 minutos do segundo tempo, marcado por Kleberson. Como sempre, teve o famoso chororô dos botafoguenses, reclamando da arbitragem, do estádio, de tudo. Como sempre... 
Em 16 de novembro, um dia após o Flamengo ter completado 113 anos de existência, a torcida lotou o Maracanã para incentivar o Flamengo contra o Palmeiras. E vibrou logo aos 2 minutos, com um golaço de Marcelinho Paraíba, escorando de primeira um cruzamento de Kleberson. O Palmeiras empatou com um gol de pênalti, mas logo após, Ibson colocava o Flamengo novamente na frente. No segundo tempo, Kleberson faz grande jogada e deixa Ibson na cara do gol. Ele chuta colocado, no ângulo, marcando mais um golaço. O Palmeiras marca seu segundo gol, mas logo após, Ibson marca o gol mais bonito do jogo, escorando de letra, um cruzamento de Kleberson. Para terminar a festa, Kleberson marca de cabeça o quinto gol da grande vitória rubro-negra. Com isso, o Flamengo subia para a terceira posição na tabela.
Na partida seguinte, o Flamengo foi a Belo Horizonte enfrentar o Cruzeiro, num jogo decisivo. Realizou um primeiro tempo muito ruim e saiu perdendo de 1 x 0. No segundo tempo, o time voltou melhor e partiu para cima do Cruzeiro. Ibson escora um cruzamento de Marcelinho Paraíba e empata a partida. A seguir, a defesa fica parada e o Cruzeiro desempata. Obina empata novamente a partida e Juan perde um gol feito, sem goleiro. O Flamengo perde a oportunidade de virar a partida e o Cruzeiro desempata aos 40 minutos. Diego Tardelli é colocado no jogo e desequilibra. Ele, que havia fraturado o braço na partida contra o Cruzeiro no primeiro turno, voltou com a corda toda. Em jogada sensacional, ele dribla a defesa do Cruzeiro e somente não empata devido a grande defesa de Fabio. O Flamengo não desiste e aos 47 minutos, Tardelli entra na área, corta o zagueiro e é derrubado descaradamente. Pênalti que o Brasil inteiro viu, menos o Sr. Carlos Eugênio Simon. Revoltado com a atitude covarde do árbitro, que já tem em seu currículo vários jogos em que prejudicou demais o Flamengo, Tardelli reclama e é expulso, causando grande revolta no time. O técnico Caio Júnior chega a entrar em campo para retirar os jogadores da confusão. Ao final da partida, o Sr. Simon expulsa o zagueiro e capitão Fábio Luciano, prejudicando mais ainda o Flamengo. Com isso, o time cai para a quinta posição e via sua condição de classificado para a Libertadores ficar quase impossível.  
Em 30 de novembro, o Flamengo joga contra o Goiás, no Maracanã. Nos primeiros 35 minutos de jogo, o Flamengo marca três gols e dá a impressão de que vai golear facilmente. O Cruzeiro perde para o Internacional e o Palmeiras empata com o Vitória, o que faria com que o Flamengo ficasse praticamente classificado para a Libertadores. Mas o time relaxa e permite o empate ao Goiás. Com o time totalmente perdido em campo, sem garra e sem forças, o Flamengo perde dois pontos irrecuperáveis e praticamente dá adeus a Libertadores de 2009. Na partida seguinte, o Flamengo perde vergonhosamente de 5 x 3 para o Atlético Paranaense e joga fora a classificação para a Libertadores, pois o Palmeiras perdeu para o Botafogo e por pura incompetência, o Flamengo não se classificou. Ao final do campeonato, o Flamengo ficou em 5º lugar. Mas, em pior situação ficou o Vasco, que caiu para a segunda divisão.
O futebol amador do Flamengo conquistou o Bicampeonato da Taça Rio de Juniores, mas infelizmente não conseguiu conquistar o Campeonato Estadual. O time de futebol mirim conquistou o 3º Espírito Santo Cup de Futebol Mirim.
O Basquete rubro-negro teve um ano sensacional. Após ter conquistado o tricampeonato estadual em 2007, com um time fantástico formado por Marcelinho, Duda, Hélio, Alírio, Fred, Fernando, Coloneze, Wagner e Amiel, o Flamengo conseguiu chegar a final do Campeonato Sul-Americano de Basquete. Após duas derrotas na argentina, contra o Regatas Corrientes, o Flamengo consegue empatar a série com duas vitórias no Rio de Janeiro. Foi para a Argentina disputar a decisão. Lá, aconteceu de tudo. A partida foi disputada em um ginásio minúsculo, sem policiamento, onde os torcedores argentinos ficavam a poucos metros dos jogadores. Marcelinho chegou a levar uma cusparada de um torcedor argentino, quando se preparava para colocar a bola em jogo, na lateral da quadra. Com um clima completamente desfavorável, o Flamengo acaba perdendo a quinta partida e fica com o vice-campeonato. Com certeza, em condições normais de disputa, o Flamengo conseguiria o título. Infelizmente, nossos hermanos sul-americanos ainda utilizam os mesmos artifícios para tentar ganhar. E ninguém faz nada para modificar esse panorama. No entanto, no Campeonato Brasileiro, o time fez uma campanha sensacional, sendo derrotado apenas duas vezes. Nas quartas-de-final e semifinal, o Flamengo venceu os play-offs por 3 x 0. Na final contra o Brasília-Universo, o Flamengo também não deu chances para seu adversário e venceu a decisão por 3 x 0, vencendo as duas primeiras partidas no Rio de Janeiro e a terceira partida disputada em Brasília. Com essa conquista inédita, o Flamengo passava a fazer parte de uma lista de times cariocas campeões brasileiros. Antes dele, somente Botafogo (1967), Vasco (2000 e 2001) e Telemar-Rio de Janeiro (2005) haviam conquistado esse título.  No final do ano, o time de basquete conquistou o Tetracampeonato Estadual
No Vôlei, O Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Infantil Masculino.
No Remo, o Flamengo conquistou a 21ª e 23ª Regatas Remo do Futuro, o VIII Circuito Poder Marítimo, a Regata 200 Anos do Corpo de Fuzileiros Navais, a Regata Batalha Naval do Riachuelo e o Campeonato Estadual nas categorias Júnior B, Máster, Peso Leve e Feminino.
No Pólo Aquático, o Flamengo conquistou o Campeonato Brasileiro Júnior Feminino.
Na Ginástica Olímpica, o Flamengo conquistou os títulos de Campeão Brasileiro Individual Feminino, Solo Feminino, Salto Feminino e Paralelas Feminino, todos com Jade Barbosa. Também conquistou o título brasileiro na Trave Feminino com Daniele Hipólyto e Individual Masculino e Salto Masculino com Diego Hipólyto. Conquistou também o Campeonato Estadual Infantil Masculino e Pré Infantil Masculino e o Campeonato Brasileiro Pré Infantil Feminino nível A.
No Futebol de Salão, o Flamengo conquistou a Taça Ricardo Lucena (1º Turno do Campeonato Estadual), o Campeonato Estadual Adulto, o Campeonato Estadual Juvenil, o Campeonato Estadual Feminino e o Campeonato Estadual Fraldinha (sub-9).
No Judô, o Flamengo conquistou o XII Torneio Beneméritos do Rio de Janeiro, o Torneio de Encerramento da Copa Seishin e o Campeonato Estadual Sênior Masculino.
No Nado Sincronizado, o Flamengo conquistou o Campeonato Brasileiro Absoluto, o Tricampeonato Brasileiro Júnior e o Campeonato Estadual Júnior.
Na Natação, o Flamengo conquistou o Bicampeonato Estadual Absoluto, o Campeonato Estadual Sênior de Verão e o Bicampeonato Estadual Máster.  
Na Bocha, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual de Bocha Sul-Americana, o Campeonato Estadual Individual, de Duplas e Trios.
Nas Olimpíadas da China, o Flamengo contribuiu com os atletas Diego Hypólito, Danyele Hypólito e Jade Barbosa na Ginástica Olímpica, Giovana Stephen no Nado Sincronizado e Leonardo Leite no Judô.   

-2009:

Presidente: Márcio Baroukel de Souza Braga e Delair Dumbrosk
Títulos:
Futebol: Taça Rio (2º Turno do Campeonato Estadual)
         Campeonato Estadual
         Campeonato Brasileiro
         Troféu João Saldanha

Futebol de Mesa: Taça Guanabara (categoria 3 toques)
                 Taça Rio (categoria 3 toques)
                 Campeonato Estadual (categoria 3 toques)
                 Campeonato Brasileiro (categoria 3 toques)

Showbol: Campeonato Brasileiro

Remo:  Campeonato Estadual
       Campeonato Estadual Júnior B
       Campeonato Estadual Sênior B
       Campeonato Estadual Feminino
       Campeonato Estadual Aberto
       Campeonato Estadual de Aspirantes
       Campeonato Estadual Peso Leve Sub 23
       Troféu Eficiência
       24ª Regata Remo do Futuro
       26ª Regata Remo do Futuro.
       IX Regata Batalha Naval do Riachuelo
       33ª Regata Escola Naval

Basquete:  Liga Sul-Americana de Clubes
           Campeonato Brasileiro Adulto Masculino
           Campeonato Estadual Adulto Masculino
           Circuito Estadual Pré Mirim Masculino

Natação:   Campeonato Estadual Máster de Inverno
           Campeonato Estadual Sênior de Verão

Pólo Aquático:  Taça Brasil Juvenil Feminino.
                Campeonato Brasileiro Júnior Masculino
                Campeonato Estadual Juvenil Feminino
                Campeonato Brasileiro Júnior Feminino.

Nado Sincronizado:  Torneio de Figuras da FARJ
                    Torneio Temático da FARJ
                    Campeonato Brasileiro Júnior A
                    Campeonato Brasileiro Absoluto
                    Campeonato Estadual Absoluto
                    Campeonato Estadual Júnior

Ginástica Olímpica: Campeonato Estadual Juvenil Feminino
                    Campeonato Estadual Adulto Feminino
                    Campeonato Estadual Infantil Feminino
                    Campeonato Estadual Pré-Infantil Feminino

Vôlei:     Torneio Início Juvenil Masculino
           Torneio Início Infantil Masculino.
           Torneio Início Mirim Masculino
           Campeonato Estadual Pré-Mirim Feminino.
           Campeonato Estadual Pré-Mirim Masculino
           Campeonato Estadual Mirim Masculino
           Campeonato Estadual Infanto-Juvenil Masculino
           Campeonato Estadual Infantil Feminino
           Campeonato Brasileiro Feminino Máster (+30)
           Campeonato Brasileiro Feminino Máster (+45)
           Campeonato Brasileiro Feminino Máster (+50)

Judô:   Circuito Estadual Máster

O Flamengo até tentou reforçar o time para o início da temporada de 2009. Mas a falta de dinheiro fez com que a base de 2008 fosse mantida. As únicas contratações foram os desconhecidos Douglas e Willians, vindos do Santo André e Everton Silva, lateral direito da Friburguense. A contratação de maior peso foi de Zé Roberto, ex-jogador do Botafogo, que sempre se envolvia com atos de indisciplina. Jogadores que vieram dos juniores e que foram emprestados em 2008, retornaram. Foram os casos de Kayke, Egídio, Fabrício e Paulo Sérgio. Do elenco anterior, o Flamengo se desfez de Diego Tardelli, que foi para o Atlético Mineiro e Vandinho, que foi para o Sport. Para a direção técnica, foi contratado o técnico Cuca, que veio para o Flamengo na tentativa de conquistar os títulos que ele perdeu para o próprio Flamengo nos dois últimos anos.
Vale a pena lembrar que no início do ano, a torcida do Flamengo se revoltou com Ronaldo Fenômeno, que após treinar no Flamengo e se tratar de mais uma grave lesão no joelho, declarou seu amor pelo clube e sua vontade de jogar pelo Rubro-Negro. Logo após, ele assina contrato com o Corinthians, que faz o grande favor de levar Ronaldo para o futebol paulista.
Em 25 de janeiro, o Flamengo deu início a disputa do Campeonato Estadual, onde tentaria conquistar o seu quinto tricampeonato. O time vence o Friburguense por 1 x 0, gol de Juan. Em 29 de janeiro, o Flamengo vence o Bangu por 2 x 1, jogando em Volta Redonda. Até os 40 minutos do segundo tempo, o Flamengo perdia por 1 x 0, com um gol marcado em impedimento. Com gols de Marcelinho Paraíba aos 41 e Ronaldo Angelim aos 44 minutos, o Flamengo consegue a vitória de forma dramática. A seguir, o Flamengo vence o Volta Redonda por 1 x 0, com um gol marcado por Josiel aos 42 minutos do segundo tempo. O time mantinha cem por cento de produção, mas não conseguia jogar bem.
Em 4 de fevereiro, o Flamengo volta a jogar no Maracanã, para enfrentar o Mesquita. O jogador Zé Roberto fez sua estréia e aos 6 minutos fez o primeiro gol do Flamengo. Porém, o Mesquita empatou logo depois. Na segunda etapa, o técnico Cuca colocou em campo Everton e Jônatas, que juntamente com uma grande atuação de Ibson, fizeram com que o Flamengo dominasse a partida e vencesse por 4 x 1. O quarto gol foi marcado pelo goleiro Bruno, cobrando magistralmente uma falta. Era o seu terceiro gol com a camisa rubro-negra. A seguir, o Flamengo retornou a Volta Redonda para enfrentar o Macaé. O jogo foi difícil, com a vitória de 2 x 1 conseguida nos minutos finais. Zé Roberto fez mais um gol. Com a vitória, o Flamengo estava classificado para disputar a semifinal da Taça Guanabara.
Jogando com o time reserva, o Flamengo empatou por 2 x 2 com o fraco time do Boavista e iria decidir o primeiro lugar no grupo com o Botafogo. Na véspera da partida, o Flamengo sofre um importante desfalque. Ronaldo Angelim foi obrigado a operar a coxa esquerda e ficaria fora do time por um mês. Outro grave problema era o atraso de salários. Já se tornara público que o Flamengo passava por grave crise financeira. Não só no futebol, mas também no esporte amador. O Flamengo chegou a declarar que não poderia renovar o contrato dos ginastas Diego e Danyele Hipólyto e de Jade Barbosa. Com o apoio da Prefeitura de Niterói, os atletas conseguiram permanecer na Gávea. O time de Basquete quase foi desfeito, mas mesmo com os salários atrasados, os atletas continuaram no clube. No futebol, a insatisfação já era muito grande. Marcelinho Paraíba acaba deixando o clube, por não receber as luvas do contrato. Ele foi para o Coritiba. Com certeza, a situação preocupava a todos.
Na partida contra o Botafogo, o Flamengo enfrentou o adversário com alguns desfalques. O Botafogo jogou com um time misto e deu um sufoco no Flamengo, que só conseguiu empatar a partida aos 47 minutos do segundo tempo, com um gol de Josiel, que substituiu Obina, que passava por uma fase muito ruim. Ele desperdiçou um pênalti, o segundo na competição e ainda não havia marcado nenhum gol. Para a semifinal da Taça Guanabara havia uma grande indefinição. O Vasco da Gama havia sido punido com a perda de 6 pontos pelo Tribunal da Federação, por ter jogado na primeira rodada com um jogador irregular. Como o Vasco não recuperou os pontos em novo julgamento, o Flamengo enfrentaria o Resende.
Em pleno sábado de carnaval, o Flamengo entrou em campo para decidir uma vaga na final da Taça Guanabara. O time realiza um péssimo primeiro tempo e é dominado pelo Resende que deixa o campo vencendo por 1 x 0. O Flamengo ficou sem Airton e Fabio Luciano, expulsos de forma totalmente equivocada pelo péssimo árbitro Felipe Gomes da Silva, que prejudicou demais o Flamengo. Na segunda etapa, o Flamengo, com 9 jogadores em campo, tentou empatar a partida. O árbitro deixa de marcar um pênalti claro em Ibson e deixa de dar várias faltas a favor do Flamengo. O time acaba sofrendo mais um gol. Josiel, que entrou em campo no lugar de Obina, marca um gol e dá esperanças a torcida. Mas aos 47 minutos, o Flamengo toma o terceiro gol e é melancolicamente eliminado da Taça Guanabara. A torcida do Flamengo passou o carnaval de ressaca.
Após o carnaval, o Flamengo estréia na Copa do Brasil derrotando o desconhecido Ivinhema por 5 x 0. Na Taça Rio, o Flamengo começa derrotando o Cabofriense por 3 x 1 e o Duque de Caxias por 4 x 2. O time era acusado de não se empenhar nas partidas, devido ao atraso nos salários. A torcida já mostrava uma certa insatisfação, que só fez aumentar quando o Flamengo empata com o Tigres do Brasil por 1 x 1, no Maracanã. Ao perder de 2 x 0 para o Vasco, numa partida muito truncada, com cinco expulsões, o Flamengo ficou numa situação complicada para se classificar para as semifinais da Taça Rio. Na partida seguinte, o técnico Cuca coloca em campo o jovem Erick Flores para compor o meio de campo. E com uma grande atuação, Erick Flores ajuda o Flamengo a derrotar o Madureira por 4 x 2, com 3 gols de Josiel. Em 28 de março, o Flamengo derrotou o Resende por 4 x 0, com outra grande atuação de Erick Flores e com 2 gols de Josiel, que passava a liderar a tabela de artilheiros do campeonato.  A seguir, o Flamengo vai a Campos e num jogo muito difícil, vence o Americano por 1 x 0, gol de Juan cobrando pênalti aos 42 minutos do segundo tempo. A classificação para a semifinal estava muito próxima.
Para o último jogo, contra o Fluminense, o Flamengo não contaria com jogadores que tomaram o terceiro cartão amarelo, casos de Juan e Ibson. Como isto não bastasse, entra em cena o TJD, que havia denunciado o goleiro Bruno por uma jogada mais ríspida ocorrida no jogo contra o Vasco. Bruno pega três jogos e ficaria fora da semifinal. Leonardo Moura pega dois jogos e também desfalcaria o Flamengo. Airton e Willians também desfalcariam o time no Fla x Flu. O técnico Cuca pegou trinta dias de suspensão. Os jogadores do Vasco foram absolvidos ou pegaram somente um jogo. Com isso, o Flamengo deveria mais uma vez vencer tudo e todos para ser tricampeão. Durante a semana, chegava ao fim a parceria do Flamengo com a Petrobras. Após 25 anos estampando o nome da empresa em suas camisas, o Flamengo rompe o contrato, pois não conseguia receber o patrocínio. No Fla x Flu, o Flamengo não teria patrocino na camisa. E assim foi até o início de julho.
O time praticamente reserva joga de igual para igual com o time titular do Fluminense, mas sofre um gol aos 32 minutos do segundo tempo. Quando tudo levava a crer que o Flamengo amargaria uma derrota, o estreante Emerson empata aos 49 minutos. Com isso, o Flamengo terminou em primeiro lugar em seu grupo e iria disputar a semifinal exatamente contra o Fluminense. Antes da partida decisiva, o Flamengo vai a Belém e vence o Remo por 2 x 0, pela Copa do Brasil, com mais um gol de Emerson.
Em 12 de abril, domingo de Páscoa, o Flamengo vai ao Maracanã, para disputar uma vaga na final da Taça Rio. O Fluminense vinha com todo o favoritismo, tanto que seu presidente afirmou que o Flamengo tremia em decisões contra o Fluminense. A imprensa deixava claro que o Vasco tinha a melhor campanha até então, com um time certinho. O Fluminense tinha Conca, Thiago Neves e o artilheiro Fred. O Botafogo tinha Victor Simões, Reinaldo e Maicosuel. E o Flamengo? O Flamengo era o azarão, o time irregular. que não possuía nenhum grande jogador. Estava do jeito que a torcida rubro-negra gosta. O Flamengo pôs o Fluminense na roda e perdendo um caminhão de gols, vence por 1 x 0, gol de Juan, num frangaço do goleiro Fernando Henrique. A primeira de quatro batalhas para se tornar tricampeão estava ganha. O próximo passo seria decidir a Taça Rio com o Botafogo, que vencera o Vasco por 4 x 0. O Alvi-Negro precisava de somente uma vitória para ser campeão Estadual.  
O Tribunal de Justiça Desportiva, sempre tão severo com o Flamengo, acaba cedendo efeito suspensivo para Juninho e Alessandro do Botafogo, que foram punidos por um jogo, após agredirem um jogador do Fluminense. O Flamengo também havia solicitado tal efeito suspensivo para Bruno e o técnico Cuca, mas não conseguiu. Dois pesos e duas medidas. E o Flamengo tendo que derrotar tudo e todos.
Em 19 de abril, o Flamengo foi a campo com Bruno, Leonardo Moura, Fábio Luciano, Ronaldo Angelim, Juan, Willians, Airton, Kleberson, Ibson(Toró), Zé Roberto(Erick Flores) e Emerson(Josiel). A torcida rubro-negra tomou o Maracanã e empurrou o time para frente. O Botafogo jogou na retranca, tentando jogar no contra-ataque. O primeiro tempo terminou 0 x 0. No segundo tempo, o Flamengo partiu para cima e aos 21 minutos, Juan cobra uma falta na lateral da área. A bola é cabeceada por Ronaldo Angelim para o meio da pequena área. O zagueiro Emerson do Botafogo chuta contra as próprias redes. Explosão de alegria no Maracanã. O Botafogo não consegue se encontrar em campo e o Flamengo vai levando o jogo ao seu final. Com a vitória de 1 x 0, o Flamengo conquista o título da Taça Rio e iria decidir o título de tricampeão estadual contra o próprio Botafogo.
Antes da primeira partida da decisão, os jogadores do Botafogo foram finalmente julgados. E o tribunal absolve os dois. No entanto, suspende o presidente Marcio Braga por 120 dias, por ter falado mal do tribunal e acusa o técnico Cuca de ter ido ao vestiário do Flamengo no jogo contra o Fluminense, acenando com uma suspensão de noventa dias para o treinador. Mas até aí, nenhuma novidade.
Em 26 de abril, a torcida do Flamengo novamente ocupa a maioria das arquibancadas e cadeiras do Maracanã. O time vai a campo com Bruno, Leonardo Moura, Fábio Luciano, Ronaldo Angelim, Juan, Willians, Welinton, Kleberson, Ibson, Zé Roberto e Emerson. No início da partida, o Flamengo parte para cima do Botafogo. Aos 20 minutos, Juan é deslocado na área e é marcado pênalti. O próprio Juan bate e marca 1 x 0 para o Flamengo. Logo a seguir, Leonardo Moura perde um gol incrível. A partir daí, o Botafogo equilibra a partida e empata em cobrança de falta na entrada da área, por intermédio de Juninho. O jogador Maicosuel começava a infernizar a defesa rubro-negra e a desequilibrar a partida. E numa jogada em que recebeu falta, ele mesmo fez a cobrança e Reinaldo desempatou, de cabeça. O Flamengo ficou meio perdido em campo e o Botafogo terminou o primeiro tempo dominando o jogo.
No segundo tempo, Cuca substitui Leonardo Moura e Zé Roberto, figuras apagadíssimas na partida, por Everton Silva e Erick Flores. O time melhora, mas Maicosuel continua a levar muito perigo. Numa jogada com Juan, ele recebe falta e leva uma bronca de Juan, ainda caído em campo. Isso quase leva o jogo ao tumulto. Juan recebe cartão amarelo. A seguir, aos 15 minutos, numa mesma jogada, Reinaldo torce o tornozelo e Maicosuel rompe o músculo posterior da coxa. As coisas começavam a mudar. O Botafogo sem seus melhores jogadores vai para a retranca e o Flamengo começa a ter maior domínio de bola, mas sem levar grande perigo a meta alvi-negra.
Quando a torcida do Flamengo já estava achando que a derrota era certa, eis que ocorre mais um lance incrível. Aos 39 minutos, Willians tromba com o lateral Gabriel, mas consegue levantar e partir para a área com a bola. Ele dá um corte no zagueiro e meio desequilibrado, chuta a bola. E como no domingo anterior, o jogador Emerson, zagueiro do Botafogo, manda a bola para as suas próprias redes. A torcida do Flamengo vai ao delírio e tenta levar o time a uma virada, que acaba não acontecendo. A decisão ficava para o próximo domingo.
Durante a semana, a imprensa anti-rubro-negra tentou de todas as formas provocar uma punição para Juan. Ele chega a ser denunciado pelo tribunal, mas acaba sendo absolvido, juntamente com o técnico Cuca. Antes da partida decisiva, o Flamengo joga em Volta Redonda com o Fortaleza pela Copa do Brasil e somente empata por 0 x 0. O ataque do Flamengo era alvo de muitas críticas, pois não conseguia fazer gols. A atuação no meio da semana deixou a torcida do Flamengo apreensiva para a final do campeonato.
Em 3 de maio, a torcida do Flamengo novamente invade o Maracanã, deixando a pequena torcida do Botafogo espremida em um canto da arquibancada. Havia um consenso entre todos: o Flamengo não pode chegar numa final. Se chegar, ninguém segura. E as torcidas rivais sabem disso. Tanto que, em todas as decisões contra o Flamengo, a torcida rubro-negra era sempre absoluta. Contra o Botafogo, o Flamengo defendia uma hegemonia de sete decisões seguidas sem derrota para o rival. Vale a pena lembrar: Taça Rio de 1991, Campeonato Brasileiro de 1992, Taça Guanabara de 1995, Campeonato Estadual de 2007, Taça Guanabara de 2008, Campeonato Estadual de 2008 e Taça Rio de 2009. Juntamente com o Vasco da Gama, o Botafogo se tornava nosso grande freguês.
Mas voltando a decisão, o Flamengo vai a campo com Bruno, Leonardo Moura, Fábio Luciano, Ronaldo Angelim, Juan, Willians, Airton, Kleberson, Ibson, Erick Flores e Emerson. O Botafogo jogaria desfalcado de seus dois melhores jogadores, Reinaldo e Maicosuel. A partida começa e o Flamengo toca melhor a bola. O Botafogo procurava se defender e somente em poucos momentos tentava atacar.
O jogo era muito amarrado, mas aos 19 minutos o Flamengo chega ao seu gol. Tudo começa com um cruzamento de Ibson pela esquerda. A bola é cabeceada para cima pela zaga do Botafogo. Kleberson toca de cabeça, encobrindo o goleiro Renan. Em cima da linha, Ronaldo Angelim toca na bola, mas o gol é dado para Kleberson. A torcida do Flamengo vai ao delírio. A partida continua com o Flamengo melhor em campo. Aos 38 minutos, Erick Flores se esforça para não deixar a bola sair pela lateral e toca para Juan, que é derrubado. A falta é um pouco distante. Ibson toca para Kleberson, que manda uma bomba. A bola toca na perna de Alessandro do Botafogo e toma um efeito. Ela toca na trave e entra. Loucura no Maracanã e a torcida do Flamengo já se sente tricampeã.
Mas todo Rubro-Negro sabe que nada para o Flamengo é fácil. Toda conquista tem que ser sofrida. E até então tudo caminhava para uma fácil vitória. Logo no início do segundo tempo, Alessandro chuta de primeira uma bola que bate no braço de Juan. O árbitro marca pênalti. A regra do futebol diz claramente que deve haver intenção do jogador em colocar a mão na bola. Mas não dá para entender a explicação dos locutores e jornalistas esportivos que dizem que se o jogador estiver com os braços abertos, deverá ser marcada a infração. Ora bolas, o jogador não poder jogar com os braços presos ao corpo. Faz parte até do equilíbrio. Juan não colocou a mão na bola. Em frações de segundo em que se desenrola um lance é impossível o jogador ter o reflexo de tirar o braço da direção da bola que foi chutada contra ele. Mas o pessoal gosta de inventar.
O pênalti é marcado e Victor Simões faz a cobrança. O goleiro Bruno faz uma grande defesa, para total delírio da Torcida Rubro-Negra. O Flamengo começa a jogar recuado para tentar marcar mais um gol no contra-ataque. E chega a perder duas grandes chances com Emerson.
Mas a partir daí começa o pesadelo. Juninho cobra uma falta na entrada da área e marca o primeiro gol do Botafogo, aos 16 minutos. Dois minutos depois, o Botafogo empata a partida e deixa a torcida do Flamengo com aquela sensação de que o tricampeonato estava indo para o brejo. O time acorda em campo e parte para cima do Botafogo, mas não consegue vencer nos noventa minutos. No final da partida, o zagueiro e capitão do time Fábio Luciano, coloca a mão na bola intencionalmente e toma o segundo cartão amarelo, sendo expulso de campo. Mas vejam a diferença. Ele colocou a mão na bola intencionalmente. Aí sim, não tem conversa. Mas no lance do Juan... E lá vamos nós para a decisão por pênaltis.
E a decisão começa com Kleberson fazendo 1 x 0. Léo Silva empata. A seguir, Juan faz 2 x 1. Na segunda cobrança do Botafogo, Juninho dá uma bomba, que Bruno defende com os pés. E a torcida do Flamengo vibra. A seguir, Airton cobra com categoria e faz 3 x 1. Gabriel diminui para o Botafogo. Leonardo Moura marca 4 x 2 e deixa o Flamengo com a mão na taça. A torcida fica na expectativa de Bruno defender o pênalti de Leandro Guerreiro e o Flamengo se tornar tricampeão. Bate um silêncio no Maracanã. Leandro Guerreiro parte para a bola e chuta no canto direito de Bruno, que voa e faz a defesa. Uma explosão toma conta do Maracanã.
O Flamengo conquista seu trigésimo primeiro título de campeão do Rio de Janeiro, tomando para si uma hegemonia que pertenceu durante muitos anos ao Fluminense. Também se tornava tricampeão pela quinta vez na sua história. E marcava uma série de conquistas, já que nos últimos 11 anos, isto é desde 1999, o Flamengo foi campeão estadual 7 vezes (1999, 2000, 2001, 2004, 2007, 2008 e 2009), campeão da Copa Mercosul de 1999, campeão da Copa do Campeões em 2001 e campeão da Copa do Brasil em 2006.
Infelizmente, a imprensa, que vive de diminuir os feitos do Flamengo, não dá nenhum valor a essas conquistas. Somente sabem valorizar o Campeonato Brasileiro e a Libertadores, que sem sombra de dúvidas, são os dois maiores títulos no Brasil e no continente. Mas perguntem aos torcedores dos outros times, que não ganham nada, se gostariam de estar no lugar do Flamengo. Eu imagino a resposta.  A única notícia triste para a torcida foi a despedida dos gramados de Fábio Luciano. O grande capitão rubro-negro deixava o futebol após a conquista do título. A ele, a nossa gratidão. Valeu capitão. 
Mas não deu tempo nem para comemorar. Três dias  após a conquista, o Flamengo foi a Fortaleza para decidir uma vaga nas quartas de final da Copa do Brasil. Antes de o jogo começar, Ronaldo Angelim foi homenageado pela diretoria do Fortaleza, clube que o projetou. Após um primeiro tempo meio devagar, o Flamengo voltou melhor para o segundo tempo e venceu por 3 x 0 com facilidade. De Fortaleza, o Flamengo seguiu para Belo Horizonte, para estrear no Campeonato Brasileiro contra o Cruzeiro.  Numa partida que foi totalmente dominada pelo Flamengo, que perdeu um pênalti e um caminhão de gols, o Cruzeiro acaba vencendo por 2 x 0. As críticas ao ataque do Flamengo eram grandes. Afinal de contas, nem Obina, Josiel e Emerson conseguiam marcar gols.  Ficou a sensação de que desse jeito ficaria muito difícil.
Para tentar melhorar a situação, o Flamengo contrata Adriano, que fez fama na Europa e tinha o apelido de Imperador. Após desistir de jogar na Inter de Milão, ele aceita uma proposta do Flamengo. Era a grande esperança de gols para a torcida. Mas, Adriano ainda precisava entrar em forma.
Em 13 de maio, o Flamengo enfrentou o Internacional de Porto Alegre, que vinha cheio de moral, sendo considerado pela imprensa como o melhor time do Brasil. O jogo valeu pelas quartas de final da Copa do Brasil. O Flamengo domina completamente a partida, não deixa o Internacional jogar, mas esbarra na falta de pontaria de seus atacantes. A bola bateu na trave duas vezes, o goleiro adversário fez defesas milagrosas, Kleberson perdeu um gol cara a cara. Enfim, o placar ficou em 0 x 0. A seguir, o Flamengo disputa a segunda partida do Campeonato Brasileiro. O adversário era o Avaí e o jogo seria no Maracanã. A torcida achou que seria fácil, mas novamente o ataque não funcionou. Novamente o Flamengo dominou o jogo, a bola bateu na trave, os jogadores perderam várias chances e o placar ficou no 0 x 0. A torcida estava irritada e torcendo para que a estréia de Adriano não demorasse.   
Em 20 de maio, Flamengo e Internacional disputam uma vaga para a semifinal da Copa do Brasil. O Beira Rio ficou lotado. O Flamengo joga com seu segundo uniforme e consegue manter o controle da partida, chegando a estar melhor em campo. Mas, aos 43 minutos, Juan comete um erro grotesco ao atrasar uma bola para a defesa. O Internacional se aproveita e marca 1 x 0. No segundo tempo, o Flamengo foi para o desespero e consegue marcar o gol de empate aos 33 minutos, por intermédio de Emerson, o que lhe daria a classificação. Quando tudo levava a crer que o jogo já estava resolvido, Ibson comete uma falta desnecessária, no frente da grande área, aos 44 minutos. Andrezinho, ex-jogador do Flamengo, bate com perfeição e marca. O Flamengo estava desclassificado da Copa do Brasil numa tremenda bobeira.
Voltando ao Campeonato Brasileiro, o Flamengo vence o Santo André por 2 x 1, com dois gols de Josiel. Logo após o jogo, a torcida é pega de surpresa, com a ida de Obina para o Palmeiras. Em 31 de maio, a torcida do Flamengo invade o Maracanã para comemorar a volta de Adriano. O time vence o Atlético Paranaense por 2 x 1, com Adriano marcando o gol da vitória. Ele joga os noventa minutos e dá a impressão de que o Flamengo estaria bem servido no ataque. Porém, na partida seguinte, uma grande decepção. O Flamengo vai a Recife enfrentar o Sport. Começa bem a partida e marca dois gols em nove minutos, por intermédio de Emerson. Mas a partir dos 31 minutos, o Flamengo começa a tomar gols. Foram quatro gols em oito minutos  O Sport vira para 4 x 2 e o Flamengo não consegue se recuperar. A imprensa deita e rola.
A seguir, o Flamengo é goleado de forma vergonhosa pelo Coritiba, que era o lanterna da competição, por 5 x 0. Estava formada a crise e o  técnico Cuca estava balançando. Após uma semana muito quente nos bastidores, o Flamengo enfrentou o Internacional, que vinha com desfalques. Com grande atuação de todo o time e principalmente de Adriano, que marcou três gols, o Flamengo venceu por 4 x 0 e aliviou um pouco a crise.
Em 28 de junho, o Flamengo enfrentou o Fluminense. A vitória representaria a milésima vitória rubro-negra na história do Maracanã. O jogo foi muito equilibrado, com cada time dominando um tempo de jogo. Ao final, o 0 x 0 não saiu do placar e a milésima vitória não veio. A seguir, o Flamengo enfrentou o Vitória, mas o jogo foi realizado no Engenhão, estádio arrendado pelo Botafogo e que era chamado pela torcida rubro-negra de “vazião”, pois a torcida do Botafogo nunca conseguiu lotar o estádio. A vitória de 2 x 1 deixou o Flamengo muito bem na tabela. Neste jogo, o Flamengo estréia seu novo uniforme, confeccionado pela Olympikus, que também anunciaria seus produtos na camisa. Com isso, o Flamengo fechou um contrato de 23 milhões de reais, o maior entre os clubes brasileiros.
Contra o São Paulo, no Morumbi, o Flamengo jogou desfalcado de seis jogadores e não contaria mais com Ibson, que ao final do contrato de empréstimo, foi devolvido ao Porto. Ele foi jogar no Spartak de Moscou, prometendo voltar outra vez. O Flamengo chega a estar na frente do placar por duas vezes. O São Paulo jogava com menos um jogador, mas conseguiu chegar ao empate, graças a um pênalti mal marcado, pois a falta foi cometida fora da área. Era a segunda vez que isso acontecia. A primeira foi contra o Cruzeiro, na primeira rodada.
Ainda desfalcado de quatro jogadores, o Flamengo enfrentou o Palmeiras no Maracanã. O time não jogou bem e perdeu de 2 x 1. As reclamações foram direcionadas ao árbitro Leandro Vuaden, que se notabilizou por não marcar faltas, deixando “o jogo correr”. O primeiro gol do Palmeiras surgiu de uma falta sobre o zagueiro Welinton do Flamengo, não marcada pelo árbitro. Na partida seguinte, o Flamengo enfrenta o Botafogo. A primeira novidade foi a marca Bozzano estampada nas mangas da camisa, o que aumentava a cota de publicidade recebida pelo clube. A outra novidade era a confirmação de Adriano como o camisa 10 do time. A partida foi muito disputada e ao final, o Flamengo arranca um empate de 2 x 2, com um gol de Emerson aos 43 minutos. Adriano fez o primeiro gol do Flamengo. Vale lembrar que o primeiro gol do Botafogo foi marcado em impedimento. Ao final da partida, o velho chororô botafoguense, que reclamava falta de Emerson no gol de empate. Com este resultado, o Botafogo completava seis anos ou 9 jogos sem vencer o Flamengo em campeonatos brasileiros.
Em 22 de julho, o Flamengo enfrenta o time surpresa do campeonato. O Barueri era um time totalmente desacreditado, mas que até então estava fazendo um grande campeonato. O Flamengo joga com um time recheado de garotos e consegue um empate de 1 x 1 no Maracanã, o que deixou a torcida furiosa, pedindo a saída do técnico Cuca. No dia seguinte, Cuca era demitido. Andrade o substituiria de forma provisória. Juntamente com Cuca, o vice presidente de futebol Kleber Leite também deixava seu cargo. E a próxima partida seria contra o Santos, na Vila Belmiro, onde o Flamengo não vencia desde 1976. A partida seria a milésima do Flamengo na história do Campeonato Brasileiro da 1ª divisão, se tornando assim um recorde. O jogo foi muito difícil e o Flamengo saiu perdendo no segundo tempo. Mas mostrando  poder de reação, Adriano empatou aos 36 minutos e o zagueiro santista Pará fez um gol contra aos 43 minutos, dando a vitória ao Flamengo e quebrando o indesejável tabu. A notícia triste ficou por conta da morte de Zé Carlos, um dos maiores goleiros da história do Flamengo. Vítima de câncer, aos 47 anos, Zé Carlos partia dessa vida, deixando em cada rubro-negro uma grande saudade. Valeu Zé Grandão! A Nação Rubro-Negra jamais te esquecerá. . 
Enquanto a diretoria do Flamengo tentava achar um novo técnico, Andrade preparou o time que iria enfrentar o Atlético Mineiro, até então líder do campeonato. O jogo foi disputado no Maracanã e o Flamengo tentava sua milésima vitória na história do estádio. A torcida do Flamengo levou faixas de incentivo para Andrade, querendo a sua permanência como técnico. O jogo mal começou e o Flamengo tomou um gol. A partir daí, o que se viu foi uma grande reação, com o time partindo para cima do Galo. Aos 36 minutos, Leonardo Moura empatou o jogo. Dois minutos depois, Kleberson vira para 2 x 1. No segundo tempo, o Flamengo continua a dominar o jogo e faz o terceiro gol por intermédio de Everton, aos 22 minutos. Com a vitória praticamente assegurada, o Flamengo relaxou, mas mesmo assim não deu para o Galo reagir. Com a vitória, o Flamengo chegava ao sétimo lugar na tabela e conseguia a milésima vitória na história do Maracanã  Estava proclamado mais um recorde do Flamengo. 
Quando tudo levava a crer que o Flamengo venceria facilmente o Náutico, o lanterna do campeonato, jogando no Maracanã, eis que o time consegue empatar por 1 x 1 com grande dificuldade. Ao marcar o gol de empate, Leonardo Moura sai xingando toda a torcida, causando grande mal estar. Andrade foi efetivado como técnico. Na partida seguinte, o Flamengo enfrenta o Goiás no Serra Dourada. Começa perdendo por 2 x 0, mas reage no segundo tempo, chegando ao empate com gols de Adriano e Petkovic, que havia retornado ao Flamengo numa negociação que envolvia a dívida que o clube tinha com ele. Andrade passa a acreditar no jogador e o efetiva como titular.  Quando tudo levava para um empate, o Flamengo toma o terceiro gol aos 46 minutos, frustrando a sua torcida. O time ocupava o 11º lugar na tabela e só não estava brigando pelo título por pura incompetência, pois perdeu muitos pontos bobos. 
Em 9 de agosto, dia dos pais, Flamengo e Corinthians fizeram o clássico das maiores torcidas do Brasil. O duelo entre Adriano e Ronaldo não aconteceu, pois Ronaldo estava contundido. A torcida do Flamengo empurrou o time desde o início, mas o gol não saía. Adriano chegou a perder algumas oportunidades, mas o primeiro tempo terminou 0 x 0. Na segunda etapa, após perder um gol feito, debaixo das traves, Adriano desencantou. Após um chute de Kleberson, a  bola sobra dentro da área para ele chutar e fazer 1 x 0. No restante do jogo, o Flamengo segura o Corinthians e vence uma partida importante. Com a vitória, o Flamengo chegou ao oitavo lugar na tabela e Adriano se tornou o artilheiro do campeonato, com 10 gols.
Em 12 de agosto, Flamengo e Fluminense iriam disputar a segunda partida na história dos dois clubes, valendo por uma competição internacional: a Copa Sul-Americana. A primeira partida internacional dos dois foi em 1978, valendo pela Taça Tereza Herrera, na Espanha. O jogo ficou empatado por 0 x 0 e o Flamengo venceu nos pênaltis por 3 x 1. Para esta partida, o técnico tricolor Renato Gaúcho mandou a campo um time reserva, tentando poupar seus titulares para o Campeonato Brasileiro, onde o time das Laranjeiras estava em penúltimo lugar. O Flamengo foi a campo com sete titulares. Dominou a partida, mandou duas bolas na trave, mas o placar ficou em branco, frustrando a sua torcida. A seguir, o Flamengo foi a Porto Alegre enfrentar o Grêmio pelo último jogo do primeiro turno do Campeonato Brasileiro. O time iria jogar desfalcado de Kleberson, que sofrera grave contusão no ombro em um jogo cata níquel da Seleção Brasileira contra a Estônia, sendo obrigado a ficar fora de todo o campeonato (e quem paga o prejuízo do Flamengo?). Também jogaria desfalcado de Leonardo Moura, que foi denunciado pelo tribunal do STJD (olha eles aí de novo) e pegou dois jogos de gancho, por causa dos xingamentos no jogo contra o Náutico (o tribunal sempre muito rigoroso com o Flamengo. Com os outros...). O Flamengo dominou o time gaúcho, perdeu seis gols cara a cara com o goleiro Vítor e acabou perdendo pelo placar de 4 x 1. Inacreditável. Com isso, o Flamengo termina o turno em décimo lugar.
Para o início do segundo turno, o Flamengo jogou com o Cruzeiro, tendo seis desfalques, sendo obrigado a colocar em campo meninos da categoria júnior. E para piorar, perdeu o jogador Emerson machucado, terminando a partida com apenas quatro titulares. Após estar vencendo por 1 x 0 no primeiro tempo, o time cede a virada, perdendo mais uma vez para o Cruzeiro ( era a quinta derrota seguida para os mineiros). O goleiro Bruno saiu vaiado pela torcida, que não o perdoou pelo frango no jogo contra o Grêmio e pelo segundo gol do Cruzeiro, onde falhou bisonhamente. E os desfalques continuaram. Na partida contra o Avaí, o Flamengo jogou com apenas três titulares e perdeu de 3 x 0. Parecia que o tinha estava se esfarelando. Para piorar, Adriano não estava jogando nada. Ele fora convocado para a Seleção Brasileira, que iria jogar contra a Argentina e durante o jogo contra o Avaí, só se deu por satisfeito quando tomou o terceiro cartão amarelo, que o tiraria da próxima partida do Flamengo.
Na partida contra o Fluminense pela Sul-americana, o Flamengo conseguiu apenas um empate por 1 x 1 e não se classificou para a próxima fase. Dava a impressão de que os jogadores fizeram muita força para não prosseguir na competição. Adriano alegou uma dor na coxa para não jogar contra o Fluminense. E a torcida ficando furiosa. Para piorar tudo, Emerson finalmente dava adeus ao Flamengo, indo jogar nos países árabes.
A diretoria apresentou dois reforços para o restante da temporada: o zagueiro Álvaro e o volante Maldonado. Eles estrearam na partida contra o Santo André, no Maracanã, onde o time voltou a contar com alguns titulares. A vitória por 3 x 0 aliviou um pouco a crise na Gávea e fez com que o time melhorasse um pouco a sua posição na tabela, indo para o 11º lugar. No jogo seguinte, o Flamengo teve a oportunidade de vencer o Atlético Paranaense na Arena da Baixada. Mas o time jogou muito mal, ficou com menos um jogador após a expulsão de Willians e conseguiu manter o placar de 0 x 0 com extrema dificuldade. 
Após estar na Seleção Brasileira e ter ajudado a classificar o Brasil para a próxima Copa do Mundo, Adriano retornou ao Flamengo no jogo contra o Sport. E logo aos 2 minutos de jogo, Adriano fez um golaço. Ele e Petkovic fizeram uma partida sensacional e o Flamengo venceu por 3 x 0. Só não foi por 6 ou 7 devido a grande atuação do goleiro do Sport. Álvaro se firmava na defesa e Maldonado dava ao meio de campo uma grande proteção. Leonardo Moura voltava aos seus melhores dias. Com isso, o Flamengo ensaiava uma reação no campeonato.
Na partida seguinte, o Flamengo enfrentou o Coritiba no Maracanã. E mais uma vez Petkovic e Adriano só não fizeram chover. Petkovic fez 1 x 0, cobrando falta com maestria. No segundo tempo, Petkovic lança Adriano, que faz um golaço, encobrindo o goleiro. E Willians fez o terceiro gol num chute de fora da área. Em 27 de setembro, o Flamengo vai a Porto Alegre enfrentar o Internacional. E nesse dia, choveu demais e o gramado do Beira Rio virou uma verdadeira piscina. Mesmo assim houve jogo. E num campo completamente sem condições, o placar ficou no 0 x 0. Era a quinta partida seguida que o Flamengo não sofria gol. Na tabela, o time chegava ao oitavo lugar. 
Em 4 de outubro, a torcida do Flamengo lota o Maracanã e quebra o recorde do campeonato brasileiro com oitenta mil torcedores, que empurraram o Flamengo para mais uma grande vitória. A vítima foi o Fluminense, último colocado na tabela e praticamente rebaixado. Com dois gols de Adriano e uma grande atuação do time, o Flamengo subia para o sexto lugar na classificação. A torcida deu um show, formando painéis vivos na arquibancada. A cidade do Rio de Janeiro havia sido escolhida a sede das Olimpíadas de 2016 e a torcida rubro-negra aproveitou para formar várias imagens coloridas nas arquibancadas, comemorando tal fato. Adriano se tornava o artilheiro do campeonato com 15 gols. Mas, na hora que o Flamengo mais precisaria do seu artilheiro, eis que ele iria desfalcar o time nos dois próximos jogos, decisivos para as pretensões do Flamengo. Ele estava convocado para a Seleção Brasileira que iria disputar os dois últimos jogos das eliminatórias, já estando classificada para a Copa de 2010.
Em Salvador, Flamengo e Vitória disputaram uma partida eletrizante. Após estar na frente do placar por duas vezes, o Flamengo cede a virada por 3 x 2 ainda no primeiro tempo. Na segunda etapa, o Flamengo tentou de todas as formas empatar, mas o tempo ia passando. Quando ninguém esperava que o placar seria movimentado, Zé Roberto empata o jogo aos 47 minutos. Foi um pontinho que manteve o Flamengo no sexto lugar da tabela.
Em 10 de outubro, Flamengo e São Paulo iriam se enfrentar no Maracanã. Após um primeiro tempo dominado pelo Flamengo, mas que terminou com a vitória do São Paulo por 1 x 0, o Flamengo voltou melhor ainda no segundo tempo e com uma atuação primorosa de Petkovic, que se transformava a cada partida no melhor jogador da equipe, o Flamengo dominava o jogo. Graças a atuação de Rogério Ceni, o time paulista se mantinha com a vitória. Mas aos 26 minutos, ocorre pênalti sobre Toró. Petkovic cobra o pênalti e Rogério faz a defesa, se adiantando na horta da cobrança. O juiz manda bater de novo. Petkovic cobra novamente, dando um leve toque na bola, que entra no meio do gol, enquanto o goleiro cai para o lado. Com o empate, o Flamengo parte para cima do São Paulo. Aos 36 minutos, Petkovic faz um lançamento primoroso para Zé Roberto, que entra pela esquerda e desloca Rogério, marcando o segundo gol. O Maracanã explodiu. Até o final da partida, o Flamengo dominou o São Paulo e conseguiu uma grande vitória. O sonho de chegar ao grupo da Libertadores era cada vez mais próximo.
Em 18 de outubro, o Flamengo vai a São Paulo enfrentar o Palmeiras, líder do campeonato. Adriano estava de volta ao time. O Palmeiras era franco favorito e começou atacando o Flamengo, que se defendia bem. Aos poucos, o Flamengo equilibrou a partida e num ataque aos 26 minutos, Petkovic tabelou com Juan, entrou na área, driblou dois zagueiros e chutou no ângulo. Um golaço. O gol fez com que o Palmeiras partisse para o ataque, mas sem conseguir assustar Bruno. No segundo tempo, o Flamengo dominou a partida e após ter perdido algumas oportunidades, fez o segundo gol, quando Petkovic cobrou escanteio e marcou um gol olímpico. O time do Palmeiras se perdeu em campo, mas ainda contou com uma mãozinha do árbitro, que marcou pênalti inexistente de Ronaldo Angelim, que recebeu o terceiro cartão amarelo. Wagner Love cobrou o pênalti e chutou por cima do gol rubro-negro. Com a vitória, o Flamengo estava no quinto lugar da tabela e via a diferença para o Palmeiras diminuir para 6 pontos. 
Em 25 de outubro, Flamengo e Botafogo se enfrentaram pela primeira vez no Engenhão. Como o mando de campo era do Botafogo, o Flamengo nada pode fazer. Se o jogo fosse no Maracanã, o público certamente ultrapassaria os 75 mil pagantes. Mas no Engenhão, foi de 25 mil. Dominando o primeiro tempo, o Flamengo fez 1 x 0 com Adriano e perdeu pelo menos quatro grandes oportunidades. No segundo tempo, o time caiu muito de produção e recuou demais. O Botafogo domina a partida, mas a única oportunidade de empatar foi num pênalti absurdo marcado pelo juiz. Lúcio Flávio cobra o pênalti e Bruno faz grande defesa. Com essa vitória, o Flamengo completa 10 anos sem perder para o Botafogo em Campeonatos Brasileiros e 1 ano e meio sem perder para o Botafogo. Que freguesia! No Campeonato Brasileiro, o Flamengo permaneceu em quinto lugar, mas viu a diferença para o líder cair para 3 pontos. O sonho de ser campeão era uma realidade.
Mas, infelizmente, quando o time tinha tudo para chegar mais perto do primeiro lugar da tabela, perde de 2 x 0 para o Barueri. A ausência de Petkovic, que havia tomado o terceiro cartão amarelo e uma atuação muito fraca do meio de campo, foram cruciais para a derrota. Mas não podemos deixar de registrar que o  primeiro gol do Barueri foi em impedimento. A derrota acaba diminuindo a euforia da torcida quanto ao título, mas não fez a torcida deixar de ir ao Maracanã e empurrar o time contra o Santos. E os oitenta mil rubro-negros vibraram quando Adriano marcou de cabeça 1 x 0, aos 12 minutos. O Flamengo dominou o primeiro tempo e poderia ter feito mais gols. Mas foi o Santos que quase empatou, quando foi marcado um pênalti a seu favor. O jogador Paulo Henrique, conhecido como Ganso, bateu o pênalti e Bruno defendeu de forma sensacional. Na segunda etapa, o Santos partiu para cima do Flamengo e deu sufoco. As únicas chances do Flamengo foram de Adriano, uma defendida pelo goleiro e outra em que a bola bateu na trave. Aos 28 minutos, o juiz inventou mais um pênalti contra o Flamengo. O mesmo Paulo Henrique bateu e Bruno novamente defendeu, agora  com a ponta dos pés. Era o quarto pênalti marcado contra o Flamengo, três inexistentes, e eles não foram convertidos. Em compensação, alguns pênaltis a favor não foram marcados e até gol em impedimento contra o Flamengo, a arbitragem confirmou. Parecia que alguém não queria que o Flamengo chegasse. Graças a alguns resultados negativos dos adversários, o Flamengo terminava a rodada em quarto lugar e a quatro pontos do líder. Ainda restavam cinco rodadas para o fim do campeonato e o Flamengo estava na disputa pelo título.
Em 8 de novembro, o Flamengo vai a Belo Horizonte para enfrentar o Atlético Mineiro, que também estava na disputa para ser campeão brasileiro. O Mineirão recebe um grande público. Inicialmente, o Galo pressionou, mas o Flamengo foi equilibrando as ações, até que aos 22 minutos, Petkovic cobra escanteio e marca mais um gol olímpico. A seguir, aos 37 minutos, Maldonado invade pela direita e chuta cruzado, marcando 2 x 0. O Mineirão silenciou. O Flamengo mantinha a partida sob controle, até que aos 5 minutos do segundo tempo, o Atlético marca seu gol. Mesmo sendo pressionado, quem perdeu as maiores chances de gol foi o Flamengo. E a partida seguia para uma vitória do Flamengo, que foi sacramentada por Adriano, aos 38 minutos, marcando um gol de cabeça e empatando com Diego Tardeli, do Atlético, na tabela de artilheiros, com 18 gola. A vitória fez o Flamengo ultrapassar o Atlético e ficar em terceiro lugar, dois pontos atrás de Palmeiras e  São Paulo. Ninguém dava nada pelo Flamengo, mas a conquista do título virava realidade de vez.
Em 15 de novembro, dia em que o Flamengo completou 114 anos de existência, o time foi a Recife para enfrentar o Náutico, que estava desesperado para não cair para a segundona. Inicialmente, o time pernambucano pressionou, mas não levava grande perigo ao gol defendido por Bruno. Aos poucos, Adraino, Petkovic e Zé Roberto começavam a incomodar. E aos 16 minutos, Adriano toca para o chute de Leonardo Moura. O goleiro deu rebote e Petkovic marcou 1 x 0 para o Flamengo. O gol deu mais tranquilidade ao Flamengo, que chegou ao segundo gol aos 46 minutos, num cruzamento de Zé Roberto, que Adriano só completou.  Na segunda etapa, o Flamengo se fechou e jogou nos contra-ataques, perdendo algumas chances de gol. Ao final da partida, o Flamengo alcançava o segundo lugar na tabela, ficando a apenas 2 pontos do São Paulo. A possibilidade de se tornar campeão brasileiro estava se tornando cada vez maior.
Em 23 de novembro, a torcida do Flamengo bateu mais uma vez o recorde de público no Campeonato Brasileiro, levando 80 mil torcedores ao Maracanã. E as emoções começaram muito antes da bola rolar. A torcida do Flamengo vibrou a cada gol do Botafogo, que derrotou o São Paulo por 3 x 2. Com isso, bastava o Flamengo vencer o Goiás e estaria na liderança do campeonato, um ponto a frente do São Paulo. No primeiro tempo, o Goiás fez uma forte marcação e o Flamengo praticamente não teve chances de gol. No segundo tempo, o Flamengo partiu para o ataque, mas o Goiás era muito perigoso nos contra-ataques, sempre levando muito perigo. O Flamengo jogava desfalcado de Maldonado, que sofrera uma grave lesão no joelho, em um simples amistoso da seleção chilena. Na segunda etapa, o Flamengo atacou, mas encontrou um Goiás extremamente fechado. O time chegou a perder algumas chances de gol, mas ao final, a torcida do Flamengo saiu do Maracanã frustrada com o empate de 0 x 0. Com o resultado, o Flamengo ficava apenas a 1 ponto do São Paulo, mas via as chances de ser campeão ficarem mais distantes.
E a desconfiança da torcida aumentou, quando Adriano apareceu na Gávea com o tornozelo esquerdo queimado, segundo ele por uma lâmpada do jardim de sua casa. Ele estava fora do jogo contra o Corinthians, que seria realizado no estádio Brinco de Ouro da Princesa, em Campinas. O Corinthians, por sua vez, dizia que não iria facilitar as coisas para o Flamengo, mesmo sabendo que beneficiaria o São Paulo e o Palmeiras, que também estavam na luta pelo título. A torcida do Flamengo acreditou e foi a Campinas incentivar o time. Após um bom começo, onde Álvaro cabeceou na trave, a torcida ficou apreensiva com o gol do São Paulo contra o Goiás, no estádio Serra Dourada. O Flamengo contava com a ajuda do Goiás, esperando que o time goiano jogasse com o mesmo afinco com que jogara contra o Flamengo. Aos 20 minutos, Toró lança Zé Roberto, que ganha do marcador e chuta. A bola resvala no goleiro do Corinthians e entra. Emoção em dose dupla, pois no mesmo momento do gol de Zé Roberto, o Goiás empatava a partida contra o São Paulo. A torcida do Flamengo vibrava, mas ao mesmo tempo ficava com os nervos a flor da pele, pois o Corinthians tentava assustar. Logo em seguida, Ronaldo Fenômeno diz sentir uma contusão e pede para sair. A torcida volta a vibrar com o segundo gol do Goiás. E assim termina o primeiro tempo.
Na segunda etapa, o Flamengo joga recuado, administrando um placar perigoso, enquanto o Corinthians tenta dar uma pressão. O Goiás faz 3 x 1 e a torcida vibra intensamente. Com esses resultados, o Flamengo chegava à liderança do campeonato. O Corinthians fica sem seu zagueiro, que é expulso de campo após falta violenta. O Flamengo continua a administrar a partida, contra um Corinthians meio perdido em campo. Nos últimos cinco minuto, com o Goiás já vencendo de 4 x 2, o Corinthians dá um sufoco no Flamengo. No último minuto, Leonardo Moura é derrubado na área e é marcado o pênalti. Após grande confusão, com o campo sendo invadido por torcedores do Corinthians, o pênalti é batido e o Flamengo faz 2 x 0. Com o final da partida, a euforia tomou conta de todos os rubro-negros. Bastaria vencer o Grêmio na última partida, no Maracanã, que o Flamengo seria campeão brasileiro pela sexta vez. Detalhe: se o Grêmio vencesse o Flamengo, daria de bandeja o título para seu maior rival, o Internacional.  
E durante toda a semana, a torcida do Grêmio se manifestou, pedindo para os jogadores entregarem o jogo, para que o Internacional não fosse campeão. No Rio, o técnico Andrade tirou o time da Gávea e o levou para Teresópolis, na Granja Comary, para treinar e se concentrar para o último jogo do campeonato. A torcida rubro-negra comprou todos os ingressos para o jogo, quebrando mais uma vez o recorde de público, se tornando assim a torcida que mais compareceu aos estádios durante todo o campeonato. Em 06 de dezembro, a torcida toma o Maracanã e promove um grande espetáculo. A atmosfera era de total confiança para a conquista do título. Por fora, corriam o Internacional, que não era campeão brasileiro há 30 anos e o São Paulo.
O Flamengo foi a campo com Bruno, Leonardo Moura, David Braz, Ronaldo Angelim, Juan, Willians, Airton, Toró, Petkovic, Zé Roberto e Adriano. O desfalque era o zagueiro Álvaro, punido com o terceiro cartão amarelo e substituído por David Braz. A partida começa e o Flamengo toca a bola, sem levar muito perigo ao gol gaúcho. O Grêmio, que veio para a partida com sete reservas, disputava cada lance com muita disposição. O jogo ia se arrastando, quando aos 21 minutos, após cobrança de escanteio, o Grêmio faz 1 x 0. O Maracanã se silencia, pois além de estar perdendo, o Flamengo não fazia uma grande partida. Aos 24 minutos, Petkovic bate um escanteio da ponta direita. A bola é cabeceada para cima duas vezes e cai no peito de Adriano, que a protege. Um zagueiro do Grêmio põe a mão na bola, que sobra limpinha para David Braz, que chuta de primeira e empata a partida. O Maracanã explode. A torcida respira aliviada, mas ainda sofreria muito.
Até o final do primeiro tempo, o Flamengo não conseguiu jogar bem. Na segunda etapa, o Flamengo ensaiou uma blitz na defesa do Grêmio, que até então conseguia anular os ataques rubro-negros. Quando a defesa não aliviava o perigo, o goleiro gremista pegava tudo. E a torcida no maior sofrimento, vendo o título se encaminhar para o Internacional. Andrade mexe no time, colocando Everton, que vinha de uma fratura no pé, no lugar de Toró, abrindo a marcação do meio de campo. Everton atuou caindo pela esquerda e começou a levar mais perigo a defesa gaúcha. Aos 23 minutos, Andrade chama o chileno Fierro para entrar no lugar de Petkovic, que mostrava sinais de cansaço. Quando Fierro se preparava para entrar, ocorre um escanteio pela ponta esquerda. Petkovic cobra o escanteio, lançando a bola sobre a linha da pequena área. Ronaldo Angelim sobe com estilo e cabeceia. A bola entra na lateral da rede, fazendo a torcida do Flamengo explodir o grito de gol em todo o Brasil.
Foi uma loucura só. O Maracanã quase veio a baixo. O time do Grêmio não se entregou e três minutos após o gol do Flamengo, quase empata a partida, deixando o coração na boca de todos os rubro-negros. O Flamengo foi tocando a bola e fazendo o tempo passar. E parecia que o tempo não passava. Era um misto de angústia, alegria e medo. Medo de ver um título tão sonhado ser arrancado de nossas mãos a qualquer momento. O jogo foi até os 48 minutos. Quando Bruno bateu um tiro de meta e o árbitro Héber Roberto Lopes apitou o final da partida, foi uma loucura só. Os jogadores festejavam no campo, os torcedores se abraçavam e pulavam nas arquibancadas, enfim, uma grande festa. A imprensa em geral exaltava o Hexacampeonato do Flamengo. O Flamengo também conquistou o Troféu João Saldanha, instituído pelo jornal Lance, para premiar o time campeão do segundo turno do campeonato brasileiro. O campeão do primeiro turno ganha o Troféu Osmar Santos .
Com essa conquista, o Flamengo se igualava ao São Paulo com seis conquistas, além de ter conquistado a hegemonia do futebol carioca. Adriano terminava o campeonato como artilheiro, com 19 gols, juntamente com Diego Tardelli. Andrade, que muitos não deram o menor valor, foi o grande responsável pela conquista, se tornando o primeiro treinador negro a conquistar o campeonato brasileiro. Ele, com sua humildade e simplicidade, deu um show de competência. Valeu Tromba! O Flamengo conquistava pela primeira vez o campeonato estadual e brasileiro num mesmo ano. Petkovic, que veio completamente desacreditado, pois muitos o achavam velho e acabado para o futebol, acaba o campeonato como o craque da competição e autor de grandes partidas e gols. Adriano, que chegou a cogitar terminar a careira, se tornava artilheiro e campeão brasileiro. Enfim, o Flamengo conquistou não somente o campeonato brasileiro, mas o mais disputado e sensacional campeonato brasileiro já disputado. E a torcida comemorou pelas ruas do Rio e de todo Brasil. Flamengo Hexacampeão Brasileiro.
No dia seguinte a conquista, o Flamengo realizou eleições para presidente. E a grande vencedora foi Patrícia Amorim, ex-nadadora do clube, que assim se tornava a primeira mulher a ser presidente do Flamengo.
O Basquete rubro-negro começou muito bem o ano de 2009. Conquistou brilhantemente o título da Liga Sul-americana, disputando a fase final na Argentina. O time formado por Marcelinho, Duda, Alírio, Daniel, Coloneze, Fernando Mineiro, Fred, Hélio, Jefferson Willians, Júlio César, Marcellus, Rafael Araújo e Wagner passaram por cima de todas as dificuldades, até mesmo de quatro meses de salários atrasados e conquistaram um grande título. Em junho, o time conquista o Bicampeonato Brasileiro vencendo o time do Brasília, numa decisão muito difícil. O time vence a decisão por 3 x 2. A última partida foi realizada na Arena HSBC, na Barra da Tijuca, onde mais de 15 mil rubro-negros empurraram o time para a vitória. Em dezembro, o Flamengo conquistou o pentacampeonato estadual de basquete. O Basquete do Flamengo vivia uma época de grandes vitórias.
No Remo, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual, a 24ª e 26ª Regatas Remo do Futuro, a IX Regata Batalha Naval do Riachuelo e a 33ª Regata Escola Naval. No campeonato estadual, foi campeão nas categorias Júnior B, Sênior B, Aberto, Aspirantes, Peso Leve Sub 23 e Feminino.
Na Natação, que não passava por um grande momento, muito diferente de décadas anteriores, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Máster de Inverno e o Campeonato Estadual Sênior de Verão..
No Pólo Aquático, o Flamengo conquistou a Taça Brasil Juvenil Feminino, o Campeonato Brasileiro Júnior Masculino, o Campeonato Estadual Juvenil Feminino e o Campeonato Brasileiro Júnior Feminino.
No Nado Sincronizado, 0 Flamengo conquistou o Campeonato Brasileiro Júnior A, o Campeonato Brasileiro Absoluto, o Campeonato Estadual Absoluto, o Campeonato Estadual Júnior e os Torneios de Figuras e Temático da FARJ.
Na Ginástica Olímpica, o Flamengo conquistou o Campeonato Estadual Feminino Juvenil, Adulto, Infantil e Pré-Infantil.
No Vôlei, o Flamengo conquistou os Torneios Inícios nas categorias Mirim Masculino, Infantil Masculino e Juvenil Masculino. Também conquistou o Campeonato Estadual nas categorias Pré-Mirim Feminino e Masculino, Mirim Masculino, Infanto-Juvenil Masculino e Infantil Feminino. Na categoria Máster Feminino, o Flamengo foi Campeão Brasileiro acima de 30, 45 e 50 anos.
No Judô, o Flamengo conquistou o Circuito Estadual Máster.
No Showbol, o Flamengo conquistou brilhantemente o Campeonato Brasileiro.
E até mesmo no Futebol de Mesa, conhecido por muitos como Futebol de Botão, o Flamengo também obteve conquistas. Foi campeão da Taça Guanabara, Taça Rio, campeão Estadual e Brasileiro na categoria 3 toques.